Plantas Vasculares del Uruguay (Observaciones Fagúndez-Pachón)

Study Extent

12 sitios distribuidos en los departamentos de Rocha, San José, Durazno y Río Negro en Uruguay, en 2003 y 2019en el período entre 2016 y 2019.

Sampling

El conjunto de datos reúne observaciones hechas en muestreos sistemáticos y no sistemáticos por César Fagúndez-Pachón.

Quality Control

Se chequearon errores en los nombres científicos, localización geográfica y fechas de muestreo. Se agregaron datos sobre la autoría de los nombres científicos y se completaron los rangos taxonómicos desde Reino hasta el rango infraespecífico, se incluyó el término ‘taxonRank’ con información sobre el nivel de detalle de cada taxón. Se asignó a cada registro el nivel administrativo de Departamento y se incorporaron datos sobre la incertidumbre y precisión de la localización geográfica. El código de R utilizado para la limpieza de datos está disponible en nuestro repositorio de GitHub (https://github.com/bienflorencia/rBiodiversidata).

Method steps

1. Verificación de errores ortográficos de nombres científicos usando los paquetes de R 'taxize' (Chamberlain et al. 2020) y 'WorldFlora' (Kindt 2020). Para verificar los nombres primero contrastamos la lista de especies con la referencia taxonómica de World Flora Online (WFO) (http://www.worldfloraonline.org/), si la especie o su sinónimo sugeridos por WFO fuera aceptado según Zuloaga et al. (2019) en Darwinion (http://www.darwin.edu.ar), conservamos el nombre y el ‘taxonID’ de WFO, de lo contrario, utilizamos el nombre de Darwinion y buscamos una ‘taxonID’ en Tropicos (https://www.tropicos.org/). El nombre original de la especie se mantuvo bajo el término ‘previousIdentifications’. La lista final de nombres científicos fue verificada por los expertos en plantas de Biodiversidata.
2. Determinación de rangos taxonómicos superiores (Reino, Filo, Clase, Orden, Familia y Género), inclusión del término de rango infraespecífico y la autoridad taxonómica para los nombres científicos.
3. Incorporación del término ‘establishmentMeans’ categorizando a las especies en nativas o introducidas según Andrade et al. (2018).
4. Verificación de valores atípicos o inexactos en la localización geográfica. Incorporación de los campos de incertidumbre y precisión para los valores de latitud y longitud proporcionados.
5. Estandarización del estado/provincia geográfica a través de la base de datos del GeoNames Gazetteer utilizando el paquete R 'geonames' (Rowlingson 2019). Inclusión de términos estándares para los rangos geográficos más altos que el nivel de localidad (continente y país).

Se registraron un total de 208 especies de plantas vasculares (187 nativas), 74 familias y 189 géneros.

1. Tracheophyta
   common name: Plantas Vasculares rank: phylum
2. Magnoliopsida
   rank: class
3. Liliopsida
   rank: class
4. Gnetopsida
   rank: class
5. Lycopodiopsida
   rank: class
6. Polypodiopsida
   rank: class

La cobertura geográfica incluye 12 sitios en los departamentos de Rocha, San José, Durazno y Río Negro, en Uruguay