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Actualización de la Colección de Microorganismos de importancia acuática

Dataset homepage

Citation

Gómez Gil Rodríguez Sala B, Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad C (2025). Actualización de la Colección de Microorganismos de importancia acuática. Version 1.17. Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad. Occurrence dataset https://doi.org/10.15468/gk4rc4 accessed via GBIF.org on 2025-11-19.

Description

La colección CAIM ya gozó de un proyecto de computarización por parte de la CONABIO (CC007). Durante este proyecto se computarizó la Colección, pero varias de las cepas (261) quedaron incompletas en su identificación. De las 1813 cepas (registros) faltan por identificar 210 (11.6 %) y otros 51 sólo están a nivel de género; además se han adquirido varios nuevos ejemplares. Para poder llevar a cabo la actualización de la base de datos (BIOTICA), uno de los objetivos que no se pudo satisfacer plenamente en la propuesta anterior, es necesario identificar esas cepas. Para cumplir con este objetivo, en la presenta propuesta se realizarán secuenciaciones de genes útiles ("housekeeping") para poder llegar a una identificación correcta de las cepas bacterianas faltantes. Debido a que éstos genes ya se encuentran secuenciados y disponibles en bases de datos públicas (GenBank), los resultados que se ajusten con una similitud muy elevada (superior al 97-98% para el caso del 16S rARN, por ejemplo), será el criterio para identificar la cepa como perteneciente a esa especie. En caso de que el índice de similitud sea menor, se catalogará como potencial nueva especie y sujeta a posterior análisis. Con estos datos, se actualizará la base de datos para reflejar estas nuevas determinaciones y adicionar las bacterias que se han adquirido recientemente.

Reino: 1 Filo: 5 Clase: 4 Orden: 14 Familia: 22 Género: 39 Especie: 120 Epitetoinfraespecifico: 4

Taxonomic Coverages

Reino: Bacteria Filo: Proteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, Tenericutes, Actinobacteria Clase: Gammaproteobacteria, Bacilli, Alphaproteobacteria, Flavobacteriia Orden: Vibrionales, Bacillales, Alteromonadales, Lactobacillales, Pseudomonadales, Enterobacteriales, Aeromonadales, Rhizobiales, Oceanospirillales, Flavobacteriales, Caulobacterales, Entomoplasmatales, Rhodobacterales, Actinomycetales Familia: Vibrionaceae, Bacillaceae, Alteromonadaceae, Staphylococcaceae, Shewanellaceae, Streptococcaceae, Moraxellaceae, Enterobacteriaceae, Enterococcaceae, Pseudoalteromonadaceae, Pseudomonadaceae, Aeromonadaceae, Brucellaceae, Oceanospirillaceae, Flavobacteriaceae, Halomonadaceae, Alcanivoracaceae, Caulobacteraceae, Micrococcaceae, Spiroplasmataceae, Rhodobacteraceae, Microbacteriaceae
  1. Bacteria
    rank: kingdom
  2. Proteobacteria
    rank: phylum
  3. Firmicutes
    rank: phylum
  4. Bacteroidetes
    rank: phylum
  5. Tenericutes
    rank: phylum
  6. Actinobacteria
    rank: phylum
  7. Gammaproteobacteria
    rank: class
  8. Bacilli
    rank: class
  9. Alphaproteobacteria
    rank: class
  10. Flavobacteriia
    rank: class
  11. Vibrionales
    rank: order
  12. Bacillales
    rank: order
  13. Alteromonadales
    rank: order
  14. Lactobacillales
    rank: order
  15. Pseudomonadales
    rank: order
  16. Enterobacteriales
    rank: order
  17. Aeromonadales
    rank: order
  18. Rhizobiales
    rank: order
  19. Oceanospirillales
    rank: order
  20. Flavobacteriales
    rank: order
  21. Caulobacterales
    rank: order
  22. Entomoplasmatales
    rank: order
  23. Rhodobacterales
    rank: order
  24. Actinomycetales
    rank: order
  25. Vibrionaceae
    rank: family
  26. Bacillaceae
    rank: family
  27. Alteromonadaceae
    rank: family
  28. Staphylococcaceae
    rank: family
  29. Shewanellaceae
    rank: family
  30. Streptococcaceae
    rank: family
  31. Moraxellaceae
    rank: family
  32. Enterobacteriaceae
    rank: family
  33. Enterococcaceae
    rank: family
  34. Pseudoalteromonadaceae
    rank: family
  35. Pseudomonadaceae
    rank: family
  36. Aeromonadaceae
    rank: family
  37. Brucellaceae
    rank: family
  38. Oceanospirillaceae
    rank: family
  39. Flavobacteriaceae
    rank: family
  40. Halomonadaceae
    rank: family
  41. Alcanivoracaceae
    rank: family
  42. Caulobacteraceae
    rank: family
  43. Micrococcaceae
    rank: family
  44. Spiroplasmataceae
    rank: family
  45. Rhodobacteraceae
    rank: family
  46. Microbacteriaceae
    rank: family
  47. Vibrio
    rank: genus
  48. Bacillus
    rank: genus
  49. Marinobacter
    rank: genus
  50. Photobacterium
    rank: genus
  51. Staphylococcus
    rank: genus
  52. Oceanobacillus
    rank: genus
  53. Shewanella
    rank: genus
  54. Streptococcus
    rank: genus
  55. Listonella
    rank: genus
  56. Psychrobacter
    rank: genus
  57. Escherichia
    rank: genus
  58. Exiguobacterium
    rank: genus
  59. Enterococcus
    rank: genus
  60. Alteromonas
    rank: genus
  61. Pseudoalteromonas
    rank: genus
  62. Pseudomonas
    rank: genus
  63. Grimontia
    rank: genus
  64. Aeromonas
    rank: genus
  65. Pantoea
    rank: genus
  66. Agarivorans
    rank: genus
  67. Ochrobactrum
    rank: genus
  68. Marinomonas
    rank: genus
  69. Acinetobacter
    rank: genus
  70. Tenacibaculum
    rank: genus
  71. Enterobacter
    rank: genus
  72. Halomonas
    rank: genus
  73. Aliivibrio
    rank: genus
  74. Alcanivorax
    rank: genus
  75. Brevundimonas
    rank: genus
  76. Vagococcus
    rank: genus
  77. Micrococcus
    rank: genus
  78. Spiroplasma
    rank: genus
  79. Yersinia
    rank: genus
  80. Enterovibrio
    rank: genus
  81. Roseobacter
    rank: genus
  82. Salmonella
    rank: genus
  83. Edwardsiella
    rank: genus
  84. Microbacterium
    rank: genus
  85. Salinivibrio
    rank: genus
  86. Vibrio fortis
    rank: species
  87. Vibrio alginolyticus
    rank: species
  88. Vibrio harveyi
    rank: species
  89. Bacillus safensis
    rank: species
  90. Vibrio parahaemolyticus
    rank: species
  91. Vibrio ponticus
    rank: species
  92. Vibrio campbellii
    rank: species
  93. Vibrio mediterranei
    rank: species
  94. Vibrio rotiferianus
    rank: species
  95. Staphylococcus saprophyticus
    rank: species
  96. Oceanobacillus sojae
    rank: species
  97. Vibrio chagasii
    rank: species
  98. Streptococcus iniae
    rank: species
  99. Vibrio owensii
    rank: species
  100. Vibrio crassostreae
    rank: species
  101. Photobacterium damselae
    rank: species
  102. Vibrio inusitatus
    rank: species
  103. Listonella pelagia
    rank: species
  104. Vibrio azureus
    rank: species
  105. Vibrio cyclitrophicus
    rank: species
  106. Vibrio coralliilyticus
    rank: species
  107. Vibrio brasiliensis
    rank: species
  108. Psychrobacter maritimus
    rank: species
  109. Shewanella baltica
    rank: species
  110. Vibrio communis
    rank: species
  111. Photobacterium leiognathi
    rank: species
  112. Bacillus tequilensis
    rank: species
  113. Vibrio orientalis
    rank: species
  114. Vibrio natriegens
    rank: species
  115. Bacillus aryabhattai
    rank: species
  116. Psychrobacter marincola
    rank: species
  117. Photobacterium swingsii
    rank: species
  118. Vibrio navarrensis
    rank: species
  119. Vibrio proteolyticus
    rank: species
  120. Vibrio splendidus
    rank: species
  121. Vibrio kanaloae
    rank: species
  122. Vibrio xuii
    rank: species
  123. Escherichia coli
    rank: species
  124. Vibrio ichthyoenteri
    rank: species
  125. Bacillus infantis
    rank: species
  126. Vibrio gigantis
    rank: species
  127. Vibrio tubiashii
    rank: species
  128. Shewanella xiamenensis
    rank: species
  129. Oceanobacillus profundus
    rank: species
  130. Exiguobacterium profundum
    rank: species
  131. Vibrio sinaloensis
    rank: species
  132. Staphylococcus gallinarum
    rank: species
  133. Enterococcus hirae
    rank: species
  134. Staphylococcus xylosus
    rank: species
  135. Staphylococcus sciuri
    rank: species
  136. Exiguobacterium mexicanum
    rank: species
  137. Bacillus thioparans
    rank: species
  138. Shewanella haliotis
    rank: species
  139. Vibrio rumoiensis
    rank: species
  140. Alteromonas macleodii
    rank: species
  141. Pseudoalteromonas spongiae
    rank: species
  142. Vibrio alfacsensis
    rank: species
  143. Photobacterium indicum
    rank: species
  144. Vibrio halioticoli
    rank: species
  145. Vibrio cholerae
    rank: species
  146. Pseudomonas beteli
    rank: species
  147. Vibrio artabrorum
    rank: species
  148. Vibrio vulnificus
    rank: species
  149. Grimontia hollisae
    rank: species
  150. Pseudomonas otitidis
    rank: species
  151. Vibrio hepatarius
    rank: species
  152. Vibrio neptunius
    rank: species
  153. Staphylococcus epidermidis
    rank: species
  154. Pseudomonas aeruginosa
    rank: species
  155. Aeromonas hydrophila
    rank: species
  156. Pantoea dispersa
    rank: species
  157. Vibrio mimicus
    rank: species
  158. Agarivorans albus
    rank: species
  159. Ochrobactrum lupini
    rank: species
  160. Vibrio nereis
    rank: species
  161. Marinomonas communis
    rank: species
  162. Vibrio fluvialis
    rank: species
  163. Vibrio ordalii
    rank: species
  164. Pseudomonas taiwanensis
    rank: species
  165. Staphylococcus arlettae
    rank: species
  166. Listonella anguillarum
    rank: species
  167. Acinetobacter baumannii
    rank: species
  168. Photobacterium lutimaris
    rank: species
  169. Aeromonas punctata
    rank: species
  170. Pseudoalteromonas piscicida
    rank: species
  171. Pseudoalteromonas prydzensis
    rank: species
  172. Tenacibaculum mesophilum
    rank: species
  173. Enterobacter cloacae
    rank: species
  174. Halomonas alimentaria
    rank: species
  175. Bacillus circulans
    rank: species
  176. Vibrio cincinnatiensis
    rank: species
  177. Shewanella loihica
    rank: species
  178. Aliivibrio fischeri
    rank: species
  179. Alcanivorax dieselolei
    rank: species
  180. Bacillus cereus
    rank: species
  181. Photobacterium gaetbulicola
    rank: species
  182. Photobacterium jeanii
    rank: species
  183. Acinetobacter schindleri
    rank: species
  184. Brevundimonas terrae
    rank: species
  185. Enterococcus gallinarum
    rank: species
  186. Vagococcus lutrae
    rank: species
  187. Micrococcus yunnanesis
    rank: species
  188. Vibrio diabolicus
    rank: species
  189. Aliivibrio logei
    rank: species
  190. Spiroplasma penaei
    rank: species
  191. Enterobacter hormaechei
    rank: species
  192. Yersinia enterocolitica
    rank: species
  193. Vibrio aestuarianus
    rank: species
  194. Enterovibrio nigricans
    rank: species
  195. Vibrio gazogenes
    rank: species
  196. Vibrio pomeroyi
    rank: species
  197. Vibrio rarus
    rank: species
  198. Enterovibrio norvegicus
    rank: species
  199. Edwardsiella tarda
    rank: species
  200. Aeromonas veronii
    rank: species
  201. Aeromonas jandaei
    rank: species
  202. Pseudomonas anguilliseptica
    rank: species
  203. Microbacterium paraoxydans
    rank: species
  204. Pseudomonas mosselii
    rank: species
  205. Photobacterium angustum
    rank: species
  206. Photobacterium damselae subsp. damselae
    rank: infraspecificname
  207. Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila
    rank: infraspecificname
  208. Salmonella enterica subsp. enterica
    rank: infraspecificname
  209. Salinivibrio costicola subsp. vallismortis
    rank: infraspecificname

Geographic Coverages

País: País: ALEMANIA País: ARGENTINA (BUENOS AIRES) País: AUSTRALIA (NO DISPONIBLE, QUEENSLAND, TASMANIA, VICTORIA) País: BANGLADESH (DHAKA BIBHAG) País: BELGICA (FLEMISH) País: BRASIL (NO DISPONIBLE, SANTA CATARINA, SAO PAULO) País: CANADA País: CHILE País: CHINA (, SHANDONG, TAIWAN, ZHEJIANG) País: COLOMBIA País: COREA DEL SUR (, CHUNG-NAM, GYEONGGI, JEJUDO) País: DINAMARCA País: ECUADOR (GUAYAS) País: EGIPTO (SOUTH SINAI) País: ENGLAND País: ESPAÑA (, ANDALUCIA, CANARIAS, CATALUÑA, GALICIA, ILLES BALEARS, NAVARRA, VALENCIA, VALENCIANA) País: ESTADOS UNIDOS DE AMERICA (, CALIFORNIA, CONNECTICUT, FLORIDA, GEORGIA, HAWAII, MARYLAND, MASSACHUSETTS, NEW YORK, NORTH CAROLINA, OHIO, OREGON, SOUTH CAROLINA, TEXAS, VIRGINIA, WASHINGTON) País: FRANCIA (, AQUITAINE, BASSE-NORMANDIE, BRETAGNE, CORSICA, LIMOUSIN, LORRAINE, POITOU-CHARENTES) País: GRECIA País: GUATEMALA (RETALHULEU) País: GUERNSEY (VALE) País: HOLANDA (ZUID-HOLLAND) País: INDIA (TAMIL NADU) País: INDONESIA País: IRAN (FARS) País: ISRAEL (, MERIDIONAL) País: ITALIA (CAMPANIA) País: JAPON (, HOKKAIDO, IWATE, KAGOSHIMA, KANAGAWA, KOCHI, NAGASAKI, SIZUOKA, TOKYO) País: MEXICO (, BAJA CALIFORNIA, BAJA CALIFORNIA SUR, COLIMA, HIDALGO, NAYARIT, SINALOA, SONORA, VERACRUZ DE IGNACIO DE LA LLAVE) País: NEW CALEDONIA País: NORUEGA (, HORDALAND) País: NUEVA ZELANDA (WELLINGTON) País: PAPUA NUEVA GUINEA País: PHILIPINES País: PORTUGAL País: REINO UNIDO (GREATER LONDON, WALES) País: SCOTLAND (HIGHLAND) País: TAILANDIA (, BANGKOK) País: TANZANIA (ZANZIBAR) País: WALES

Bibliographic Citations

Contacts

Bruno Gómez Gil Rodríguez Sala
originator
position: Responsable
Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo ACCoordinación de Acuicultura y Manejo Ambiental (Mazatlán, Sinaloa)
Mazatlán
82100
Sinaloa
MX
Telephone: Tel 01(669) 989 8700 xt 245 o 221
email: bruno@ciad.mx
CONABIO Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad
metadata author
position: Dirección General de Sistemas
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad
Liga Periférico-Insurgentes Sur No. 4903, Col. Parques del Pedregal
MÉXICO
14010
Tlalpan
MX
Telephone: 50045000
email: patricia.ramos@conabio.gob.mx
homepage: https://www.gob.mx/conabio
Patricia Ramos Rivera
administrative point of contact
position: Directora General de Sistemas
Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad
Liga Periférico-Insurgentes Sur No. 4903, Col. Parques del Pedregal
México
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MX
Telephone: 50045000
email: patricia.ramos@conabio.gob.mx
homepage: https://www.gob.mx/conabio
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