Colección de aislamientos de Streptococcus pneumoniae recuperados de enfermedad invasora en Colombia 1993 – 2017 del Instituto Nacional de Salud

Olga Marina Sanabria; Carolina Duarte; Jaime Moreno; Clara Inés Agudelo; Elizabeth Castañeda

doi:10.15472/4cnkni

Colección de aislamientos de Streptococcus pneumoniae recuperados de enfermedad invasora en Colombia 1993 – 2017 del Instituto Nacional de Salud

Citation

Sanabria O M, Duarte C, Moreno J, Agudelo C I, Castañeda E, Wiesner M (2020). Colección de aislamientos de Streptococcus pneumoniae recuperados de enfermedad invasora en Colombia 1993 – 2017 del Instituto Nacional de Salud. Version 1.1. Instituto Nacional de Salud. Occurrence dataset https://doi.org/10.15472/4cnkni accessed via GBIF.org on 2024-12-15.

Description

La diversidad biológica es la variabilidad de organismos vivos de cualquier ecosistema y comprende la diversidad de cada especie, entre especies y de los ecosistemas. La diversidad biológica es un patrimonio nacional y de interés para la humanidad, como está establecido en la Constitución Nacional de Colombia. De esta forma las colecciones biológicas que se encuentran en diferentes instituciones del país, como el Instituto Nacional de Salud hacen parte del conocimiento existente de la diversidad biológica y como tal hacen parte del patrimonio nacional. El recurso documentado a continuación hace referencia a la colección de la bacteria Gram-positiva Streptococcus pneumoniae, una las principales causas de morbilidad y mortalidad en niños y adultos en el mundo. En Colombia, la vigilancia por laboratorio de este patógeno se implementó desde 1993 con el fin de conocer los serotipos circulantes y perfiles de resistencia a los antimicrobianos de los aislamientos invasores. Hasta la fecha se han recuperado más de 7000 aislamientos de diferentes tipos de muestras de fluidos estériles. La vigilancia ha mostrado la circulación de los serotipos incluidos en las vacunas antineumocócicas como la conjugada PCV13 o Prevnar 13® que protege contra 13 serotipos, recomendada para los bebés, niños pequeños y todos los adultos de 65 años o más y la vacuna antineumocócica polisacárida PPSV23 o Pneumovax® que protege contra 23 serotipos recomendada para todos los adultos de 65 años o más y para quienes tienen 2 años o más y mayor riesgo de enfermarse. Igualmente, los resultados han mostrado la circulación en el país de los serotipos que no están incluidos en estas dos vacunas. Esta información epidemiológica es de suma importancia para la vigilancia nacional de este patógeno y contribuye en la toma de decisiones de los nuevos serotipos que se deben incluir en las vacunas.

Sampling Description

Study Extent

Aislamientos recolectados en Colombia en el marco de la vigilancia nacional por laboratorio de los agentes bacterianos responsables de neumonía y meningitis, en 31 departamentos y el distrito capital del país.

Sampling

Los aislamientos fueron recuperados a través de la vigilancia nacional por laboratorio de los agentes bacterianos responsables de neumonía y meningitis, es una vigilancia pasiva y voluntaria de la Red Nacional de Laboratorios en Colombia, en donde se remiten el microorganismo recuperados a partir de fluidos corporales estériles como hemocultivos, líquido cefalorraquídeo (L.C.R), líquido pleural (L. pleural), líquido peritoneal (L. peritoneal), entre otros (ver metadatos), al Grupo de Microbiología del INS, para su confirmación, serotipificación y determinación de susceptibilidad antimicrobiana.

Quality Control

El Grupo de Microbiología participa en el control de calidad UK NEQAS, EQA for Neisseria meningitidis identification and typing (Streptococcus, Haemophilus, N. meningitidis).

Method steps

Todos los aislamientos provienen de establecimientos clínicos con laboratorio de microbiología quienes realizan la identificación inicial mediante diferentes métodos automatizados o semiautomatizados. Posteriormente son enviados a través de los laboratorios de Salud pública departamental al INS, en donde se analizan para detectar alguno de los 96 serotipos conocidos a la fecha, dando prioridad a los serotipos vacunales. La serotipificación se realizó usando la reacción de Quellung y PCR. La prueba de sensibilidad se realizó a la penicilina, eritromicina, ceftriaxona, trimetoprim/sulfametoxazol, cloranfenicol, tetraciclina y vancomicina, y la interpretación de los resultados se hizo siguiendo los siguiendo las guías estandarizadas del CLSI.

Taxonomic Coverages

Todos los aislamientos de Streptococcus pneumoniae están identificados a nivel de género, especie, serotipo y adicionalmente cuentan con la información de perfil de sensibilidad, por métodos estandarizados.

Bacteria
rank: domain
Firmicutes
rank: phylum
Coccus
rank: class
Lactobacillales
rank: order
Streptococcaceae
rank: family
Streptococcus
rank: genus
pneumoniae
rank: species

Geographic Coverages

Aislamientos de Streptococcus pneumoniae recuperados de enfermedad invasiva neumocócica en Colombia. Los 7317 aislamientos son enviados por 31 laboratorios de salud pública departamentales y el distrito capital. El 75% de los aislamientos proceden de Bogotá, Antioquia y Valle debido a que estos departamentos concentran el mayor número de establecimientos hospitalarios de tercer nivel de atención que cuentan con laboratorio de microbiología, el 15,5% provienen de departamentos como Bolívar, Boyacá, Caldas, Risaralda y Santander y el resto del país aporta el 9,5% faltante.

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Clara Inés Agudelo
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