Colección de bacterias aisladas de Musa sp.
Citation
Villegas-Escobar V, Ceballos I, Mosquera S, Angulo M, Mira J J, Argel L E, Uribe Velez D, Romero Tabarez M, Orduz Peralta S, Posada Uribe L F, Villegas Escobar V, Rueda Isaza Y X (2023). Colección de bacterias aisladas de Musa sp.. Version 1.1. Universidad EAFIT. Occurrence dataset https://doi.org/10.15472/edmbw4 accessed via GBIF.org on 2024-09-01.Description
Colección de bacterias aeróbicas formadoras de endospora aisladas de la rizosfera y filosfera de plantas de banano y plátano del Urabá Antioqueño.
El presente conjunto de datos cuenta con 1.493 registros biológicos (RR.BB) colectados en el departamento de Antioquia, desde el año 2009 al 2019. Los RR.BB pertenecen al reino Bacteria, filo Firmicutes, clase Bacilli, se divide en los ordenes Bacillales y Paenibacillales. Un 8.10% está clasificado a nivel de especie y un 91.8% a orden.
Sampling Description
Study Extent
Bacterias aisladas de la filosfera y rizosfera de plantas de banano ubicadas en tres fincas bananeras del Urabá Antioqueño (Colombia): Campo experimental de Augura (7.779444, -76.666722), Finca la Navarra (7.866111, -76.6275), Finca el Aserrío (7.873611, -76.633406).Sampling
Las muestras de raíces y hojas de plantas de banano fueron colectadas de las diferentes fincas bananeras y enviadas a Medellín. Las muestras fueron procesadas antes de 48h de recolectadas las muestras. Las bacterias aeróbicas formadoras de endospora fueron aisladas de los tejidos mediante siembra en medios de cultivo sólidos para el recuento de unidades formadoras de colonia (UFC/g de tejido). Diferentes morfotipos de bacterias presentes en los aislamientos fueron seleccionados, purificados y conservados a -80°C.Method steps
- Las Muestras de hojas de banano se obtuvieron del campo experimental AUGURA. En cada plantación se seleccionaron 5 puntos para recolectar muestras compuestas de tres plantas antes de la floración mediante un muestreo probabilístico sin reposición. Se tomaron muestras de la posición de las hojas 2, 5 y 10 de cada planta, y cada hoja se dividió en cuatro partes iguales. Luego, se seleccionó para el análisis una parte del ápice y otra de la base.
- El aislamiento de bacterias epífitas se realizó con modificaciones a la metodología propuesta por un Yadav et al. 2005, lavando las muestras en un tampón de fosfato de sodio estéril. Las muestras se diluyeron en serie y 100 μL de cada dilución se sembraron en Agar Tripticase Soya (TSA). La población total de bacterias epífitas se estimó después de 48 h de incubación a 30 °C para aquellas diluciones que contenían 50–100 CFU por placa. Para el conteo total de bacterias epífitas y endófitas, las muestras sonicadas se homogeneizaron en una licuadora durante 10 s y, posteriormente, se realizó el mismo procedimiento de diluciones seriadas y placas. El conteo de bacterias cultivables en la filosfera se realizó para muestras de diferentes zonas foliares, posición de las hojas y plantas de diferentes cultivares de banano y plátano de Urabá (Colombia) con el fin de identificar la influencia de estas fuentes en la variabilidad (zona foliar, posición y cultivar) del tamaño de la población de bacterias epífitas y endófitas.
- Para seleccionar bacterias formadoras de endosporas (AEFB), se determinó la clasificación de Gram de cada colonia de acuerdo con el protocolo de Buck. Las bacterias grampositivas se purificaron en TSA al 10 % y se cultivaron en medios de Finley y Field. Los caldos de cultivo resultantes se sometieron a choque térmico y se sembraron en TSA para seleccionar bacterias. Todos los AEFB se almacenaron a -80 °C en Tripticase Soya Broth (TSB) con glicerol.
- Las muestras de raíces se recolectaron de las raíces de tres Musa spp. cultivares (plátano cv. Grand Naine y banano cv. Valery que pertenece al grupo de genoma AAA y subgrupo Cavendish, y plátano cv. Harton que pertenece al grupo de genoma AAB) en Urabá, Colombia (región nororiental). Para plátano cv. Grand Naine, se obtuvieron muestras de raíces de las plantaciones 1, 2 y 3; para cv. Valery, de las plantaciones 1 y 4; y para plátano cv. Harton, de las plantaciones 1 y 5. En cada plantación, se recolectaron muestras compuestas de raíces de tres plantas adyacentes (en etapa de prefloración) a 5–10 cm de profundidad se almacenaron en bolsas de propileno a 4 ◦C y se procesaron en 24 h.
- El aislamiento de AEFB se llevó a cabo suspendiendo 40 g de raíces con suelo de rizosfera adherido en 400 ml de tampón de fosfato de sodio, sonicando la suspensión durante 10 min. en un limpiador de ultrasonidos. A continuación, las suspensiones se colocaron en un agitador orbital durante 1 h y se homogeneizaron en una licuadora durante 15 s. Las suspensiones se diluyeron en serie y se sometieron a un tratamiento térmico y luego, 100 l de cada dilución se sembraron en TSA. Se seleccionaron, purificaron y almacenaron diferentes morfotipos a -80 ◦C en TSB con glicerol.
Additional info
[autoridad]CORPOURABA[numero]200-03-20-01-1312-2009[titular]Universidad EAFIT[nit o cedula]890901389-5[fecha]2009-10-19Taxonomic Coverages
El conjunto de datos cuenta con 1.493 registros biológicos (RR.BB). Las bacterias aisladas de plantas de banano y plátano, son todas bacterias aeróbicas formadoras de endospora del orden Bacillales. Alrededor del 8% de la colección está identificado a nivel de especie. Algunas especies representativas de la colección son: Bacillus subtilis; Bacillus amyloliquefaciens, Bacillus pumilus, Bacillus megaterium, Bacillus cereus, Bacillus altitudinis, Bacillus gibsonii, Paenibacillus pasadenensis
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Bacillalesrank: order
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Bacillus subtilisrank: species
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Bacillus amyloliquefaciensrank: species
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Bacillus pumilusrank: species
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Bacillus megateriumrank: species
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Bacillus cereusrank: species
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Bacillus altitudinisrank: species
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Bacillus gibsoniirank: species
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Paenibacillus pasadenensisrank: species
Geographic Coverages
Bacterias aisladas de la filosfera y rizosfera de plantas de banano ubicadas en tres fincas bananeras del Urabá Antioqueño (Colombia): Campo experimental de Augura (7.779444, -76.666722), Finca la Navarra (7.866111, -76.6275), Finca el Aserrío (7.873611, -76.633406)
Bibliographic Citations
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Valeska Villegas-Escobaroriginator
position: Profesor Titular
Universidad EAFIT
Carrera 49 No 7 Sur 50
Medellín
050022
Antioquia
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Telephone: (604) 2619500 Ext. 9823
email: vvilleg2@eafit.edu.co
homepage: http://www.eafit.edu.co
Isabel Ceballos
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Sandra Mosquera
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Monica Angulo
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John J. Mira
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Centro de Investigaciones del Banano-AUGURA
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Luz Edith Argel
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Carepa
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Daniel Uribe Velez
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Magally Romero Tabarez
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Sergio Orduz Peralta
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Luisa Fernanda Posada Uribe
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Yehimy Xilena Rueda Isaza
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position: Analista de laboratorio en Colecciones Biológicas
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