Colombian-biodiversity-soils (COLBIOSOILS): From páramos to savannas and sea with mycorrhizal fungi

Study Extent

El area de estudio es en Colombia en dos transectos. La Cordillera Oriental con su punto más alto a 3600 m.s.n.m, hasta el río Cusiana 192 m.s.n.m, atravesando páramos, bosques andinos y los llanos. Así mismo atravesaron todos los pisos térmicos de Colombia (excluyendo glaciar). Por el lado de la Sierra Nevada de Santa Marta el punto más alto fue 913 m.s.n.m y se descendió hasta el nivel del mar 14 m.s.n.m en Colombia.

Sampling

En general, se siguió el procedimiento sugerido por SPUN (https://www.spun.earth/expeditions/sampling-protocol), el cual contemplaba explorar parcelas de 30 m x 30 m, de las cuales se hacía un submuestreo de 9 puntos. En cada punto se muestreaba el suelo con un barreno a una profundidad de 10 cm; posteriormente, las submuestras fueron mezcladas y se obtuvo una muestra compuesta de aproximadamente 20 gramos de suelo, la cual fue posteriormente caracterizada biológica y fisicoquímicamente. Se trabajó con guantes para evitar la contaminación cruzada entre muestras. Se colectaron muestras de 51 parcelas.

Method steps

1. La caracterización biológica de los organismos del suelo se realizó con métodos de biología molecular; Para la identificación los hongos se usó la técnica de secuenciación por amplificación.
2. El ADN genómico total se extrajo con DNeasy PowerSoil Pro Kit (QIAGEN), siguiendo las instrucciones del fabricante. Se produjeron bibliotecas de amplicones basadas en PCR utilizando conjuntos de cebadores específicos para cada taxón; para los hongos en general, se utilizaron fITS7 e ITS4 para amplificar la región ITS2. A continuación, se realizó una secuenciación MiSeq (Illumina Nextera XT - 2 × 300 pb) de amplicones por pares. A partir de esto, se llevaron a cabo procedimientos bioinformáticos; por ejemplo, las secuencias crudas se procesaron individualmente utilizando el pipeline "dadasnake", basado en DADA2, lo cual condujo a la obtención de variantes de secuencia de amplicón (ASV). Se emplearon bases de datos específicas de taxones, como UNITE, para identificar hongos. La taxonomía fúngica se utilizó para atribuir gremios y/o rasgos fúngicos empleando FungalTraits.

Este trabajo registra hongos detectados por método de secuenciación de amplicones (ITS2) con 13099 OTUs que agrupan AVS (97% de similitud) en un gradiente altitudinal en dos transectos de muestreo en Colombia. Se encontraron 17 fila, 121 clases, 185 órdenes y 450 familias de hongos

1. Pezizomycotina
   rank: class
2. Basidiobolomycota
   rank: phylum
3. Geminibasidiomycetes
   rank: class
4. Entorrhizomycota
   rank: phylum
5. Rozellomycota_cls_Incertae_sedis
   rank: class
6. Paraglomeromycetes
   rank: class
7. Wallemiomycetes
   rank: class
8. Tremellomycetes
   rank: class
9. Fungi
   rank: kingdom
10. Entomophthoromycota
    rank: phylum
11. Spizellomycetes
    rank: class
12. Mucoromycota
    rank: phylum
13. Mortierellomycetes
    rank: class
14. Entomophthoromycetes
    rank: class
15. Aphelidiomycetes
    rank: class
16. Glomeromycetes
    rank: class
17. Malasseziomycetes
    rank: class
18. Cladochytriomycetes
    rank: class
19. Pezizomycotina_cls_Incertae_sedis
    rank: class
20. Dothideomycetes
    rank: class
21. Ascomycota
    rank: class
22. Entorrhizomycetes
    rank: class
23. Glomeromycota_cls_Incertae_sedis
    rank: class
24. Spiculogloeomycetes
    rank: class
25. Umbelopsidomycetes
    rank: class
26. Classiculomycetes
    rank: class
27. Exobasidiomycetes
    rank: class
28. Sordariomycetes
    rank: class
29. Saccharomycetes
    rank: class
30. Lobulomycetes
    rank: class
31. Ascomycota
    rank: phylum
32. Rhizophlyctidomycetes
    rank: class
33. Archaeorhizomycetes
    rank: class
34. Zoopagomycota
    rank: phylum
35. Peribolosporomycetes
    rank: class
36. Agaricomycetes
    rank: class
37. Cystobasidiomycetes
    rank: class
38. Rozellomycota
    rank: phylum
39. Calcarisporiellomycota
    rank: phylum
40. Taphrinomycetes
    rank: class
41. Sareomycetes
    rank: class
42. Zoopagomycetes
    rank: class
43. Pezizomycetes
    rank: class
44. Basidiobolomycetes
    rank: class
45. Leotiomycetes
    rank: class
46. Agaricostilbomycetes
    rank: class
47. Mortierellomycota
    rank: phylum
48. Xylobotryomycetes
    rank: class
49. Rhizophydiomycetes
    rank: class
50. Laboulbeniomycetes
    rank: class
51. Tritirachiomycetes
    rank: class
52. SordariomycetesDothideomycetes
    rank: class
53. Atractiellomycetes
    rank: class
54. Rozellomycotina
    rank: class
55. Calcarisporiellomycetes
    rank: class
56. Neocallimastigomycota
    rank: phylum
57. Monoblepharomycota
    rank: phylum
58. Microbotryomycetes
    rank: class
59. Kickxellomycetes
    rank: class
60. Glomeromycota
    rank: phylum
61. Eurotiomycetes
    rank: class
62. Lecanoromycetes
    rank: class
63. Kickxellomycota
    rank: phylum
64. Monoblepharidomycetes
    rank: class
65. Chytridiomycetes
    rank: class
66. Ramicandelaberomycetes
    rank: class
67. Geoglossomycetes
    rank: class
68. Mucoromycetes
    rank: class
69. Pucciniomycetes
    rank: class
70. Dacrymycetes
    rank: class
71. Endogonomycetes
    rank: class
72. Ustilaginomycetes
    rank: class
73. Archaeosporomycetes
    rank: class
74. Aphelidiomycota
    rank: phylum
75. Basidiomycota
    rank: phylum
76. Chytridiomycota
    rank: phylum
77. Xylonomycetes
    rank: class
78. Orbiliomycetes
    rank: class

Se muestro La Cordillera Oriental con su punto más alto a 3600 m.s.n.m, hasta el río Cusiana 192 m.s.n.m, atravesando páramos, bosques andinos y los llanos. Así mismo atravesaron todos los pisos térmicos de Colombia (excluyendo glaciar). Por el lado de la Sierra Nevada de Santa Marta el punto más alto fue 913 m.s.n.m y se descendió hasta el nivel del mar 14 m.s.n.m en Colombia