Base de datos del Inventario Nacional In Situ de Parientes Silvestres de los Cultivos y Plantas Silvestres de Uso Alimentario
Citation
Iriondo Alegría J M (2023). Base de datos del Inventario Nacional In Situ de Parientes Silvestres de los Cultivos y Plantas Silvestres de Uso Alimentario. Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación. Metadata dataset https://doi.org/10.15470/5ja7j3 accessed via GBIF.org on 2024-12-12.Description
El propósito de esta colección es el desarrollo de una base de datos para el Inventario Nacional in situ de Parientes Silvestres de los Cultivos (PSC) y Plantas Silvestres de Uso Alimentario (PSUA) de España, siguiendo los principios FAIR. Esta base de datos debe servir para gestionar la conservación in situ de estos recursos fitogenéticos en España y potenciar su utilización. Igualmente se pretende que, desde esta base de datos, España contribuya con esta información sobre conservación in situ de poblaciones de PSC y PSUA del país, a la base de datos EURISCO que recoge información sobre la conservación de los recursos fitogenéticos en Europa (https://eurisco.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=103:1:0) y a la base de datos del Sistema Mundial de Información sobre Recursos Fitogenéticos (GLIS) (https://www.fao.org/plant-treaty/areas-of-work/global-information-system/es/) de la Organización de las Naciones Unidas para la Alimentación y la Agricultura (FAO).
Los objetivos del proyecto son: - Diseñar y crear una base de datos de acceso abierto siguiendo los principios FAIR - Reunir la información existente sobre distribución, acciones de conservación y uso potencial de PSC/PSUA listados en el Catálogo de la Estrategia Nacional para la Conservación y Utilización de Parientes Silvestres de los Cultivos y Plantas Silvestres de Uso Alimentario - Editar la información reunida de acuerdo con estándares de calidad específicos - Integrar información de diferentes fuentes de origen bajo una estructura común - Realizar un análisis de faltantes y un análisis de complementariedad al objeto de identificar las localidades de mayor relevancia para la conservación in situ de estos recursos. - Proporcionar a EURISCO y a GLIS datos sobre las reservas genéticas de PSC/PSUA existentes en España, poblaciones adicionales que están siendo conservadas in situ activamente y lugares candidatos para el establecimiento de reservas genéticas.
Los datos recogidos en el Inventario Nacional In Situ de Parientes Silvestres de los Cultivos y Plantas Silvestres de Uso Alimentario contienen: - Datos taxonómicos y nomenclaturales relativos a 521 especies de PSC y PSUA identificadas como prioritarias en la Estrategia Nacional para la Conservación y Utilización de Parientes Silvestres de los Cultivos y Plantas Silvestres de Uso Alimentario. - Datos biológicos, ecológicos y de utilización en mejora genética vegetal de un subconjunto de las especies citadas. - Datos poblacionales que incluyen identificadores únicos para cada población, información geográfica, temporal y tipo de hábitat y condiciones ambientales de la población. - Inventario y datos de conservación y gestión: incluye información sobre las poblaciones seleccionadas como parte del Inventario Nacional, la accesibilidad al germoplasma a través del sistema multilateral de la FAO y sobre la gestión de cada población, incluyendo los nombres e identificadores de las instituciones a cargo. Para todas las poblaciones de las 521 especies se proporciona información sobre su conservación, indicando si se encuentran en un área protegida, así como las acciones de conservación in situ existentes y su conservación en bancos de germoplasma. - Registros de ocurrencia y descripción de la localidad: contiene descriptores básicos sobre los registros e información corológica sobre las observaciones registradas para las diferentes especies. - Datos de herbario: contiene información sobre los especímenes de herbario recolectados y almacenados en herbarios, en relación con los registros de ocurrencia. - Metadatos de descubrimiento (discovery metadata): una descripción informativa general sobre el dataset creado.
Purpose
El propósito de esta colección es el desarrollo de una base de datos para el Inventario Nacional in situ de Parientes Silvestres de los Cultivos (PSC) y Plantas Silvestres de Uso Alimentario (PSUA) de España, siguiendo los principios FAIR. Esta base de datos debe servir para gestionar la conservación in situ de estos recursos fitogenéticos en España y potenciar su utilización. Igualmente se pretende que, desde esta base de datos, España contribuya con esta información sobre conservación in situ de poblaciones de PSC y PSUA del país, a la base de datos EURISCO que recoge información sobre la conservación de los recursos fitogenéticos en Europa (https://eurisco.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=103:1:0) y a la base de datos del Sistema Mundial de Información sobre Recursos Fitogenéticos (GLIS) (https://www.fao.org/plant-treaty/areas-of-work/global-information-system/es/) de la Organización de las Naciones Unidas para la Alimentación y la Agricultura (FAO).
Sampling Description
Study Extent
Información corológica, biológica, ecológica y de utilidad en la mejora genética de 521 especies prioritarias de parientes silvestres de los cultivos y plantas silvestres de uso alimentario definidas en la Estrategia Nacional. Área geográfica: España. Límites temporales: desde 1716 hasta nuestros días. Primera recolección de datos corológicos: noviembre de 2022. Primera recolección de datos biológicos, ecológicos y de mejora vegetal: agosto de 2023. Actualización continuada de nueva información durante el periodo de vigencia del proyecto hasta 2026.Sampling
Se han realizado sucesivas búsquedas de información corológica, biológica, ecológica y de utilidad en mejora genética a partir de diversas fuentes de datos bibliográficas y bases de datos globales, nacionales y autonómicas.Quality Control
• Utilización de herramientas para chequeos automáticos • Datos que se conforman al formato especificado • Verificación de la consistencia con modelos de datos y estándares Se dispondrá de un esquema descrito en la herramienta de diseño Vertabelo con la descripción de cada campo junto con la validación de los datos en MongoDB de todas las colecciones, utilizando para ello Schema Validation (https://www.mongodb.com/docs/manual/core/schema-validation/).Method steps
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La información corológica se ha obtenido mayoritariamente de la plataforma de GBIF, habiéndose completado con información procedente de múltiples fuentes (herbarios, bases de datos de biodiversidad autonómicas, publicaciones, etc.). Toda la información corológica se ha procesado a través del establecimiento de unos filtros de calidad de la georreferenciación, eliminándose aquellos registros con coordenadas geográficas erróneas o de baja precisión. Se han seleccionado las variables más útiles desde la perspectiva de la conservación y utilización en mejora genética de las poblaciones. Se ha utilizado un script del entorno estadístico R y un sistema de información geográfica para definir el concepto de población a partir de los registros de observaciones, de manera que los registros que distan menos de 500m entre sí se consideran parte de una misma población. De la misma manera, se han incluido atributos adicionales de tipo geográfico y ambiental obtenidos a partir de capas temáticas mediante las coordenadas geográficas. La información de rasgos biológicos, ecológicos y de utilidad en mejora genética vegetal se ha obtenido de diversas fuentes. Las más relevantes son:
- Floras que recogen información diversa sobre las especies objeto de estudio:
o Flora Iberica
o Flora Vascular de Andalucía Occidental
o Flora Vascular de Andalucía Oriental
o Atlas de la Flora del Pirineo
o Atlas Digital de Semillas de las Islas Canarias
o Especies Vegetales en Canarias
o Flora Canaria
o CanariWiki, Gobierno de Canarias
- Libros monográficos sobre mejora genética de cultivos:
o Especialmente la colección Wild Crop Relatives. Genomic and Breeding Resources. Springer (10 volúmenes)
- Bases de datos de flora que contienen información sobre los rasgos de interés:
o Pladias : Database of the Czech Flora and Vegetation (Chytrý et al., 2021)
o TRY : Plant Trait Database
o Ecological Flora of Britain and Ireland
o BROT
o Plants For A Future
o The LEDA Traitbase
o CCDB: Chromosome counts database
o FloraVeg.EU o Crop Wild Relatives GRIN Global
o The Harlan and de Wet inventory
Estas fuentes de datos han facilitado información sobre determinados rasgos y para aquellas especies del Catálogo prioritario de PSC y PSUA que aparecen recogidas. Para el resto de los rasgos y especies se ha llevado a cabo una búsqueda bibliográfica individualizada por especie y rasgo, recopilando los artículos de investigación que contienen la información deseada.
Additional info
Se puede obtener más información sobre las actividades de conservación de los PSC y PSUA en la siguiente página web del Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación: https://www.mapa.gob.es/es/agricultura/temas/medios-de-produccion/semillas-y-plantas-de-vivero/fitogeneticos_agricultura_alimentacion/Estrategia_PSC_PSUA.aspxTaxonomic Coverages
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Spermatophytacommon name: Vascular plants with seeds rank: phylum
Geographic Coverages
Bibliographic Citations
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