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DFO Quebec Region Biodiversity of the Planning for Integrated Environmental Response Coastal Survey in the St. Lawrence Estuary and Gulf (2017-2021)

Dataset homepage

Citation

Grégoire B (2022). DFO Quebec Region Biodiversity of the Planning for Integrated Environmental Response Coastal Survey in the St. Lawrence Estuary and Gulf (2017-2021). Version 1.6. Fisheries and Oceans Canada. Sampling event dataset https://doi.org/10.26071/ogsl-90c40dba accessed via GBIF.org on 2025-05-22.

Description

This dataset contains all observations of marine organisms noted during the analysis of 2959 underwater images sampled over a large extent of the coastal zone (≤10 m) of the Estuary and the Gulf of St. Lawrence (Quebec region). The dataset includes 21 490 occurrences of 150 taxa and informal categories including macroalgae, invertebrates and fish. Underwater images were collected between 2017 and 2021 according to a directed sampling protocol whose primary goal was to map large seaweed and eelgrass beds. Images were normally recorded as videos using a camera installed on a pole and placed near the seabed from a small boat. The collected data served primarily as ground-truth data to validate coasting zone mapping based on aerial photographs within the framework of the Planning for Integrated Environmental Response initiative (PIER).

Ce jeu de données contient toutes les observations d’organismes marins notées lors de l’analyse de 2959 images sous-marines échantillonnées sur une large étendue de la zone côtière (≤10 m) de l’estuaire et du golfe du Saint-Laurent (région du Québec). Le jeu de données comprend 21 490 occurrences de 150 taxons et catégories informelles, incluant des macroalgues, des invertébrés et des poissons. Les images sous-marines ont été recueillies entre 2017 et 2021, selon un protocole d’échantillonnage dirigé dont le but premier était de cartographier les grands bancs d’algues et les zostéraies. Les images étaient normalement enregistrées sous forme de vidéos à l’aide d’une caméra installée sur une perche et placée près du fond marin à partir d’une petite embarcation. Les données collectées ont principalement servi de données de validation pour la cartographie des zones côtières basée sur des photographies aériennes, dans le cadre de l’initiative Planification pour une intervention environnementale intégrée (PIEI).

Sampling Description

Study Extent

Samples were collected over a large extent of the coastal zone (≤10 m) of the Estuary and the Gulf of St. Lawrence. More precisely, the dataset includes observations from the Estuary of the St. Lawrence, the northern Gulf of the St. Lawrence as far east as Natashquan (Minganie), the Gaspé Peninsula and Baie-des-Chaleurs. Sampling locations were determined using a directed sampling protocol whose primary goal was to gather data useful to mapping large seaweed and eelgrass beds. Sampling locations were identified using aerial photographs and selected based on a number of factors including the presence of a poorly photo-interpretable substrate type or macroalgae cover, presence of a nearby water access point (usually less than 15 km) and the absence of pre-existing data for the given locality. Sampling locations were usually sampled once and distance between both samples and sample groupings (usually clustered around a water access point) was not controlled. / Les échantillons ont été recueillis sur une grande étendue de la zone côtière (≤10 m) de l’estuaire et du golfe du Saint-Laurent. Plus précisément, le jeu de données comprend des observations de l’estuaire du Saint-Laurent, du nord du golfe du Saint-Laurent jusqu’à Natashquan (Minganie), de la Gaspésie et de la Baie-des-Chaleurs. Les lieux d’échantillonnage ont été déterminés à l’aide d’un protocole d’échantillonnage dirigé dont le but premier était de recueillir des données utiles à la cartographie des grands bancs d’algues et de zostère. Ils ont été identifiés à l’aide de photographies aériennes et sélectionnés en fonction d’un certain nombre de facteurs, notamment la présence d’un type de substrat ou d’une couverture de macroalgues peu photo-interprétable, la présence d’un point d’accès à l’eau à proximité (habituellement moins de 15 km) et l’absence de données préexistantes pour la localité donnée. Les lieux d’échantillonnage ont généralement été échantillonnés une seule fois et la distance entre les échantillons et les groupes d’échantillons (généralement regroupés autour d’un point d’accès à l’eau) n’a pas été contrôlée.

Sampling

Samples were underwater images normally recorded as videos using a GoPro Hero action camera installed on a pole and placed near the seabed from a small boat. Video recordings consisted of two slow rotations, one near the bottom and a second above the canopy. The former supplied detailed images of the organisms to be identified while the latter provided a broader view of the ecosystem. Recorded depths were reduced to chart datum by the Canadian Hydrographic Service. Images were observed by a team of trained observers. Organisms were identified to the lowest taxonomic level possible. However, in some instances, identification to a relevant higher level was not possible. In such cases, the organisms, usually macroalgae, were informally categorized by colour and form (see verbatimIdentification). The lowest taxonomic level possible was then attributed to the given category. Identification notes are presented in the identificationRemarks field and include taxonomic classification decisions and uncertainties when considered pertinent. A visual dictionary (unilingual french only) was developed as an identification aid and accompanies this dataset (https://open.canada.ca/data/en/dataset/427e2a5f-2651-4be8-b41a-f2b2dbf08a51). More data, including a visibility index, estimated macroalgae and eelgrass cover, substrate type and dominant macroalgae and animals were recorded but not included in this dataset. These data may be made available upon request. A forthcoming DFO technical report provides more details. / Les échantillons étaient des images sous-marines normalement enregistrées sous forme de vidéos à l’aide d’une caméra d’action de type GoPro Hero installée sur une perche et placée près du fond de la mer à partir d’une petite embarcation. Les enregistrements vidéo consistaient en deux rotations lentes, une près du fond et une seconde au-dessus de la canopée. La première fournissait des images détaillées des organismes à identifier tandis que la seconde offrait une vue plus large de l’écosystème. Les profondeurs enregistrées ont été réduites au zéro des cartes par le Service hydrographique du Canada. Les images ont été observées par une équipe d’observateurs formés. Les organismes ont été identifiés au niveau taxonomique le plus bas possible. Dans certains cas, l’identification à un niveau supérieur pertinent n’était pas possible. Dans ces cas, les organismes, généralement des macroalgues, ont été classés de manière informelle par couleur et forme (voir verbatimIdentification). Le niveau taxonomique le plus bas possible a alors été attribué à la classe établie. Les notes d’identification sont présentées dans le champ identificationRemarks et incluent les décisions de classification taxonomique et les incertitudes lorsqu’elles sont jugées pertinentes. Un dictionnaire visuel a été développé comme aide à l’identification et accompagne cet ensemble de données (https://open.canada.ca/data/fr/dataset/427e2a5f-2651-4be8-b41a-f2b2dbf08a51). D’autres données, notamment un indice de visibilité, une estimation de la couverture de macroalgues et de zostère, le type de substrat et les macroalgues et animaux dominants ont été enregistrés, mais ne sont pas inclus dans ce jeu de données. Ces données peuvent être mises à disposition sur demande. Un rapport technique du MPO à venir fournit plus de détails .

Quality Control

Taxonomic names were verified on the World Register of Marine Species (WoRMS) to match recognized standards. The WoRMS match has been put in the scientificNameID field in the occurrence file. Data quality control was performed using the R packages obistools and worrms. All sampling locations were plotted on a map to perform a visual check confirming that the latitude and longitude coordinates were within the described sampling area. / Tous les noms taxonomiques ont été vérifiés sur le registre mondial des espèces marines (WoRMS) pour correspondre aux normes reconnues. La correspondance WoRMS a été placée dans le champ scientificNameID du fichier d’occurrence. Le contrôle de la qualité des données a été effectué à l’aide des paquets R obistools et worrms. Tous les emplacements d’échantillonnage ont été reportés sur une carte afin d’effectuer un contrôle visuel confirmant que les coordonnées de latitude et de longitude se trouvaient dans la zone d’échantillonnage décrite.

Method steps

  1. The organisms were identified from underwater images using a combination of identification guides and journal articles. The main resources are listed in the bibliographic citations section. / Les organismes ont été identifiés à partir d'images sous-marines en utilisant une combinaison de guides d'identification et d'articles scientifiques. Les principales ressources sont énumérées dans la section des citations bibliographiques.
  2. A visual dictionary was developed as an identification aid and accompanies this dataset (https://open.canada.ca/data/en/dataset/427e2a5f-2651-4be8-b41a-f2b2dbf08a51). / Un dictionnaire visuel a été développé comme outil d’aide à l’identification et accompagne ce jeu de données (https://open.canada.ca/data/fr/dataset/427e2a5f-2651-4be8-b41a-f2b2dbf08a51).
  3. Records were extracted from the PIER Quebec region underwater imagery database using SQL. / Les enregistrements ont été extraits de la base de données d’imagerie sous-marine du PIEI, région du Québec en utilisant SQL.

Taxonomic Coverages

Organisms are identified at the lowest possible level. / Les organismes sont identifiés au niveau le plus bas possible.
  1. Actiniaria
    rank: order
  2. Actiniidae
    rank: family
  3. Actinopterygii
    rank: superclass
  4. Agarum clathratum
    rank: species
  5. Ahnfeltia
    rank: genus
  6. Alaria esculenta
    rank: species
  7. Ammodytes
    rank: genus
  8. Amphipoda
    rank: order
  9. Animalia
    rank: kingdom
  10. Arenicola marina
    rank: species
  11. Ascidiacea
    rank: class
  12. Ascophyllum nodosum
    rank: species
  13. Asterias rubens
    rank: species
  14. Asteroidea
    rank: class
  15. Aulactinia stella
    rank: species
  16. Aurelia
    rank: genus
  17. Balanoidea
    rank: superfamily
  18. Bangiaceae
    rank: family
  19. Biota
    rank: kingdom
  20. Bivalvia
    rank: class
  21. Bryozoa
    rank: phylum
  22. Buccinidae
    rank: family
  23. Cancer irroratus
    rank: species
  24. Caprellidae
    rank: family
  25. Caridea
    rank: infraorder
  26. Catablema vesicarium
    rank: species
  27. Ceramiales
    rank: order
  28. Chaetomorpha
    rank: genus
  29. Chlorophyta
    rank: phylum
  30. Chondrus crispus
    rank: species
  31. Chorda
    rank: genus
  32. Chordaria
    rank: genus
  33. Cnidaria
    rank: phylum
  34. Corallina officinalis
    rank: species
  35. Corallinophycidae
    rank: subclass
  36. Cottidae
    rank: family
  37. Crangon septemspinosa
    rank: species
  38. Crossaster papposus
    rank: species
  39. Ctenophora
    rank: phylum
  40. Cucumaria frondosa
    rank: species
  41. Cyanea
    rank: genus
  42. Cyclopterus lumpus
    rank: species
  43. Demospongiae
    rank: class
  44. Dendronotus
    rank: genus
  45. Desmarestia
    rank: genus
  46. Devaleraea ramentacea
    rank: species
  47. Echinarachnius parma
    rank: species
  48. Ectocarpales
    rank: order
  49. Ensis leei
    rank: species
  50. Euspira heros
    rank: species
  51. Florideophyceae
    rank: class
  52. Fucaceae
    rank: family
  53. Fucus
    rank: genus
  54. Fucus distichus subsp. edentatus
    rank: subspecies
  55. Fucus distichus subsp. evanescens
    rank: subspecies
  56. Fucus vesiculosus
    rank: species
  57. Gadus
    rank: genus
  58. Gasterosteidae
    rank: family
  59. Gastropoda
    rank: class
  60. Gersemia rubiformis
    rank: species
  61. Halcampa duodecimcirrata
    rank: species
  62. Halichondria (Eumastia) sitiens
    rank: species
  63. Haliclona (Haliclona) oculata
    rank: species
  64. Halocynthia pyriformis
    rank: species
  65. Halosiphon tomentosus
    rank: species
  66. Henricia
    rank: genus
  67. Hildenbrandia
    rank: genus
  68. Hirudinea
    rank: subclass
  69. Homarus americanus
    rank: species
  70. Hyas
    rank: genus
  71. Hydrozoa
    rank: class
  72. Idotea
    rank: genus
  73. Laminaria digitata
    rank: species
  74. Laminariaceae
    rank: family
  75. Laminariales
    rank: order
  76. Leptasterias (Hexasterias) polaris
    rank: species
  77. Liparis
    rank: genus
  78. Littorina
    rank: genus
  79. Mesodesma arctatum
    rank: species
  80. Metridium senile
    rank: species
  81. Morone saxatilis
    rank: species
  82. Mya
    rank: genus
  83. Mysidae
    rank: family
  84. Mytilus
    rank: genus
  85. Myxicola
    rank: genus
  86. Nucella lapillus
    rank: genus
  87. Ophiopholis aculeata
    rank: species
  88. Pagurus
    rank: genus
  89. Palmaria palmata
    rank: species
  90. Phaeophyceae
    rank: class
  91. Pholis gunnellus
    rank: species
  92. Phycodrys
    rank: genus
  93. Phyllophoraceae
    rank: family
  94. Placopecten magellanicus
    rank: species
  95. Pleuronectidae
    rank: family
  96. Polychaeta
    rank: class
  97. Polyides rotunda
    rank: species
  98. Pseudobonellia iraidii
    rank: species
  99. Psolus fabricii
    rank: species
  100. Psolus phantapus
    rank: species
  101. Ptiloteae
    rank: tribe
  102. Ptychogena lactea
    rank: species
  103. Ralfsiales
    rank: order
  104. Rhodophyta
    rank: phylum
  105. Saccharina latissima
    rank: species
  106. Saccharina longicruris
    rank: species
  107. Saccorhiza dermatodea
    rank: species
  108. Scomber scombrus
    rank: species
  109. Scytosiphonaceae
    rank: family
  110. Sertulariidae
    rank: family
  111. Solaster endeca
    rank: species
  112. Spirorbinae
    rank: subfamily
  113. Stauromedusae
    rank: order
  114. Staurostoma mertensii
    rank: species
  115. Stichaeus punctatus
    rank: species
  116. Stomphia coccinea
    rank: species
  117. Strongylocentrotus droebachiensis
    rank: species
  118. Tautogolabrus adspersus
    rank: species
  119. Terebellidae
    rank: family
  120. Terebratulina septentrionalis
    rank: species
  121. Testudinalia testudinalis
    rank: species
  122. Tonicellidae
    rank: family
  123. Tubulariidae
    rank: family
  124. Zirfaea crispata
    rank: species
  125. Zoarces americanus
    rank: species
  126. Zostera marina
    rank: species

Geographic Coverages

The Estuary and the Gulf of St. Lawrence (Quebec region). The dataset includes observations from the Estuary of the St. Lawrence, the northern shore of the Gulf of St. Lawrence as for east as Natashquan (Minganie), the Gaspé Peninsula and Baie-des-Chaleurs. / L’estuaire et le golfe du Saint-Laurent (région du Québec). Le jeu de données comprend des observations de l’estuaire du Saint-Laurent, de la rive nord du golfe du Saint-Laurent jusqu’à Natashquan (Minganie), de la Gaspésie et de la Baie-des-Chaleurs.

Bibliographic Citations

  1. Chabot, R. and Rossignol, R. 2003. Algues et faune du littoral du Saint-Laurent maritime : Guide d’identification. Institut des sciences de la mer de Rimouski, Rimouski; Pêches et Océans Canada (Institut Maurice-Lamontagne), Mont-Joli. 113 p. -
  2. Leclerc, R. 1987. Guide d’identification des algues marines de l’estuaire du Saint-Laurent. Groupe d’animation en sciences naturelles du Québec inc., Saint-Romuald. 180 p. -
  3. Mathieson, A. C. and Dawes, C. J. 2017. Seaweeds of the Northwest Atlantic. Universtiy of Massachusetts Press, 798 p. -
  4. Nozères, C. and Archambault, D. 2014. Portfolio pour l’identification rapide d’invertébrés capturés au chalut dans l’estuaire et le nord du golfe du Saint-Laurent. Rapp. manus. can. sci. halieut. aquat. 3033 : iv + 30 p. -
  5. Saunders, G.W. 2022. The Seaweed of Canada: guide pages to assist with species confirmation. http://www.seaweedcanada.ca. [Accessed 2022-03-07]. / [Accédé le 2022-03-07]. -

Contacts

Benjamin Grégoire
originator
position: Biologist
Fisheries and Oceans Canada
850 route de la Mer
Mont-Joli
G5H 3Z4
Québec
CA
email: Benjamin.Gregoire@dfo-mpo.gc.ca
Benjamin Grégoire
metadata author
position: Biologist
Fisheries and Oceans Canada
850 route de la Mer
Mont-Joli
G5H 3Z4
Québec
CA
email: Benjamin.Gregoire@dfo-mpo.gc.ca
Data Management Section
point of contact
position: Scientific Advice, Information and Support Branch
Fisheries and Oceans Canada
850, route de la Mer
Mont-Joli
G5H 3Z4
Québec
CA
email: gddaiss-dmsaisb@dfo-mpo.gc.ca
Christine Desjardins
administrative point of contact
position: interim director
Fisheries and Oceans Canada
850 route de la Mer
Mont-Joli
G5H 3Z4
Québec
CA
email: Christine.Desjardins@dfo-mpo.gc.ca
Benjamin Grégoire
administrative point of contact
position: Biologist
Fisheries and Oceans Canada
850 route de la Mer
Mont-Joli
G5H 3Z4
Québec
CA
email: Benjamin.Gregoire@dfo-mpo.gc.ca
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