Microorganismos causantes del grado de biodeterioro en edificaciones antiguas y posibles bienes de interés cultural en la ciudad de Bucaramanga

Edgar Javier Rincón-Barón; Luis Carlos Tiria; Nohora Juliana Rueda Forero; Diego Fernando Herrera Pineda; Ruben Dario Garces Manosalva

doi:10.15472/svk3tv

Microorganismos causantes del grado de biodeterioro en edificaciones antiguas y posibles bienes de interés cultural en la ciudad de Bucaramanga

Citation

Rincón-Barón E J, Tiria L C, Rueda Forero N J, Herrera Pineda D F, Garces Manosalva R D (2024). Microorganismos causantes del grado de biodeterioro en edificaciones antiguas y posibles bienes de interés cultural en la ciudad de Bucaramanga. Universidad de Santander - UDES. Occurrence dataset https://doi.org/10.15472/svk3tv accessed via GBIF.org on 2024-12-14.

Description

El presente conjunto de datos contiene información sobre la caracterización de la microbiocenosis asociada al biodeterioro en edificaciones antiguas y posibles bienes de interés cultural en el área metropolitana de Bucaramanga. Para llevar a cabo este análisis microbiológico, se utilizó el Laboratorio de Biología Molecular y Biotecnología de la Universidad de Santander UDES. El muestreo se realizó en la Casa de la Cultura Piedra del Sol, ubicada en Floridablanca, Santander. Se empleó la plataforma MG-RAST para lograr una identificación precisa de los microorganismos hasta nivel de género. Esta identificación se basó en el uso de metadatos detallados que proporcionaban información esencial sobre la muestra analizada, los objetivos del estudio, el lugar exacto de recolección, el tipo de librería utilizada y los genes y regiones secuenciadas.

Los análisis se llevaron a cabo mediante el uso de algoritmos basados en similaridad, lo que permitió realizar asignaciones taxonómicas precisas. La concentración de ADN obtenida en el análisis fue de 500 ng/µL. En términos generales, se puede concluir que el biodeterioro que afecta los materiales que forman parte del ecosistema de un bien cultural se define como el proceso en el cual las actividades vitales de los organismos resultan en cambios indeseables en las propiedades de dicho material.

Sampling Description

Study Extent

Casa de la Cultura Piedra del Sol, Ubicada en el Municipio de Floridablanca-Santander, Colombia a 904 de altitud.

Sampling

Las muestras se tomaron haciendo un raspado superficial, seguido de fragmentos más grandes que se desprendieron por virtud del deterioro en áreas internas de la casa de la cultura, visiblemente afectadas.

Quality Control

Las muestras se tomaron considerando los protocolos para muestreos ambientales en exteriores. El personal utilizó guantes y material estéril (espátulas, cajas de Petri), una vez se colecto la muestra se selló apropiadamente y se refrigeró inmediatamente. Una vez en el laboratorio se colocaron en el congelador a -80C hasta su procesamiento.

Method steps

EXTRACCIÓN Y PURIFICACIÓN DE ADN METAGENÓMICO Para la extracción de ADN metagenómico total se empleó el E.Z.N.A Soil DNA kit, siguiendo las instrucciones del fabricante, brevemente se describe el protocolo a continuación: Lisis: Añadiendo el tampón SLX-Mlus y tampón DS para romper las membranas y así liberar su material genético. Eliminación de inhibidores: Añadiendo el tampón P2 y el reactivo cHTR teniendo en cuenta la coloración que tenga el sobrenadante, para en dado caso, añadir más reactivo cHTR. Unión: Añadiendo el tampón XP1 e insertando en una minicolumna de ADN HiBind el volumen de muestra especificado. Lavado: Añadiendo el tampón HBC diluido con isopropanol al 100% e insertando en un una nueva minicolumna de ADN HiBind el volumen de tampón de lavado de ADN diluido con etanol al 100%. Elusión: Guardando la minicolumna de ADN HiBind en nevera a -20°C.
LIBRERÍA – METAGENÓMICA: Se realizó en Macrogen sede Beotkkot-ro, Geumcheon-gu Seúl, Corea. Los primers que se implementaran para la amplificación y secuenciación de síntesis son:
ORIENTACIÓN A LA REGIÓN ARNR 16S (V3-V4): (Bakt_341F:CCTACGGGNGGCWGCAG) y (Bakt_805R: GACTACHVGGGTATCTAATCC). Los primers que se implementaran corresponden a los usados por (Mizrahi-Man et al., 2013) (Sinclair et al., 2015). Orientación a la región ARNr 18S (V4): (18S V4F: CCAGCAGCCGCGGTAATTCC) y (18S V4R: ACTTTCGTTCTTGATTAA). Los primers que se implementaran corresponden a los usados por (Yeh et al., 2021).
ORIENTACIÓN A LA REGIÓN ITS: (ITS1: CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA) y (ITS2: GCTGCGTTCTTCATCGATGC). Los primers que se implementaran corresponden a los usados por (Allende, Raúl;Picos, Paola;Márquez, Isidro;Carrilo José;García, 2013).
SECUENCIACIÓN POR PLATAFORMA ILLUMINA Las lecturas metagenómicas de cada muestra se ensamblecieron por separado utilizando el programa HiSeqTM 2000 Sequencing System, el cual permitirá la generación de hasta 200 Gb por ejecución con un rendimiento mayor de datos (Illumina, 2018).
ANÁLISIS DE LA LIBRERÍA DE ILLUMINA El análisis de las secuencias se realizó utilizando MG-RAST (mg-rast, s.f) siguiendo el protocolo descrito a continuación: Control de calidad (QC): Para el análisis de las secuencias ensambladas se realizó control de calidad con la plataforma FAST-QC (https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/) y toda secuencia deberá ser superior al 30%. Trimming: Cortando cebadores y adaptadores, implementando el software (Trimmomatic). Anotación: Se realizó con la plataforma MG-RAST (Metagenomics Rapid Annotation using Subsystem Technology), con algoritmos basados en similaridad, lo que permitirá realizar las asignaciones taxonómicas (https://www.mg-rast.org).

Taxonomic Coverages

Este conjunto de datos está compuesto por 97 registros biológicos, 82 a nivel de género y 15 a nivel de filo o división.

Oscillatoria
rank: genus
Bacillus
rank: genus
Pseudonocardia
rank: genus
Chroococcidiopsis
rank: genus
Geodermatophilus
rank: genus
Microcystis
rank: genus
Leptolyngbya
rank: genus
Nocardioides
rank: genus
Lactobacillus
rank: genus
Nostoc
rank: genus
Faecalibacterium
rank: genus
Bacteroides
rank: genus
Oceanobacillus
rank: genus
Clostridium
rank: genus
Candidatus solibacter
rank: species
Conexibacter
rank: genus
Thermomicrobium
rank: genus
Shaerobacter
rank: genus
Gemmata
rank: genus
Isosphaera
rank: genus
Sphaerobacter
rank: genus
Conexibacter
rank: genus
Mycobacterium
rank: genus
Methylopila
rank: genus
Pirellula
rank: genus
Planctomyces
rank: genus
Rhodopirellula
rank: genus
Chthoniobacter
rank: genus
Terrimonas
rank: genus
Staphylococcus
rank: genus
Alistipes
rank: genus
Saccharopolyspora
rank: genus
Blastopirellula
rank: genus
Rubrobacter
rank: genus
Streptomyces
rank: genus
Anaerotruncus
rank: genus
Coptotermes
rank: genus
Ancylobacter
rank: genus
Micromonospora
rank: genus
Nitrospira
rank: genus
Sinorhizobium
rank: genus
Arthrobacter
rank: genus
Gemmatimonas
rank: genus
Corynebacterium
rank: genus
Brevibacillus
rank: genus
Rhizobium
rank: genus
Paenibacillus
rank: genus
Subdoligranulum
rank: genus
Acanthamoeba
rank: genus
Scenedesmus
rank: genus
Sinella
rank: genus
Acrobeloides
rank: genus
Thaumatomonas
rank: genus
Diploscapter
rank: genus
Heteromita
rank: genus
Spiromyces
rank: genus
Cercomonas
rank: genus
Stichococcus
rank: genus
Blastobotrys
rank: genus
Filamoeba
rank: genus
Hartmannella
rank: genus
Koliella
rank: genus
Mortierella
rank: genus
Candida
rank: genus
Printzina
rank: genus
Kodamaea
rank: genus
Syncephalis
rank: genus
Chromulina
rank: genus
Hymenopellis
rank: genus
Roumegueriella
rank: genus
Myrothecium
rank: genus
Cryptosporidium
rank: genus
Coprinellus
rank: genus
Paracoccidioides
rank: genus
Paecilomyces
rank: genus
Psathyrella
rank: genus
Phialocephala
rank: genus
Cortinarius
rank: genus
Ochroconis
rank: genus
Laccaria
rank: genus
Aspergillus
rank: genus
Subdoligranulum
rank: genus
Paenibacillus
rank: genus
Glomeromycota
rank: phylum
Streptophyta
rank: phylum
Chordata
rank: phylum
Basidiomycota
rank: phylum
Proteobacteria
rank: phylum
Planctomycetes
rank: phylum
Bacteroidetes
rank: phylum
Chloroflexi
rank: phylum
Verrucomicrobia
rank: phylum
Acidobacteria
rank: phylum
Chlamydiae
rank: phylum
Chlorophyta
rank: phylum
Ascomycota
rank: phylum
Arthropoda
rank: phylum
Nematoda
rank: phylum

Geographic Coverages

Zona urbana, Municipio de Floridablanca Santander, Casa de la Cultura Piedra del Sol.

Bibliographic Citations

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Contacts

Edgar Javier Rincón-Barón
originator
position: Coinvestigador
Universidad de Santander
Cra 28 # 41-28 Barrio Sotomayor
Bucaramanga
Santander
CO
email: ed.rincon@mail.udes.edu.co
userId: http://orcid.org/0000-0003-1347-171X

Luis Carlos Tiria
originator
position: Investigador principal
Universidad del Santander
Bucaramanga
CO
Telephone: 313 2356860
email: lu.tiria@mail.udes.edu.co
userId: http://orcid.org/0000-0002-0758-872X

Nohora Juliana Rueda Forero
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position: Coinvestigadora
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Bucaramanga
CO
email: njuliana14@gmail.com
userId: http://orcid.org/0000-0003-1189-0603

Diego Fernando Herrera Pineda
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Bucaramanga
Santander
CO
userId: http://orcid.org/0000-0002-0276-6646

Ruben Dario Garces Manosalva
originator
position: Coinvestigador
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Bucaramanga
Santander
CO
email: dariogarces92@gmail.com
userId: http://orcid.org/0009-0004-7184-0477

Edgar Javier Rincón-Barón
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Edgar Javier Rincón-Barón
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Luis Carlos Tiria
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Nohora Juliana Rueda Forero
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Diego Fernando Herrera Pineda
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Ruben Dario Garces Manosalva
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email: dariogarces92@gmail.com
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