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Plantas Vasculares del Uruguay (Observaciones Fagúndez-Pachón)

Dataset homepage

Citation

Fagúndez-Pachón C, Grattarola F (2020). Plantas Vasculares del Uruguay (Observaciones Fagúndez-Pachón). Version 1.2. Biodiversidata. Occurrence dataset https://doi.org/10.15468/2qexdy accessed via GBIF.org on 2023-03-31.

Description

Este conjunto de datos contiene registros primarios de especies de plantas vasculares documentadas por César Fagúndez-Pachón. Incluye 383 observaciones de 208 especies, realizadas en 2003 y entre 2016 y 2019, en 12 localidades del Uruguay. Estos datos forman parte de la base de datos de plantas vasculares de Biodiversidata, el Consorcio de Datos de Biodiversidad del Uruguay.

Sampling Description

Study Extent

12 sitios distribuidos en los departamentos de Rocha, San José, Durazno y Río Negro en Uruguay, en 2003 y 2019en el período entre 2016 y 2019.

Sampling

El conjunto de datos reúne observaciones hechas en muestreos sistemáticos y no sistemáticos por César Fagúndez-Pachón.

Quality Control

Se chequearon errores en los nombres científicos, localización geográfica y fechas de muestreo. Se agregaron datos sobre la autoría de los nombres científicos y se completaron los rangos taxonómicos desde Reino hasta el rango infraespecífico, se incluyó el término ‘taxonRank’ con información sobre el nivel de detalle de cada taxón. Se asignó a cada registro el nivel administrativo de Departamento y se incorporaron datos sobre la incertidumbre y precisión de la localización geográfica. El código de R utilizado para la limpieza de datos está disponible en nuestro repositorio de GitHub (https://github.com/bienflorencia/rBiodiversidata).

Method steps

  1. Verificación de errores ortográficos de nombres científicos usando los paquetes de R 'taxize' (Chamberlain et al. 2020) y 'WorldFlora' (Kindt 2020). Para verificar los nombres primero contrastamos la lista de especies con la referencia taxonómica de World Flora Online (WFO) (http://www.worldfloraonline.org/), si la especie o su sinónimo sugeridos por WFO fuera aceptado según Zuloaga et al. (2019) en Darwinion (http://www.darwin.edu.ar), conservamos el nombre y el ‘taxonID’ de WFO, de lo contrario, utilizamos el nombre de Darwinion y buscamos una ‘taxonID’ en Tropicos (https://www.tropicos.org/). El nombre original de la especie se mantuvo bajo el término ‘previousIdentifications’. La lista final de nombres científicos fue verificada por los expertos en plantas de Biodiversidata.
  2. Determinación de rangos taxonómicos superiores (Reino, Filo, Clase, Orden, Familia y Género), inclusión del término de rango infraespecífico y la autoridad taxonómica para los nombres científicos.
  3. Incorporación del término ‘establishmentMeans’ categorizando a las especies en nativas o introducidas según Andrade et al. (2018).
  4. Verificación de valores atípicos o inexactos en la localización geográfica. Incorporación de los campos de incertidumbre y precisión para los valores de latitud y longitud proporcionados.
  5. Estandarización del estado/provincia geográfica a través de la base de datos del GeoNames Gazetteer utilizando el paquete R 'geonames' (Rowlingson 2019). Inclusión de términos estándares para los rangos geográficos más altos que el nivel de localidad (continente y país).

Taxonomic Coverages

Se registraron un total de 208 especies de plantas vasculares (187 nativas), 74 familias y 189 géneros.
  1. Tracheophyta
    common name: Plantas Vasculares rank: phylum
  2. Magnoliopsida
    rank: class
  3. Liliopsida
    rank: class
  4. Gnetopsida
    rank: class
  5. Lycopodiopsida
    rank: class
  6. Polypodiopsida
    rank: class

Geographic Coverages

La cobertura geográfica incluye 12 sitios en los departamentos de Rocha, San José, Durazno y Río Negro, en Uruguay

Bibliographic Citations

  1. Andrade BO, Marchesi E, Burkart S, Setubal RB, Lezama F, Perelman S, Schneider AA, Trevisan R, Overbeck GE, Boldrini II (2018) Vascular plant species richness and distribution in the Río de la Plata grasslands. Botanical Journal of the Linnean Society 188: 6. - https://doi.org/10.1093/botlinnean/boy063
  2. Chamberlain S, Szoecs E, Foster Z, Arendsee Z, Boettiger C, Ram K, Bartomeus I, Baumgartner J, O'Donnell J, Oksanen J, Tzovaras BG, Marchand P, Tran V, Salmon M, Li G, Grenié M (2020) taxize: Taxonomic information from around the web. R package version 0.9.92. - https://cran.r-project.org/web/packages/taxize
  3. Fagúndez C (2003) La vegetación de un blanqueal en el litoral oeste del Uruguay: efectos de la hormiga Atta vollenweideri Forel. Trabajo final de Licenciatura en ciencias biológicas, opción Botánica. Facultad de Ciencias, UdelaR, Montevideo-Uruguay. 28pp. - http://www.guayubira.org.uy/monte/bibliografia/FagundezBlanqueal.pdf
  4. Grattarola F, Botto G, da Rosa I, Gobel N, González EM, González J, Hernández D, Laufer G, Maneyro R, Martínez-Lanfranco JA, Naya DE, Rodales AL, Ziegler L, Pincheira-Donoso D (2019) Biodiversidata: An Open-Access Biodiversity Database for Uruguay. Biodiversity Data Journal 7. - https://doi.org/10.3897/BDJ.7.e36226
  5. Kindt R (2020) WorldFlora: An R package for exact and fuzzy matching of plant names against the World Flora Online Taxonomic Backbone data. bioRxiv. - https://doi.org/10.1101/2020.02.02.930719
  6. Rowlingson B (2019) Interface to the "Geonames" Spatial Query Web Service. R package version 0.999. - https://cran.r-project.org/web/packages/geonames/
  7. Zuloaga FO, Belgrano MJ, Zanotti CA (2019) Actualización del Catálogo de las Plantas Vasculares del Cono Sur. Darwiniana, nueva serie 7: 70. - https://doi.org/10.14522/darwiniana.2019.72.861

Contacts

César Fagúndez-Pachón
originator
position: Profesor Asistente
Centro Universitario Regional del Este (CURE), Universidad de la República
Rocha
Rocha
UY
email: cfagundez@cure.edu.uy
Florencia Grattarola
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position: Coordinadora y Data Manager
Biodiversidata
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homepage: https://flograttarola.com/
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