Colección Biológica del Caribe (CBC)

Study Extent

Departamentos de Antioquia, Atlántico, Bolívar, Cesar, Córdoba, Cundinamarca, La Guajira, Magdalena, Santander y Sucre

Sampling

Los métodos de colecta utilizados varían según el organismo, la matriz o el objetivo del trabajo.

Quality Control

Para garantizar la calidad de los especímenes, en el caso de las bacterias se obtienen aislados microbiológicos puros, que se caracterizan y validan por rasgos morfológicos, bioquímicos y genéticos; además, se siguen todos los protocolos de mantenimiento y conservación de dichas cepas, preservándolas a -80 °C. Para el ADN, este se verifica por electroforesis en gel de agarosa, se cuantifica espectrofotométricamente y amplificando y secuenciando marcadores genéticos, luego se preservan a -80 °C. En el caso de los tejidos vegetales, se verifica el estado del material colectado y se limpia para garantizar su preservación. Adicionalmente, se verifica la identidad taxonómica por secuenciación y filogenia molecular.

Method steps

1. Para colectar bacterias del suelo, se hace un agujero en el suelo de 10-15 cm de profundidad y se toma aproximadamente 500 g. Esta muestra se deposita en una bolsa de colecta estéril y se almacena en cadena de frio hasta llegar al laboratorio.
2. Luego se hace el aislamiento y caracterización de los microorganismos. Además, a partir de colonias aisladas o de una fracción de suelo, se realizan las extracciones de ADN genómico o metagenómico.
3. En la colecta de bacterias endófitas, se toman hojas y tallos de plantas y se transportan en cadena de frio al laboratorio. Luego, se macera el tejido vegetal en solución salina, se realizan diluciones y se cultivan en medios agarizados.
4. Para la colecta de tejidos vegetales, una vez identificada la especie en campo se toman hojas jóvenes y se depositan en tubos de 50 ml con silica gel para deshidratar los tejidos. Luego, en el laboratorio se realiza la extracción de ADN y pruebas moleculares para realizar la identificación.
5. En todos los casos, se georreferencia y se colectan los datos de la localidad, las descripciones morfológicas de las plantas y se rotulan las muestras.

La colección biológica cuenta con microorganismos aislados y ADN de bacterias los de los filo Proteobacterias y Firmicutes. En total, se registra una especie de Proteobacteria y tres especies de Firmicutes.

1. Achromobacter
   rank: genus
2. Bacillus
   rank: genus
3. Paenibacillus
   rank: genus
4. Pseudomonas
   rank: genus

Asimismo, la colección CBC posee tejidos y ADN de plantas de las familias Lecythidaceae, Lentibulariaceae y Malvaceae. En total, se registran siete especies de plantas vasculares.

1. Lecythis
   rank: genus
2. Theobroma
   rank: genus
3. Utricularia
   rank: genus

Los ejemplares proceden de distintas zonas del país en especial del Caribe Colombiano.