Mégadonnées pour la biodiversité: GBIF.org dépasse 1 milliard d'enregistrements d'occurrences d'espèces

Cette importante étape représente un effort collectif pour partager des preuves de la biodiversité de notre planète par plus de 1200 institutions provenant de 123 pays et plus d’un million de chercheurs et de citoyens scientifiques de par le monde.

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Frilled anemone (Metridium dianthus). Photo by B. Guichard, Agence Française pour la Biodiversité, licensed under CC BY-NC-SA 4.0

Le GBIF.org a dépassé le milliard d’enregistrements d’occurrences d’espèces le 4 juillet 2018, grâce à une série de données provenant de l’Inventaire National du Patrimoine Naturel, incluant cette observation d’une anémone à collerette (Metridium dianthus) près de Saint-Pierre et Miquelon, archipel français dans l’Atlantique Nord-Ouest. L’enregitrement de cet animal invertébré marin est l’un des 150 097 récoltés par BioObs (Base pour l’inventaire des observations subaquatiques), un outil scientifique participatif qui permet aux plongeurs d’en apprendre davantage sur l’environnement marin tout en contribuant à un inventaire national des espèces sous-marines.

Cette étape symbolise une réalisation collective majeure, rendue possible grâce au travail du réseau GBIF, un partenariat diversifié de plus de 1.200 organisations publiques et privées du monde entier issues de 123 pays. L’infrastructure mondiale d’indexation et de recherche du GBIF fournit à n’importe qui, n’importe où, un accès instantané à des données libres et ouvertes sur où et quand des formes de vie se produisent sur Terre.

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Au cours des dernières années, les contributions à long terme des biologistes et des chercheurs de terrain, des professionnels de l’informatique, des conservateurs de collections, des informaticiens de la biodiversité et des scientifiques de données ont reçu un coup de pouce grâce à la participation de plus d’un million de personnes, dont les observations sont partagées à travers le www.gbif.org par les sociétés d’enregistrement et des projets de science citoyenne auxquels ils participent.

La croissance continue du nombre de mentions d’occurrence montre également une augmentation constante de la couverture des espèces et de la diversité des espèces représentées dans GBIF.org - une tendance qui reflète l’importance croissante du réseau pour combler les lacunes taxonomiques, géographiques et temporelles identifiées. A partir du mois d’avril 2018, GBIF.org possède au moins un enregistrement pour 1 049 839 espèces, ce qui représente 62% de ceux examinés dans la plus récente checkliste Catalogue of Life.

L’indice mondial d’occurrence du GBIF fournit une base de preuves inégalée pour informer la recherche scientifique et les politiques grâce aux analyses des mégadonnées (dites «big data»). Chaque jour en moyenne, près de deux articles de recherche évalués par des pairs s’appuient sur des données accessibles via GBIF.org, par exemple pour éclairer l’histoire évolutive de notre planète ou pour générer des modèles qui cherchent à comprendre l’impact des rapides conditions de changements de la vie sur terre. Les résultats ne se limitent cependant pas aux thèmes de recherche et de gestion concernant la conservation des espèces et les aires protégées ou les risques d’espèces exotiques et envahissantes - ils explorent comment améliorer la sécurité alimentaire en conservant les plantes sauvages associées aux cultures importantes ; comment cibler la surveillance des maladies humaines étant donné les changements intervenus dans la répartition des animaux qui les portent, et pourquoi les avantages et les services que la nature fournit à nos communautés dépendent de la biodiversité.

« Au cours des 15 dernières années, les investissements de plusieurs douzaines de gouvernements nationaux, ont permis au réseau GBIF de produire une plate-forme performante pour partager librement et publiquement des données sur la biodiversité », déclarait le Dr Tanya Abrahamse, PDG de SANBI (Institut Sud-Africain de Biodiversité), et actuel Présidente du Conseil d’administration du GBIF. « Mais tout aussi important, l’infrastructure est dotée d’une communauté de pratique hautement efficace et mondiale. Les personnes participant aux collaborations intercontinentales du GBIF transfèrent généreusement leurs compétences et leurs connaissances pour permettre un accès de plus en plus accru aux données relatives à la vie sur Terre. »

Dans les années à venir, des améliorations récentes et continues des plates-formes technologiques sous-jacentes du réseau vont produire en temps quasi réel, une infrastructure à fort volume; préparée pour tirer parti de la récente croissance rapide de GBIF.org pour fournir des informations encore plus riches sur la biodiversité. Ces améliorations se sont révélées opportunes, étant donné que les utilisateurs de GBIF.org ont téléchargé plus de 845 milliards d’enregistrements en 2017, soit une augmentation de 200% des données fournies l’année précédente. Le GBIF s’attend à ce que ce total franchisse la barre des 1.000 milliards de données en 2018, un autre symbole de la maturité de l’infrastructure.

L’infrastructure mondiale du GBIF permet aux chercheurs de réaliser des économies et des gains d’efficacité en leur offrant la possibilité de rechercher des informations à partir de centaines de collections et de bases de données de par le monde entier. La communauté elle-même fournit également des services de plus en plus importants en investissant dans des outils open-source pour le partage et l’accès aux données, comme la plate-forme Living Atlases, logiciel open source initialement développée pour le gouvernement australien par l’Atlas of Living Australia et maintenant en cours d’utilisation ou en développement dans des dizaines de pays couvrant toutes les régions du monde.

« Si nous voulons relever les grands défis auxquels nous sommes confrontés pour l’avenir de l’utilisation des terres, de la conservation, du changement climatique, de la sécurité alimentaire et de la santé, nous avons besoin de moyens efficaces pour rassembler toutes les données capables d’aider à la compréhension de l’évolution du monde, et le rôle essentiel que joue la biodiversité à toutes les échelles de cette évolution », a déclaré Donald Hobern, Secrétaire exécutif du GBIF. « Cette étape importante montre que le GBIF d’aujourd’hui est préparé pour un développement continu et qu’il est prêt à gérer l’énorme volume de données attendues de nouvelles sources et technologies, notamment le séquençage environnemental et la télédétection. »

Bien qu’atteindre un milliard d’enregistrements soit une étape importante, beaucoup de travail reste à faire, notamment l’extension des partenariats, nécessaires pour relier les sources de données sur la biodiversité qui ne sont pas encore connectées au réseau GBIF. Pour ce faire, GBIF.org fournit un cadre prêt à l’emploi pour aider les pays et les organisations à combler les lacunes et les biais dans la couverture géographique, temporelle et taxonomique des informations sur la biodiversité.

Les naturalistes, les explorateurs et les scientifiques ont documenté la vie autour du monde pendant des siècles. Les données gratuites sur la biodiversité servies sur le réseau GBIF, fournissent des preuves sur les espèces recueillies lors des expéditions sur le terrain et conservées dans des collections d’histoire naturelle du monde entier, en les rendant accessibles aux chercheurs et aux citoyens du monde entier y compris ceux des pays fournisseurs.

L’utilisation de formats de données normalisés et de licences sur GBIF.org élimine les conjectures et les incertitudes quant aux termes du partage et de l’utilisation des données ouvertes sur la biodiversité. L’index global incorpore également un système avancé de liaison de données correctement cité dans la recherche (exemple) aux jeux de données qu’ils supportent (exemple), assurant ainsi que les institutions qui partagent des données (exemple) reçoivent des crédits pour leurs actions. Le GBIF continue également de soutenir et de plaider en faveur des articles scientifiques sur les données appelés « data papers » en tant qu’outil permettant aux chercheurs d’obtenir des crédits académiques reconnus pour leur travail de collecte, de conservation et de partage de données librement accessible, interopérables et réutilisables.