Registros biológicos de especies de plantas del Bosque Seco en Colombia presentes en el Herbario JBGP

Study Extent

Ejemplares botánicos del bosque seco en Colombia depositadas en el herbario de la Fundación Jardín Botánico "Guillermo Piñeres" (JBGP), ubicado en el municipio de de Turbaco (Bolívar)

Sampling

Los datos contenidos en este recurso pertenecen a ejemplares de bosque seco en Colombia presentes en la colección JBGP que fueron digitalizados y compartidos en el "Herbario JBGP", a través de Flickr. Los exicados fueron seleccionados según un listado de especies del bosque seco tropical. Estos ejemplares se seleccionaron en la base de datos del herbario, posteriormente se ubicaron en la colección y finalmente fueron fotografiados, según protocolos proporcionados por supervisor de convenio.

Quality Control

Para los especímenes se hizo una revisión de la ortografía de las especies, sitios de colecta y colectores, una revisión y actualización del estado nomenclatural de los nombres científicos. Revisión, ajuste y asignación de coordenadas geográficas. Para las fotografías se controló la calidad requerida, se confirmó el enfoque y la exposición. Se revisaron manchas o rayas y desajustes entre los nombres de los archivos. Ajuste de vocabularios controlados en: - Elemento de registro: collectionID; - Elemento geográfico: county.

Method steps

1. Se usaron tres listas de especies de bosque seco disponibles en la literatura: una proveniente del listado de especies publicado en el libro El Bosque Seco Tropical en Colombia (Pizano y García, 2014), otra proveniente del listado de especies del caribe sensu Jacquin (Madriñan, 2013) y finalmente un listado de la ocurrencia de especies dentro de un polígono trazado en el Caribe Colombiano usando la plataforma GBIF (GBIF, 2015). De las tres bases de datos se obtuvo un listado (BsTCaribe) con 2779 especies con presencia en el Caribe y el Bosque Seco Colombiano, los nombres y los autores de esta lista fueron validados usando la Herramienta Taxonomic Name Resolution Service v4.0 (TNRS, 2015).
2. Validación: se creó una matriz de Identidades. Esta matriz es un subconjunto de datos de la Matriz Madre del Herbario compuesta por los registros de cada uno de los especímenes pertenecientes a especies del bosque seco. Los campos de esta matriz corresponde a los campos de la plantilla de formato Darwin Core que presentan sólo información de registro y taxonómica, como los datos de colector, identificación y descripción de los especímenes así como la familia y el orden, ente otros. Sobre esta matriz se comenzó a trabajar el proceso de validación de los datos y su concordancia con los que presentan los especímenes en físico, este proceso consiste en completar los vacíos de información, corregir errores de escritura, completar con los nombres nuevos y correctos, y adicionar información nueva (i.e. colectores asociados, previas identificaciones, otros números de catálogo). En total se validó la información para 4568 registros biológicos, de los cuales 3753 corresponden a registros únicos, los demás son duplicados.
3. Georreferenciación: se creó una matriz para la Georreferenciación, pero solo con campos asociados a la localidad. Sobre esta matriz se hizo el proceso de georreferenciación, el cual estuvo dividido en varias etapas siguiendo el protocolo publicado por el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y el Instituto de Ciencias Naturales, Universidad Nacional de Colombia (Escobar et al., 2014): 1) estandarización de las localidades para que todas quedaran escritas y ordenadas de forma coherente y homogénea, 2) asignación de nivel de calidad, el cual depende de que tan completa es la información sobre el lugar donde hizo la colecta (i.e. que tenga o no coordenadas geográficas, que tenga datos de localidad específica) y 3) validación de las coordenadas – en caso de tener – o a asignar unas nuevas, ya sea porque las originales no coinciden o porque no existían. Una vez obtenida la coordenada se calculó el nivel de incertidumbre. En total se georreferenciaron 4493 registros biológicos.
4. Estructuración de matriz formato Darwin Core: las matrices Identidades y Georreferenciación fueron utilizadas para alimentar los datos de la Matriz Madre del Herbario la cual se reestructuró siguiendo el estándar Darwin Core. Luego de migrar los datos provenientes de ambas matrices, se hizo una última revisión del formato y se corrigieron algunas inconsistencias. De esta forma, el nuevo conjunto de datos incluyó la información complementaria proveniente de la actualización taxonómica y la georreferenciación de todos los registros de bosque seco.
5. Digitalización de especímenes: luego de la revisión de los protocolos de captura de Imágenes y de las sugerencias hechas por la supervisora del convenio, se desarrolló un nuevo protocolo con los siguientes parámetros: • Altura del brazo de la cámara: 81.9 cm • Luces: Luz lateral izquierda, luz lateral derecha y luz trasera • Velocidad de obturación: 1/40 • Apertura del diafragma: 11 f • Modo de enfoque: Automático, multifocal • Tipo de luz: Personalizada, calibrada con el gris más claro de la paleta de colores En total se fotografiaron 4559 registro biológicos. A las imágenes generadas en formato RAW se les aplicó la receta de edición y luego se exportan a formato JPEG. De la totalidad de las imágenes, se seleccionaron las fotografías correspondientes a los 3753 registros bilógicos únicos, estas fueron publicadas en la página del Herbario JBGP dentro del portal Flickr y se encuentran disponibles en el siguiente enlace: https://www.flickr.com/photos/134525203@N05/. Así mismo, se integró a las matriz Darwin Core el link correspondiente a cada uno de los registros.

Registro biológicos de plantas del bosque seco colombiano depositados en el Herbario JBGP, que corresponden a 3753 registros pertenecientes a 1308 especies, 710 géneros y 139 familias. Se utilizó el código APG III como sistema de clasificación de las especies. Las actualizaciones nomenclaturales se realizaron utilizando la herramienta Taxonomic Name Resolution Service v4.0 (http://tnrs.iplantcollaborative.org/TNRSapp.html)

1. Acanthaceae
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2. Achariaceae
   rank: family
3. Achatocarpaceae
   rank: family
4. Actinidiaceae
   rank: family
5. Aizoaceae
   rank: family
6. Alismataceae
   rank: family
7. Amaranthaceae
   rank: family
8. Amaryllidaceae
   rank: family
9. Anacardiaceae
   rank: family
10. Annonaceae
    rank: family
11. Apocynaceae
    rank: family
12. Aquifoliaceae
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13. Araceae
    rank: family
14. Araliaceae
    rank: family
15. Arecaceae
    rank: family
16. Aristolochiaceae
    rank: family
17. Aspleniaceae
    rank: family
18. Asteraceae
    rank: family
19. Batidaceae
    rank: family
20. Begoniaceae
    rank: family
21. Bignoniaceae
    rank: family
22. Bixaceae
    rank: family
23. Boraginaceae
    rank: family
24. Bromeliaceae
    rank: family
25. Burseraceae
    rank: family
26. Buxaceae
    rank: family
27. Cactaceae
    rank: family
28. Calophyllaceae
    rank: family
29. Campanulaceae
    rank: family
30. Cannabaceae
    rank: family
31. Cannaceae
    rank: family
32. Capparaceae
    rank: family
33. Cardiopteridaceae
    rank: family
34. Caryocaraceae
    rank: family
35. Celastraceae
    rank: family
36. Chrysobalanaceae
    rank: family
37. Clethraceae
    rank: family
38. Clusiaceae
    rank: family
39. Combretaceae
    rank: family
40. Commelinaceae
    rank: family
41. Connaraceae
    rank: family
42. Convolvulaceae
    rank: family
43. Costaceae
    rank: family
44. Cucurbitaceae
    rank: family
45. Cyatheaceae
    rank: family
46. Cyclanthaceae
    rank: family
47. Cyperaceae
    rank: family
48. Dilleniaceae
    rank: family
49. Dioscoreaceae
    rank: family
50. Ebenaceae
    rank: family
51. Elaeocarpaceae
    rank: family
52. Erythroxylaceae
    rank: family
53. Euphorbiaceae
    rank: family
54. Fabaceae
    rank: family
55. Gentianaceae
    rank: family
56. Gesneriaceae
    rank: family
57. Gleicheniaceae
    rank: family
58. Goupiaceae
    rank: family
59. Haemodoraceae
    rank: family
60. Heliconiaceae
    rank: family
61. Hernandiaceae
    rank: family
62. Hymenophyllaceae
    rank: family
63. Hypericaceae
    rank: family
64. Icacinaceae
    rank: family
65. Lacistemataceae
    rank: family
66. Lamiaceae
    rank: family
67. Lauraceae
    rank: family
68. Lecythidaceae
    rank: family
69. Linderniaceae
    rank: family
70. Loasaceae
    rank: family
71. Loganiaceae
    rank: family
72. Loranthaceae
    rank: family
73. Lythraceae
    rank: family
74. Malpighiaceae
    rank: family
75. Malvaceae
    rank: family
76. Marantaceae
    rank: family
77. Melastomataceae
    rank: family
78. Meliaceae
    rank: family
79. Menispermaceae
    rank: family
80. Molluginaceae
    rank: family
81. Moraceae
    rank: family
82. Muntingiaceae
    rank: family
83. Myristicaceae
    rank: family
84. Myrtaceae
    rank: family
85. Nyctaginaceae
    rank: family
86. Ochnaceae
    rank: family
87. Olacaceae
    rank: family
88. Onagraceae
    rank: family
89. Opiliaceae
    rank: family
90. Orchidaceae
    rank: family
91. Orobanchaceae
    rank: family
92. Oxalidaceae
    rank: family
93. Passifloraceae
    rank: family
94. Pedaliaceae
    rank: family
95. Peraceae
    rank: family
96. Phyllanthaceae
    rank: family
97. Phytolaccaceae
    rank: family
98. Piperaceae
    rank: family
99. Plantaginaceae
    rank: family
100. Plumbaginaceae
     rank: family
101. Poaceae
     rank: family
102. Polygalaceae
     rank: family
103. Polygonaceae
     rank: family
104. Polypodiaceae
     rank: family
105. Pontederiaceae
     rank: family
106. Portulacaceae
     rank: family
107. Primulaceae
     rank: family
108. Proteaceae
     rank: family
109. Pteridaceae
     rank: family
110. Rhamnaceae
     rank: family
111. Rubiaceae
     rank: family
112. Rutaceae
     rank: family
113. Salicaceae
     rank: family
114. Santalaceae
     rank: family
115. Sapindaceae
     rank: family
116. Sapotaceae
     rank: family
117. Schizaeaceae
     rank: family
118. Scrophulariaceae
     rank: family
119. Selaginellaceae
     rank: family
120. Simaroubaceae
     rank: family
121. Siparunaceae
     rank: family
122. Smilacaceae
     rank: family
123. Solanaceae
     rank: family
124. Sphenocleaceae
     rank: family
125. Staphyleaceae
     rank: family
126. Surianaceae
     rank: family
127. Talinaceae
     rank: family
128. Tetrameristaceae
     rank: family
129. Trigoniaceae
     rank: family
130. Typhaceae
     rank: family
131. Ulmaceae
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132. Urticaceae
     rank: family
133. Verbenaceae
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134. Violaceae
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135. Vitaceae
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136. Vochysiaceae
     rank: family
137. Zamiaceae
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138. Zingiberaceae
     rank: family
139. Zygophyllaceae
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Registros biológicos de especies de plantas de bosque seco tropical depositadas en el herbario JBGP y registradas en los departamentos de Amazonas, Antioquia, Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina, Atlántico, Bolívar, Caldas, Cesar, Chocó, Córdoba, La Guajira, Magdalena, Meta, Nariño, Quindío, Sucre, Valle del Cauca