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A georeferenced database of the edaphic biota currently available for Argentina

Citation

Sanabria M C V, Velazco V N, Tolosa G, Falco L B, Coviella C E (2023). A georeferenced database of the edaphic biota currently available for Argentina. Version 1.12. Instituto de Ecologia y Desarrollo Sustentable (INEDES). Occurrence dataset https://doi.org/10.15468/4pcmjs accessed via GBIF.org on 2024-12-12.

Description

Soils have been studied and classified in terms of their physical and chemical characteristics, while the knowledge about biodiversity and the ecosystem processes that they support is lagging behind. Furthermore, the advance in scientific knowledge contributed by different researchers is dispersed and it is necessary to collect it to bring the big picture into focus. Today it is possible to have the findings and data collected by different researchers, compile them and, based on technological advances, have tools that allow the information to be analyzed in its entirety. The main objective of this work is to compile and systematize all the bibliographic information available on the main organisms that make up biodiversity in the soil: Acari, Collembola and Crassiclitellata in Argentina. A second objective, is to link the composition and structure of the soil community with processes and flows in the ecosystem, and to estimate them at different scales and in soils with different anthropic impact. The database presented here, gathers presence information on the mentioned taxa, their geographical location for the entire country, while preserving the identity and authorship of each scientific work consulted. The taxonomic range of the organisms of the edaphic biota collected in this database ranges from class to subspecies, and are registered based on the taxonomic level reported by the original author in his or her research. The publications were obtained from Google Scholar, Scopus and JSTOR; In addition, records were added from INEDES theses, library searches, information requested from authors cited in other articles and unpublished works. In total, information was collected from 224 published scientific works, as well as personal information requested directly to some authors. The total number of registered individuals so far is 4838 of which 3049 specimens correspond to Acari, 944 to Classiclitellata and 845 belong to Collembola.

Sampling Description

Study Extent

The study area covers the entire territory of the Argentine Republic. Bibliographic works with information on the taxa Acari, Collembolla, and Clitellata were collected from different online repositories. The first recorded work is from 1902 and the last one is from 2023.

Sampling

Database building A database was built containing all the information available for Argentina on Acari, Collembola, and Crassiclitellata taxa. The building of the base was carried out in two stages as described below.

Quality Control

At the moment this type of control has not been carried out on the data set, except for typographical corrections.

Method steps

  1. Data collection: A comprehensive search was performed on the taxa of Acari, Collembola and Crassiclitellata for works carried out in the entire Argentina, since as back in time as possible. The works include theses from INEDES, online searches from Google Scholar, Scopus, and JSTOR, personal requests to authors mentioned in the bibliography, Universidad de Buenos Aires library and National Library. In each search engine it was necessary to use several different techniques to cover the largest number of publications:
  2. In Scopus the following strings were used: ALL((microarthropods OR springtails OR mites OR oribatida OR mesostigmata OR prostigmata OR astigmata) AND ( argentina) AND soil AND (family OR genus OR species)) AND (LIMIT-TO (SUBJAREA, "AGRI") OR LIMIT-TO (SUBJAREA, "ENVI") OR LIMIT-TO (SUBJAREA, "MULT") OR LIMIT-TO (SUBJAREA, "EART")) AND (LIMIT-TO (EXACTKEYWORD, "Collembola") OR LIMIT-TO (EXACTKEYWORD, "Acari") OR LIMIT-TO (EXACTKEYWORD, "Soil Fauna")) AND (LIMIT-TO (LANGUAGE, "English") OR LIMIT-TO (LANGUAGE, "Spanish") OR LIMIT-TO (LANGUAGE, "Portuguese"));
  3. ALL((microarthropods OR springtails OR mites OR oribatida OR mesostigmata OR prostigmata OR astigmata or earthworm) AND ( argentina) AND soil AND (family OR genus OR species)) AND (LIMIT-TO (SUBJAREA, "AGRI") OR LIMIT-TO (SUBJAREA, "ENVI") OR LIMIT-TO (SUBJAREA, "MULT") OR LIMIT-TO (SUBJAREA, "EART")) AND (LIMIT-TO (EXACTKEYWORD, "Collembola") OR LIMIT-TO (EXACTKEYWORD, "Acari") OR LIMIT-TO (EXACTKEYWORD, "Soil Fauna")) OR LIMIT-TO (EXACTKEYWORD, "earthworm")) AND (LIMIT-TO (LANGUAGE, "English") OR LIMIT-TO (LANGUAGE, "Spanish") OR LIMIT-TO (LANGUAGE, "Portuguese")).
  4. In Google Scholar, the initial search was for each taxon in Argentina, eg. "Acari Argentina"; This search provided only few publications. Therefore, a search was implemented for each group in each province, such as “Acari Salta Argentina”, both in Spanish and English.
  5. JSTOR database was used for searching older works. Additionally, if some work mentioned in a publication could not be found online or in libraries, the author was contacted directly to ask for the data. This was also the way unpublished works were obtained.
  6. The occurrence records were georeferenced based on the information provided by each original work. In this way the occurrences were geographically located according to different strategies: a) if the work reported the exact coordinates, these were taken, b) if the publication referenced the sites in an image were interpolated using a GIS tool and this approximation was taken as valid, c) if the works did not present exact information on the geographical coordinates, they were geolocated to the closest locations using Google Maps or Google Earth, d) Always Where possible, the georeferenced locations requested from the authors of the original work were used.
  7. Additionaly the biological occurrence of the different taxa found, as well as their geographical location, were recorded in this database, and we also ensured that the ownership of each scientific work was preserved, awarding the corresponding author to the registry.
  8. Data integration: The synonymy used by each researcher to identify the original work was preserved, including the key and nomenclature used by the authors during the development of their research. However, the taxonomy and nomenclature have changed over the years. That is why current systematic listings were chosen for each group according to the current taxonomic structure.
  9. In order to unify the nomenclature for Acari, the systematic lists of Subías 2022, and Pachl et al. 2020 in the suborder Oribatida were used for the Sarcoptiformes. For the infraorder Astigmata, as well as for the orders Mesostigmata and Trombidiformes, the list proposed in Zhang 2011 and Krantz and Walter 2009 was used.
  10. For Collembola, we followed the criteria put forth by Deharveng 2004, Zhang 2011, and Bernava-Laborde and Palacios-Vargas 2020 . Were for works that used a different taxonomic level, or a type of classification that fell into disuse, the data were incorporated into the database at the higher taxonomic level.
  11. For grouping the order Crassiclitellata, the information collected by Brown and Fragoso 2007, and by James and Davinson 2012 was used. Additionally, we also followed the considerations by Schmelz et al. 2021 that proposes updating in Oligochaeta (Annelida, Clitellata) to Order.
  12. For all taxonomic groups, when a specimen was tagged with a question mark indicating an ID doubt (¿) or with the abbreviations aff. or cf. it was registered at the next higher level, eg the individual registered as Scheloribates aff. Bidactylus, is counted made as of the genus Scheloribates.

Taxonomic Coverages

This data set of organisms of the edaphic biota in Argentina, covers different taxonomic levels of the Clitellata (Oligochaeta), Collembola, and Acari classes. It shows the Orders, Infraorders, Superfamilies, and Families widely recognized in the cited bibliography.
  1. Clitellata Michaelsen, 1919
    rank: class
  2. Crassiclitellata Jamieson, 1988
    rank: order
  3. Megascolecoidea
    rank: superfamily
  4. Acanthodrilidae Claus, 1880
    rank: family
  5. Megascolecidae Rosa, 1891
    rank: family
  6. Ocnerodrilidae Beddard, 1891
    rank: family
  7. Lumbricoidea
    rank: superfamily
  8. Lumbricidae Rafinesque-Schmaltz, 1815
    rank: family
  9. Glossoscolecoidea
    rank: superfamily
  10. Glossoscolecidae Michaelsen, 1900
    rank: family
  11. Enchytraeoidea
    rank: superfamily
  12. Enchytraeidae Vejdovsky, 1879
    rank: family
  13. Collembola Lubbock, 1870
    rank: class
  14. Entomobryomorpha Börner, 1913
    rank: order
  15. Isotomoidea Schäffer, 1896
    rank: superfamily
  16. Isotomidae Schäffer, 1896
    rank: family
  17. Entomobryoidea Schäffer, 1896
    rank: superfamily
  18. Entomobryidae Schäffer, 1896
    rank: family
  19. Paronellidae Börner
    rank: family
  20. Microfalculidae Massoud y Betsch, 1966
    rank: family
  21. Tomoceroidea Szeptycki A, 1979
    rank: superfamily
  22. Tomoceridae Schäffer, 1896
    rank: family
  23. Poduromorpha Börner, 1913
    rank: order
  24. Hypogastruroidea Börner, 1906
    rank: superfamily
  25. Hypogastruridae Börner, 1906
    rank: family
  26. Neanuroidea Börner, 1901
    rank: superfamily
  27. Neanuridae Börner, 1901
    rank: family
  28. Brachystomellidae Stach, 1949
    rank: family
  29. Odontellidae Massoud, 1967
    rank: family
  30. Onychiuroidea Lubbock, 1867
    rank: superfamily
  31. Onychiuridae Lubbock, 1867
    rank: family
  32. Tullbergiidae Bagnall, 1935
    rank: family
  33. Poduroidea Latreille, 1804
    rank: superfamily
  34. Poduridae Latreille, 1804
    rank: family
  35. Isotogastruroidea Thibaud y Najt, 1992
    rank: superfamily
  36. Isotogastruridae Thibaud y Najt, 1992
    rank: family
  37. Neelipleona Massoud, 1971
    rank: order
  38. Neelidae Folsom, 1896
    rank: family
  39. Symphypleona Börner, 1901
    rank: order
  40. Katiannoidea Börner, 1913
    rank: superfamily
  41. Katiannidae Börner, 1913
    rank: family
  42. Spinothecidae Delamare Deboutteville, 1961
    rank: family
  43. Arrhopalitidae Stach, 1956
    rank: family
  44. Sminthuroidea Lubbock, 1862
    rank: superfamily
  45. Sminthuridae Lubbock, 1862
    rank: family
  46. Bourletiellidae Börner, 1912
    rank: family
  47. Sminthuridoidea Börner, 1906
    rank: superfamily
  48. Sminthurididae Börner, 1906
    rank: family
  49. Dicyrtomoidea Börner, 1906
    rank: superfamily
  50. Dicyrtomidae Börner, 1906
    rank: family
  51. Arachnida Cuvier, 1812
    rank: class
  52. Acari Leach, 1817
    rank: subclass
  53. Trombidiformes Reuter, 1909
    rank: order
  54. Prostigmata Kramer, 1877
    rank: suborder
  55. Paratydeoidea Baker, 1949
    rank: superfamily
  56. Paratydeidae Baker, 1949
    rank: family
  57. Anystoidea Oudemans, 1936
    rank: superfamily
  58. Anystidae Oudemans, 1936
    rank: family
  59. Trombidioidea Leach, 1815
    rank: superfamily
  60. Trombidiidae Leach, 1815
    rank: family
  61. Erythraeoidea Robineau-Desvoidy, 1828
    rank: superfamily
  62. Erythraeidae Robineau-Desvoidy, 1828
    rank: family
  63. Smarididae Kramer, 1878
    rank: family
  64. Eupodoidea Koch, 1842
    rank: superfamily
  65. Rhagidiidae Oudemans, 1922
    rank: family
  66. Eupodidae Koch, 1842
    rank: family
  67. Penthalodidae Thor, 1933
    rank: family
  68. Bdelloidea Dugès, 1834
    rank: superfamily
  69. Cunaxidae Thor, 1902
    rank: family
  70. Bdellidae Dugès, 1834
    rank: family
  71. Tydeoidea Kramer, 1877
    rank: superfamily
  72. Tydeidae André, 1980
    rank: family

Geographic Coverages

This work covers all of Argentina´s geography, as the collection of the information was performed as described above, for the entire territory of the country.

Bibliographic Citations

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