Colección de microorganismos del Instituto SINCHI (COLMIS)

Study Extent

El área de estudio abarca toda la Cuenca Amazónica Colombiana.

Sampling

Los especímenes de la colección son aislados de muestras de suelo, suelo rizosférico, agua y sedimentos provenientes de ecosistemas estratégicos de la amazonia colombiana. La recolección de muestras se realiza en bolsas y envases plásticos estériles que son rotulados con el sitio de muestreo y fecha, y son enviadas al Laboratorio de biotecnología y recursos genéticos en la sede enlace Bogotá manteniendo la cadena de frío. Cuando las muestras ingresan al Laboratorio se inicia el procesamiento para el aislamiento y selección de cepas puras. Este proceso está a cargo de cada investigador, quien según su línea de investigación, utiliza diferentes metodologías, medios y condiciones de cultivo para aislar y seleccionar cepas puras con características metabólicas de interés.

Quality Control

Monitoreo del estado de los especímenes: Monitoreo post-preservación: Luego de 48 horas del proceso de criopreservación se verifica la viabilidad y pureza de los especímenes, para lo cual se retira del congelador el criovial de prueba de viabilidad y se descongela rápidamente sumergiéndolo en un beaker con agua a 38°C para evitar la recristalización. Posteriormente se realiza una siembra en medio sólido y se examina la viabilidad y pureza del cultivo. Si no hay viabilidad o está contaminado se renueva el banco de crioviales. Monitoreo a largo plazo Cada seis años se realiza el monitoreo de la viabilidad de los especímenes. Para esto, se debe retirar del congelador un criovial del stock de trabajo y se descongela rápidamente sumergiéndolo en un beaker con agua a 38°C para evitar la recristalización. Posteriormente se realiza una siembra en medio sólido y se verifica la viabilidad y pureza del microorganismo. • Si el microorganismo es viable y puro, se hace la reposición del criovial retirado del congelador. • Si el microorganismo no es viable o está contaminado, se reactiva otro criovial y se verifica la viabilidad y pureza. • Si todos los crioviales de un espécimen se encuentran inviables y/o contaminados y no se tiene un método alterno de conservación, el espécimen se da de baja de la colección. Si el espécimen se encuentra conservado también por liofilización, se debe sacar una copia conservada por este método.

Method steps

1. Protocolo para el depósito de cepas a la colección de microorganismos del Instituto Sinchi (COLMIS): La colección recibe bacterias y levaduras que hayan sido aisladas dentro del marco de los proyectos desarrollados por el Instituto SINCHI a lo largo de la Amazonia colombiana y que presenten potencial biotecnológico.
2. El depositante debe entregar un cultivo del microorganismo (bacteria o levadura) en medio sólido (caja con aislamiento en medio de cultivo óptimo) y en medio líquido (2 viales criopreservados) debidamente rotulados con el código del microorganismo; así como la documentación asociada. A partir del cultivo criopreservado se realiza un cultivo en medio sólido y se verifica la viabilidad y pureza contrastando los resultados con el cultivo en caja y la información presentada. Posteriormente se asigna el número de depósito y se prepara el lote de viales para preservar y almacenar a -80°C. Para el depósito de los especímenes se debe diligenciar el Formato de constancia de depósito de microorganismos, al cual debe adjuntarse los siguientes documentos: i. Plantilla de datos asociados al microorganismo depositado con la información detallada del depósito, origen, identificación taxonómica, características morfológicas, condiciones de cultivo, pruebas biológicas y restricciones y precauciones de bioseguridad. ii. Documentos que acredite la procedencia legal del microorganismo. Debido a que los especímenes depositados en la colección provienen de proyectos desarrollados por el Instituto SINCHI, su obtención legal está amparada por el Parágrafo 1 del Artículo 2.2.2.8.1.2 del Decreto 1076 de 2015, el cual expresa que las entidades de investigación adscritas y vinculadas al Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible no requieren del permiso de recolección de especímenes silvestres de la diversidad biológica con fines de investigación científica no comercial.
3. Eventualmente, si el depósito es realizado por una persona (natural o jurídica) diferente al Instituto SINCHI, la solicitud debe traer la documentación que acredite la procedencia legal del microorganismo: • Permiso de recolección de especímenes silvestres de la diversidad biológica con fines de investigación científica no comercial (Decreto 1376 de 2013). • Permiso de estudio para la recolección de especímenes de especies silvestres de la diversidad biológica con fines de elaboración de estudios ambientales (Decreto 3016 de 2013). • Permiso de investigación científica en diversidad biológica (Decreto 309 de 2000) • Contratos de acceso a recursos genéticos (Resolución 1348 de 2014) • Comunicado de ingreso temporal o definitivo por parte de Autoridad Ambiental o Instituto vinculado o adscrito al Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible. • Comunicado de donación de especímenes de otras colecciones registradas ante el RNC. La colección puede rechazar el depósito de un microorganismos en caso de: • No contar con el Permiso de recolección de especímenes silvestres de la diversidad biológica con fines de investigación científica no comercial, o Permiso de recolección de especímenes de la diversidad biológica para elaboración de Estudios de ambientales u otra documentación que acredite su procedencia legal. • Exceso de duplicados de la misma especie. • Falta de capacidad de mantener muestras adicionales bajo los preceptos del protocolo de manejo. • Entrega de especímenes en mal estado de preservación o que no cuenten con la información asociada. • Los especímenes no cumplan con el protocolo de manejo o con los estándares de la colección. • Las muestras no hayan sido colectadas en sitios que estén dentro de la región amazónica colombiana. En este caso, se informa al depositante sobre el rechazo y se devuelve el cultivo microbiano o se da de baja si este lo autoriza.

Actualmente, de los 465 especímenes se han identificado a nivel de especie 27 cepas de levaduras pertenecientes a 5 géneros y 207 especies de bacterias pertenecientes a 29 géneros. Algunas de estas cuentan con diferentes características como: Amilolíticas, fermentadoras, productoras de pigmentos, reductoras de mercurio, entre otras.

1. Actinobacteria
   rank: phylum
2. Actinomycetota
   rank: phylum
3. Bacillota
   rank: phylum
4. Bacteroidota
   rank: phylum
5. Firmicutes
   rank: phylum
6. Proteobacteria
   rank: phylum
7. Pseudomonadota
   rank: phylum

Los datos registrados abarcan departamentos de la Amazonia Colombiana como: Amazonas y Vaupés.