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Registros biológicos de especies de plantas del Bosque Seco en Colombia presentes en el Herbario JBGP

Dataset homepage

Citation

Rodríguez N (2022). Registros biológicos de especies de plantas del Bosque Seco en Colombia presentes en el Herbario JBGP. Version 1.6. Jardín Botánico de Cartagena "Guillermo Piñeres". Occurrence dataset https://doi.org/10.15472/v16okr accessed via GBIF.org on 2025-06-14.

Description

I2D-BIO_2016_042. Registros biológicos del herbarios de la Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres" correspondiente al producto No. 3 del convenio de cooperación Humboldt-JBGP No. 15-12-067-267CE, cuyo objeto es realizar actividades de sistematización de registros biológicos y digitalización de imágenes de especímenes botánicas referidas a la flora del bosque seco colombiano, como insumos para sentar las bases del análisis de riesgo de extinción de la flora de Colombia. Fueron 3753 registros pertenecientes a 1308 especies, 710 géneros y 140 familias, registradas en los departamentos de Amazonas, Antioquia, Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina, Atlántico, Bolívar, Caldas, Cesar, Chocó, Córdoba, La Guajira, Magdalena, Meta, Nariño, Quindío, Sucre, Valle del Cauca

Purpose

Aunar esfuerzos técnicos, administrativos y financieros entre el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y la Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeeres" (JBGP) para digitalizar, integrar y publicar al menos 3.000 registros e imágenes de colecciones botánicas de la flora del bosque seco tropical, con énfasis en la flora endémica y amenazada, como insumos para la construcción de conocimiento nacional y regional en biodiversidad.

Sampling Description

Study Extent

Ejemplares botánicos del bosque seco en Colombia depositadas en el herbario de la Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres" (JBGP), ubicado en el municipio de de Turbaco (Bolívar)

Sampling

Los datos contenidos en este recurso pertenecen a ejemplares de bosque seco en Colombia presentes en la colección JBGP que fueron digitalizados y compartidos en el "Herbario JBGP", a través de Flickr. Los exicados fueron seleccionados según un listado de especies del bosque seco tropical. Estos ejemplares se seleccionaron en la base de datos del herbario, posteriormente se ubicaron en la colección y finalmente fueron fotografiados, según protocolos proporcionados por supervisor de convenio.

Quality Control

Para los especímenes se hizo una revisión de la ortografía de las especies, sitios de colecta y colectores, una revisión y actualización del estado nomenclatural de los nombres científicos. Revisión, ajuste y asignación de coordenadas geográficas. Para las fotografías se controló la calidad requerida, se confirmó el enfoque y la exposición. Se revisaron manchas o rayas y desajustes entre los nombres de los archivos. Ajuste de vocabularios controlados en: - Elemento de registro: collectionID; - Elemento geográfico: county.

Method steps

  1. Se usaron tres listas de especies de bosque seco disponibles en la literatura: una proveniente del listado de especies publicado en el libro El Bosque Seco Tropical en Colombia (Pizano y García, 2014), otra proveniente del listado de especies del caribe sensu Jacquin (Madriñan, 2013) y finalmente un listado de la ocurrencia de especies dentro de un polígono trazado en el Caribe Colombiano usando la plataforma GBIF (GBIF, 2015). De las tres bases de datos se obtuvo un listado (BsTCaribe) con 2779 especies con presencia en el Caribe y el Bosque Seco Colombiano, los nombres y los autores de esta lista fueron validados usando la Herramienta Taxonomic Name Resolution Service v4.0 (TNRS, 2015).
  2. Validación: se creó una matriz de Identidades. Esta matriz es un subconjunto de datos de la Matriz Madre del Herbario compuesta por los registros de cada uno de los especímenes pertenecientes a especies del bosque seco. Los campos de esta matriz corresponde a los campos de la plantilla de formato Darwin Core que presentan sólo información de registro y taxonómica, como los datos de colector, identificación y descripción de los especímenes así como la familia y el orden, ente otros. Sobre esta matriz se comenzó a trabajar el proceso de validación de los datos y su concordancia con los que presentan los especímenes en físico, este proceso consiste en completar los vacíos de información, corregir errores de escritura, completar con los nombres nuevos y correctos, y adicionar información nueva (i.e. colectores asociados, previas identificaciones, otros números de catálogo). En total se validó la información para 4568 registros biológicos, de los cuales 3753 corresponden a registros únicos, los demás son duplicados.
  3. Georreferenciación: se creó una matriz para la Georreferenciación, pero solo con campos asociados a la localidad. Sobre esta matriz se hizo el proceso de georreferenciación, el cual estuvo dividido en varias etapas siguiendo el protocolo publicado por el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y el Instituto de Ciencias Naturales, Universidad Nacional de Colombia (Escobar et al., 2014): 1) estandarización de las localidades para que todas quedaran escritas y ordenadas de forma coherente y homogénea, 2) asignación de nivel de calidad, el cual depende de que tan completa es la información sobre el lugar donde hizo la colecta (i.e. que tenga o no coordenadas geográficas, que tenga datos de localidad específica) y 3) validación de las coordenadas – en caso de tener – o a asignar unas nuevas, ya sea porque las originales no coinciden o porque no existían. Una vez obtenida la coordenada se calculó el nivel de incertidumbre. En total se georreferenciaron 4493 registros biológicos.
  4. Estructuración de matriz formato Darwin Core: las matrices Identidades y Georreferenciación fueron utilizadas para alimentar los datos de la Matriz Madre del Herbario la cual se reestructuró siguiendo el estándar Darwin Core. Luego de migrar los datos provenientes de ambas matrices, se hizo una última revisión del formato y se corrigieron algunas inconsistencias. De esta forma, el nuevo conjunto de datos incluyó la información complementaria proveniente de la actualización taxonómica y la georreferenciación de todos los registros de bosque seco.
  5. Digitalización de especímenes: luego de la revisión de los protocolos de captura de Imágenes y de las sugerencias hechas por la supervisora del convenio, se desarrolló un nuevo protocolo con los siguientes parámetros: • Altura del brazo de la cámara: 81.9 cm • Luces: Luz lateral izquierda, luz lateral derecha y luz trasera • Velocidad de obturación: 1/40 • Apertura del diafragma: 11 f • Modo de enfoque: Automático, multifocal • Tipo de luz: Personalizada, calibrada con el gris más claro de la paleta de colores En total se fotografiaron 4559 registro biológicos. A las imágenes generadas en formato RAW se les aplicó la receta de edición y luego se exportan a formato JPEG. De la totalidad de las imágenes, se seleccionaron las fotografías correspondientes a los 3753 registros bilógicos únicos, estas fueron publicadas en la página del Herbario JBGP dentro del portal Flickr y se encuentran disponibles en el siguiente enlace: https://www.flickr.com/photos/134525203@N05/. Así mismo, se integró a las matriz Darwin Core el link correspondiente a cada uno de los registros.

Additional info

Existe un informe final y un listado taxonómico de las especies de bosque seco presentes en el Herbario JBGP. ambos incorporados a la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt.

Taxonomic Coverages

Registro biológicos de plantas del bosque seco colombiano depositados en el Herbario JBGP, que corresponden a 3753 registros pertenecientes a 1308 especies, 710 géneros y 139 familias. Se utilizó el código APG III como sistema de clasificación de las especies. Las actualizaciones nomenclaturales se realizaron utilizando la herramienta Taxonomic Name Resolution Service v4.0 (http://tnrs.iplantcollaborative.org/TNRSapp.html)
  1. Acanthaceae
    rank: family
  2. Achariaceae
    rank: family
  3. Achatocarpaceae
    rank: family
  4. Actinidiaceae
    rank: family
  5. Aizoaceae
    rank: family
  6. Alismataceae
    rank: family
  7. Amaranthaceae
    rank: family
  8. Amaryllidaceae
    rank: family
  9. Anacardiaceae
    rank: family
  10. Annonaceae
    rank: family
  11. Apocynaceae
    rank: family
  12. Aquifoliaceae
    rank: family
  13. Araceae
    rank: family
  14. Araliaceae
    rank: family
  15. Arecaceae
    rank: family
  16. Aristolochiaceae
    rank: family
  17. Aspleniaceae
    rank: family
  18. Asteraceae
    rank: family
  19. Batidaceae
    rank: family
  20. Begoniaceae
    rank: family
  21. Bignoniaceae
    rank: family
  22. Bixaceae
    rank: family
  23. Boraginaceae
    rank: family
  24. Bromeliaceae
    rank: family
  25. Burseraceae
    rank: family
  26. Buxaceae
    rank: family
  27. Cactaceae
    rank: family
  28. Calophyllaceae
    rank: family
  29. Campanulaceae
    rank: family
  30. Cannabaceae
    rank: family
  31. Cannaceae
    rank: family
  32. Capparaceae
    rank: family
  33. Cardiopteridaceae
    rank: family
  34. Caryocaraceae
    rank: family
  35. Celastraceae
    rank: family
  36. Chrysobalanaceae
    rank: family
  37. Clethraceae
    rank: family
  38. Clusiaceae
    rank: family
  39. Combretaceae
    rank: family
  40. Commelinaceae
    rank: family
  41. Connaraceae
    rank: family
  42. Convolvulaceae
    rank: family
  43. Costaceae
    rank: family
  44. Cucurbitaceae
    rank: family
  45. Cyatheaceae
    rank: family
  46. Cyclanthaceae
    rank: family
  47. Cyperaceae
    rank: family
  48. Dilleniaceae
    rank: family
  49. Dioscoreaceae
    rank: family
  50. Ebenaceae
    rank: family
  51. Elaeocarpaceae
    rank: family
  52. Erythroxylaceae
    rank: family
  53. Euphorbiaceae
    rank: family
  54. Fabaceae
    rank: family
  55. Gentianaceae
    rank: family
  56. Gesneriaceae
    rank: family
  57. Gleicheniaceae
    rank: family
  58. Goupiaceae
    rank: family
  59. Haemodoraceae
    rank: family
  60. Heliconiaceae
    rank: family
  61. Hernandiaceae
    rank: family
  62. Hymenophyllaceae
    rank: family
  63. Hypericaceae
    rank: family
  64. Icacinaceae
    rank: family
  65. Lacistemataceae
    rank: family
  66. Lamiaceae
    rank: family
  67. Lauraceae
    rank: family
  68. Lecythidaceae
    rank: family
  69. Linderniaceae
    rank: family
  70. Loasaceae
    rank: family
  71. Loganiaceae
    rank: family
  72. Loranthaceae
    rank: family
  73. Lythraceae
    rank: family
  74. Malpighiaceae
    rank: family
  75. Malvaceae
    rank: family
  76. Marantaceae
    rank: family
  77. Melastomataceae
    rank: family
  78. Meliaceae
    rank: family
  79. Menispermaceae
    rank: family
  80. Molluginaceae
    rank: family
  81. Moraceae
    rank: family
  82. Muntingiaceae
    rank: family
  83. Myristicaceae
    rank: family
  84. Myrtaceae
    rank: family
  85. Nyctaginaceae
    rank: family
  86. Ochnaceae
    rank: family
  87. Olacaceae
    rank: family
  88. Onagraceae
    rank: family
  89. Opiliaceae
    rank: family
  90. Orchidaceae
    rank: family
  91. Orobanchaceae
    rank: family
  92. Oxalidaceae
    rank: family
  93. Passifloraceae
    rank: family
  94. Pedaliaceae
    rank: family
  95. Peraceae
    rank: family
  96. Phyllanthaceae
    rank: family
  97. Phytolaccaceae
    rank: family
  98. Piperaceae
    rank: family
  99. Plantaginaceae
    rank: family
  100. Plumbaginaceae
    rank: family
  101. Poaceae
    rank: family
  102. Polygalaceae
    rank: family
  103. Polygonaceae
    rank: family
  104. Polypodiaceae
    rank: family
  105. Pontederiaceae
    rank: family
  106. Portulacaceae
    rank: family
  107. Primulaceae
    rank: family
  108. Proteaceae
    rank: family
  109. Pteridaceae
    rank: family
  110. Rhamnaceae
    rank: family
  111. Rubiaceae
    rank: family
  112. Rutaceae
    rank: family
  113. Salicaceae
    rank: family
  114. Santalaceae
    rank: family
  115. Sapindaceae
    rank: family
  116. Sapotaceae
    rank: family
  117. Schizaeaceae
    rank: family
  118. Scrophulariaceae
    rank: family
  119. Selaginellaceae
    rank: family
  120. Simaroubaceae
    rank: family
  121. Siparunaceae
    rank: family
  122. Smilacaceae
    rank: family
  123. Solanaceae
    rank: family
  124. Sphenocleaceae
    rank: family
  125. Staphyleaceae
    rank: family
  126. Surianaceae
    rank: family
  127. Talinaceae
    rank: family
  128. Tetrameristaceae
    rank: family
  129. Trigoniaceae
    rank: family
  130. Typhaceae
    rank: family
  131. Ulmaceae
    rank: family
  132. Urticaceae
    rank: family
  133. Verbenaceae
    rank: family
  134. Violaceae
    rank: family
  135. Vitaceae
    rank: family
  136. Vochysiaceae
    rank: family
  137. Zamiaceae
    rank: family
  138. Zingiberaceae
    rank: family
  139. Zygophyllaceae
    rank: family

Geographic Coverages

Registros biológicos de especies de plantas de bosque seco tropical depositadas en el herbario JBGP y registradas en los departamentos de Amazonas, Antioquia, Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina, Atlántico, Bolívar, Caldas, Cesar, Chocó, Córdoba, La Guajira, Magdalena, Meta, Nariño, Quindío, Sucre, Valle del Cauca

Bibliographic Citations

  1. Escobar D, Díaz SR, Jojoa LM, Rudas E, Albarracín RD, Ramírez C, Gómez JY, López CR, Saavedra J (2014). Georreferenciación de localidades: Una guía de referencia para colecciones biológicas. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt – Instituto de Ciencias Naturales, Universidad Nacional de Colombia. Bogotá D.C., Colombia. -
  2. GBIF Data Portal, www.gibif.net 2015. -
  3. Madriñán, S. 2013. Nikolaus Joseph Jacquin’s American Plants: Botanical Expedition to the Caribbean (1754–1759) and the Publication of the Selectarum Stirpium Americanarum Historia. Brill, Leiden. -
  4. Pizano C. & H. García. 2014. El Bosque Seco Tropical en Colombia. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (IAVH). Bogotá, Colombia. -
  5. The Taxonomic Name Resolution Service [Internet]. iPlant Collaborative. Version 4.0 [Ingreso: 23 Nov 2015]. Disponible en: http://tnrs.iplantcollaborative.org -

Contacts

Nicolás Rodríguez
originator
position: Coordinador Herbario
Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres"
Sector Matute
Turbaco
Bolívar
CO
email: herbario@jbgp.org.co
homepage: http://www.jbgp.org.co
Nicolás Rodríguez
metadata author
position: Coordinador Herbario
Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres"
Sector Matute
Turbaco
Bolívar
CO
email: herbario@jbgp.org.co
homepage: http://www.jbgp.org.co
Maria Paula Contreras
content provider
position: Asistente Herbario
Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres"
Sector Matute
Turbaco
Bolívar
CO
Yeison Herrera
content provider
position: Asistente Herbario
Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres"
Sector Matute
Turbaco
Bolívar
CO
email: yeiheme@hotmail.com
Infraestructura Institucional de Datos
custodian steward
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander Von Humboldt
Calle 28A No. 15-09
Bogotá, D.C.
Bogotá, D.C.
CO
Telephone: 3202767
email: i2d@humboldt.org.co
homepage: http://www.humboldt.org.co
Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres"
owner
Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres"
Sector Matute
Turbaco
Bolívar
CO
email: direccion@jbgp.org.co
homepage: http://www.jbgp.org.co
Carolina Castellanos
administrative point of contact
position: Investigador Adjunto
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Avenida Paseo Bolivar 16-20
Bogotá, D.C.
Bogotá, D.C.
CO
Telephone: 3202767
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