DFO Quebec Region Invertebrate assemblages and submerged aquatic vegetation in coastal areas of the St. Lawrence Estuary and Gulf (north shore) using a drop photo camera system.

Study Extent

The north shore of the St. Lawrence Estuary and Gulf between Portneuf-sur-Mer and Sept-Îles at depths ranging from 0 to 50 meters. Data were collected in various research surveys: • June 28th to July 5th 2019 (NGCC Leim) • July 13th to July 20th 2019 (small craft <10 m) • September 30th to October 9th 2019 (NGCC Leim) • August 10th to August 20th 2020 (small craft <10 m) • October 1st to October 10th 2020 (NGCC Leim) • April 22nd to May 5th 2021 (NGCC Perley) • July 27th to August 10th 2021 (small craft <10 m) • October 15th to October 24th 2021 (NGCC Perley) • June 24th to Jully 5th 2022 (NGCC Leim) • August 15th to August 26th 2022 (small craft <10 m) // Rive nord de l’estuaire et du golfe du Saint-Laurent entre Portneuf-sur-Mer et Sept-Îles à des profondeurs entre 0 et 50 mètres. Les données ont été récoltées lors de différents relevés scientifiques : • 28 juin au 5 juillet 2019 (NGCC Leim) • 13 juillet au 20 juillet 2019 (petite embarcation <10m) • 30 septembre au 9 octobre 2019 (NGCC Leim) • 10 août au 20 août 2020 (petite embarcation <10m) • 1er octobre au 10 octobre 10 2020 (NGCC Leim) • 22 avril au 5 mai 2021 (NGCC Perley) • 27 juillet au 10 août 2021 (petite embarcation <10m) • 15 octobre au 24 octobre 2021 (NGCC Perley) • 24 juin au 5 juillet 2022 (NGCC Leim) • 15 août au 26 août 2022 (petite embarcation <10m)

Sampling

Additional information about this dataset is available in the “Method step description” section. // Des renseignements additionnels concernant ce jeu de données sont disponibles dans la section « Description des étapes méthodologiques ».

Method steps

1. 1. Acquisition of photo samples in sequence: The drop camera photo (DCP) system used to sample underwater pictures is a stainless steel frame in the shape of a triangular prism of 50 cm wide, 100 cm long and 76 cm high at the level of the central eyelet. The sampling area is a quadrat of 0.25 m2 (interior dimensions of 50 cm by 50 cm). The system consists of two GoPro Hero 5 cameras (4000 × 3000 pixels) and two 8000 lumens dive lights (Big Blue VL8000). The first camera captures the elements located in the quadrat when viewed from above. The second camera offers an oblique view facilitating the evaluation of the elements present in the quadrat. At all sampling stations, five to nine system deployments (replicas) capturing photos every 10 seconds for 60 to 120 seconds were performed. // 1. Acquisition des échantillons de photos en séquence : Le système de caméra photo déposé (CPD) utilisé pour échantillonner les images sous-marines est un cadre d’acier inoxydable ayant la forme d’un prisme à base triangulaire de 50 cm de largeur, de 100 cm de longueur et de 76 cm de hauteur au niveau de l’œillet central. La superficie du quadrat d’échantillonnage est de 0.25 m2 (dimensions intérieures de 50 cm par 50 cm). Le système est composé de deux caméras GoPro Hero 5 (4000 × 3000 pixels) et de deux lumières de plongée de 8000 lumens (Big Blue VL8000). La première caméra permet de capter les éléments se trouvant dans le quadrat en vue du dessus. La seconde caméra permet d’avoir un plan oblique facilitant l’évaluation des éléments présents dans le quadrat. À toutes les stations d’échantillonnage, cinq à neuf déploiements du système (réplicas) capturant des photos toutes les 10 secondes durant 60 à 120 secondes, ont été réalisés.
2. 2. Image analysis: A photo image analysis method with sequence (moving images) was used for the occurrence data extraction and organism counts; measurements were taken to obtain vegetation cover percentages and substrate analyzes were also carried out. Analyzes were performed with the open-source Fiji software from ImageJ. A quality/visibility rating was assigned to the analyzed image sequences. // 2. Analyse d’images: Une méthode d’analyse des images photo avec séquence (en mouvement) a été utilisée pour l’extraction des données d’occurrence et d’abondance des organismes; des mesures ont été prises pour obtenir les pourcentages de couverture de la végétation et des analyses du substrat ont également été effectuées. Les analyses ont été réalisées avec le logiciel ouvert Fiji de ImageJ. Une cote de qualité/visibilité a été attribuée aux séquences d’images analysées.
3. 3. Taxonomic approach: Epibenthic organisms were identified at the lowest possible taxonomic rank. A morphotype approach has been systematically used (during annotations) for the identification of sponges, hydrozoans and bryozoans, and occasionally for other organisms such as algae. Species codes were also used to distinguish certain species that could not be identified at the time of the annotations (see verbatim Identification). To eliminate observer bias, the same person analyzed all images used in this database. The organisms were identified from underwater images using a combination of identification guides and scientific papers. // 3. Approche taxonomique : Les organismes épibenthiques ont été identifiés au plus bas rang taxonomique possible. Une approche par morphotypes a systématiquement été utilisé (lors des annotations) pour l’identification des éponges, des hydrozoaires et des bryozoaires, et occasionnellement pour d’autres organismes tels que les algues. Des codes d’espèce ont également été utilisés pour distinguer certaines espèces qui ne pouvaient être identifiées au moment des annotations (voir verbatimIdentification). Pour éliminer le biais d'observateur, la même personne a analysé toutes les images utilisées dans cette base de données. Les organismes ont été identifiés à partir d'images sous-marines en utilisant une combinaison de guides d'identification et d'articles scientifiques.
4. 4. Open nomenclature: The concept of open nomenclature has been integrated into occurrence data to support taxonomic identifications with their level of certainty, as recommended by Horton et al., 2021. The abbreviation stet. (stetit) was used when the decision not to go lower was made but an identification might be possible, whereas indet (Indeterminabilis) was used when a lower level identification was considered uncertain or impossible (see identificationqualifier). In addition, the abbreviation Confer (cf.) was used and integrated into the data tables (see occurrenceRemarks) in order to link identifications that could potentially and/or possibly be associated. // 4. Nomenclature ouverte : Le concept de nomenclature ouverte a été intégré dans les données d’occurrence pour accompagner les identifications taxonomiques avec leur niveau de certitude, tel que recommandé par Horton et al., 2021. L’abréviation stet. (stetit) a été utilisée lorsque la décision de ne pas aller plus bas a été prise mais qu’une identification est peut-être possible, alors que celle indet (Indeterminabilis) a été utilisé lorsqu’une identification plus bas niveau était considérée incertaine ou impossible (voir identificationqualifier). De plus, l’abréviation Confer (cf.) a été utilisée et intégrée dans les tables de données (voir occurenceRemarks) afin de relier des identifications qui pourraient potentiellement et/ou éventuellement être associées.
5. 5. Remarks: Several remarks have also been incorporated (see organismRemarks, identificationRemarks and taxonRemarks), and are intended to provide additional information that may be useful to some data users; Please note that these sections could be modified or improved. // 5. Remarques : Plusieurs remarques ont également été intégrées (voir organismRemarks, identificationRemarks et taxonRemarks), et visent à fournir des informations supplémentaires pouvant être utiles à certains utilisateurs des données; à noter que ces sections pourraient faire l’objet de modifications ou de bonification.
6. 6. Quality control: The taxonomic identifications were verified through a validation process, in collaboration with various expert taxonomists. All scientific names have been checked against the World Register of Marine Species (WoRMS) to match currently recognized standards. The WoRMS match was placed in the taxonID field of the instance file. Data quality control was performed using Robistools and worms packages. All sample locations were plotted on a map for visual verification that the latitude and longitude coordinates were within the described sample area. // 6. Contrôle qualité : Les identifications taxonomiques ont été vérifiés grâce à un processus de validation, en collaboration avec différents experts taxonomistes. Tous les noms scientifiques ont été vérifiés sur le registre mondial des espèces marines (WoRMS) pour correspondre aux normes actuellement reconnues. La correspondance WoRMS a été placée dans le champ taxonID du fichier d'occurrence. Le contrôle de la qualité des données a été effectué à l'aide des packages R obistools et worms. Tous les emplacements d'échantillonnage ont été reportés sur une carte afin d'effectuer un contrôle visuel confirmant que les coordonnées de latitude et de longitude se trouvaient dans la zone d'échantillonnage décrite.
7. 7. Data sharing: Only metadata and biodiversity occurrence data are shared in this dataset. The two files provided (DarwinCore format) are complementary and are linked by the "eventID" key. The "event" file includes generic event information, including date and location. The "occurrence" file includes the original identifiers of the observed organisms, identification comments and their taxonomy. A data dictionary is also provided to explain the fields used. For access to other data or images, contact David Lévesque. For more details about the project and the methodology, a technical report (Scallon-Chouinard et al., 2022) including sampling methods with drop camera photo systems (DCP) and stereoscopic baited remote underwater camera video systems (stereo-BRUVs) is currently available online (https://waves-vagues.dfo-mpo.gc.ca/library-bibliotheque/41081225.pdf); another technical report detailing photo and video image analysis methods will also be available. Data sharing: Only metadata and biodiversity occurrence data are shared in this dataset. For access to other data or images, contact David Lévesque. // 7. Partage des données : Seules les métadonnées et les données d’occurrence de la biodiversité sont partagés dans ce jeu de données. Les deux fichiers fournis (format DarwinCore) sont complémentaires et sont liés par la clé « eventID ». Le fichier «event» comprend les informations génériques de l'activité, notamment la date et la localisation. Le fichier «occurrence» comprend les identifiants originaux des organismes observés, des commentaires d’identification et leur taxonomie. Un dictionnaire des données est aussi fournis pour expliquer les champs utilisés. Pour l’accès aux autres données ou aux images, contacter David Lévesque. Pour plus de détails à propos du projet et de la méthodologie, un rapport technique (Scallon-Chouinard et al., 2022) incluant les méthodes d’échantillonnage avec les systèmes de caméra déposé (CPD) et de caméras vidéo stéréoscopiques appâtés (CVSA), est actuellement disponible en ligne (https://waves-vagues.dfo-mpo.gc.ca/library-bibliotheque/41081171.pdf); un autre rapport technique détaillant les méthodes d’analyse d’images photo et vidéo sera également disponible.

Data contains 4866 species occurrence data of 109 different taxa for epibenthic invertebrates and submerged aquatic vegetation (including algae) at depths ranging from 0 to more than 50 meters. // Données de 4866 occurrences de 109 taxons d'invertébrés épibenthiques et de végétation aquatique submergée (y compris les algues) observés à des profondeurs allant de 0 à plus de 50 mètres

1. Echinarachnius parma
   rank: species
2. Bivalvia
   rank: class
3. Ophiuroidea
   rank: class
4. Gastropoda
   rank: class
5. Ascidiacea
   rank: class
6. Polyplacophora
   rank: class
7. Asteroidea
   rank: class
8. Pycnogonida
   rank: class
9. Polychaeta
   rank: class
10. Balanidae
    rank: family
11. Oregoniidae
    rank: family
12. Crangonidae
    rank: family
13. Pleuronectidae
    rank: family
14. Styelidae
    rank: family
15. Tonicellidae
    rank: family
16. Actiniidae
    rank: family
17. Asteriidae
    rank: family
18. Mysidae
    rank: family
19. Mytilidae
    rank: family
20. Gadidae
    rank: family
21. Cottidae
    rank: family
22. Sabellidae
    rank: family
23. Buccinidae
    rank: family
24. Pectinidae
    rank: family
25. Terebellidae
    rank: family
26. Solasteridae
    rank: family
27. Bangiaceae
    rank: family
28. Agonidae
    rank: family
29. Pagurus
    rank: genus
30. Pandalus
    rank: genus
31. Hyas
    rank: genus
32. Strongylocentrotus
    rank: genus
33. Buccinum
    rank: genus
34. Mesodesma
    rank: genus
35. Leptasterias
    rank: genus
36. Mya
    rank: genus
37. Ammodytes
    rank: genus
38. Littorina
    rank: genus
39. Myoxocephalus
    rank: genus
40. Gorgonocephalus
    rank: genus
41. Phycodrys
    rank: genus
42. Astarte
    rank: genus
43. Henricia
    rank: genus
44. Saccharina
    rank: genus
45. Dendronotus
    rank: genus
46. Actinopterygii
    rank: class
47. Caridea
    rank: infraorder
48. Brachyura
    rank: infraorder
49. Animalia
    rank: kingdom
50. Actiniaria
    rank: order
51. Amphipoda
    rank: order
52. Malacalcyonacea
    rank: order
53. Trochida
    rank: order
54. Stauromedusae
    rank: order
55. Laminariales
    rank: order
56. Pleuronectiformes
    rank: order
57. Nudibranchia
    rank: order
58. Bryozoa
    rank: phylum
59. Ochrophyta
    rank: phylum
60. Porifera
    rank: phylum
61. Rhodophyta
    rank: phylum
62. Chlorophyta
    rank: phylum
63. Sclerocrangon boreas
    rank: species
64. Mallotus villosus
    rank: species
65. Pandalus montagui
    rank: species
66. Hyas alutaceus
    rank: species
67. Metridium senile
    rank: species
68. Stichaeus punctatus
    rank: species
69. Hemithiris psittacea
    rank: species
70. Panomya norvegica
    rank: species
71. Serripes groenlandicus
    rank: species
72. Stomphia coccinea
    rank: species
73. Crossaster papposus
    rank: species
74. Chionoecetes opilio
    rank: species
75. Zostera subg. Zostera marina
    rank: species
76. Myxicola infundibulum
    rank: species
77. Cancer irroratus
    rank: species
78. Asterias rubens
    rank: species
79. Cucumaria frondosa
    rank: species
80. Agarum clathratum
    rank: species
81. Leptasterias (Hexasterias) polaris
    rank: species
82. Hyas araneus
    rank: species
83. Buccinum undatum
    rank: species
84. Pentamera calcigera
    rank: species
85. Solaster endeca
    rank: species
86. Cyclocardia borealis
    rank: species
87. Halcampa duodecimcirrata
    rank: species
88. Psolus fabricii
    rank: species
89. Chlamys islandica
    rank: species
90. Aspidophoroides monopterygius
    rank: species
91. Arrhoges occidentalis
    rank: species
92. Zirfaea crispata
    rank: species
93. Lucernaria quadricornis
    rank: species
94. Testudinalia testudinalis
    rank: species
95. Plicifusus kroyeri
    rank: species
96. Boltenia ovifera
    rank: species
97. Psolus phantapus
    rank: species
98. Corallinophycidae
    rank: subclass
99. Patellogastropoda
    rank: subclass
100. Eumalacostraca
     rank: subclass
101. Errantia
     rank: subclass
102. Sedentaria
     rank: subclass
103. Cirripedia
     rank: subclass
104. Cladobranchia
     rank: suborder
105. Doridina
     rank: suborder
106. Ciliatocardium ciliatum ciliatum
     rank: subspecies
107. Caprelloidea
     rank: superfamily
108. Ptiloteae
     rank: tribe

The north shore of the St. Lawrence Estuary and Gulf between Portneuf-sur-Mer and Sept-Îles at depths ranging from 0 to 50 meters. La rive nord de l’estuaire et du golfe du Saint-Laurent entre Portneuf-sur-Mer et Sept-Îles à des profondeurs entre 0 et 50 mètres