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Presencia de Cryptococcus neoformans y Cryptococcus gattii en muestras ambientales de Bucaramanga y Cúcuta

Citation

Angarita Sánchez A K, Tapias Rivera J, Quimbaya Ramírez J J, Contreras A A, Escandón P (2022). Presencia de Cryptococcus neoformans y Cryptococcus gattii en muestras ambientales de Bucaramanga y Cúcuta. Version 1.3. Universidad de Santander - UDES. Occurrence dataset https://doi.org/10.15472/7g78lw accessed via GBIF.org on 2025-05-14.

Description

El objetivo general de este proyecto es determinar la presencia de Cryptococcus neoformans y Cryptococcus gattii en muestras ambientales y veterinarias de los municipios de Bucaramanga y Cúcuta, mediante pruebas convencionales y moleculares.

Se evaluaron muestras ambientales tomadas en el parque General Santander y la sede de la Universidad de Santander del municipio de San José de Cúcuta entre junio y agosto del 2019 y en Bucaramanga el 18 de agosto del 2021, para lo cual se recolectaron muestras de suelo y corteza de diferentes de árboles. Estas muestras fueron procesadas mediante la técnica de extracción de buffer fosfato salino suplementando con antibiótico. Los aislados de Cryptococcus gattii y Cryptococcus neoformans (familia: Tremellaceae) corresponden a 35 registros y fueron identificados por espectrometría de masas utilizando la tecnología MALDI TOF.

Concomitantemente, a la toma de muestra se realizó registro de las variantes meteorológicas, las anomalías en las temperaturas obtenidas de la Administración Nacional Oceánica y Atmosférica (NOAA) y los datos de precipitación del Instituto de Hidrología, Meteorología y Estudios Ambientales (IDEAM) con el propósito de realizar la asociación entre variantes meteorológicas y aislamientos ambientales.

Sampling Description

Study Extent

Los datos contenidos en este recurso corresponden a los muestreos realizado en el Parque San Pio, en la ciudad de Bucaramanga y a los realizados en el parque Santander y los alrededores del estadio Plaza Banderas, en la ciudad de Cúcuta.

Sampling

Se realizó un muestreo de suelo, corteza de árboles y excretas de paloma en las localidades: Parque San pio, estadio General Santander, Parque General Santander, Universidad de Santander (Campus Cúcuta), para aislar organismos del género Cryptococcus.

Method steps

  1. Toma y procesamiento de muestras ambientales: Las muestras de suelo, corteza de árboles y excretas de paloma se recolectaron en bolsas plásticas 10 g aproximadamente.
  2. Estas muestras fueron procesadas mediante la técnica de extracción de buffer fosfato salino (PBS) suplementando con antibiótico (Paliwal and Randhawa 1978; Escandón, Quintero et al 2005), la cual consiste en pesar 5 g de muestra, resuspenderla en 25 ml de PBS 1X, homogenizar y dejar en reposo durante una hora.
  3. Posteriormente se siembran en agar semilla de girasol y se incuban a 27°C durante 20 días.
  4. Las colonias cremosas, elevadas, con bordes regulares y pigmento café se les hará una prueba de degradación de urea y agar canavanina glicina azul de bromotimol sódico.
  5. Los aislados serán identificados por espectrometría de masas utilizando la tecnología MALDI TOF.
  6. Concomitantemente, a la toma de muestra se realiza registro de las variantes meteorológicas, las anomalías en las temperaturas se descargarán de la Administración Nacional Oceánica y Atmosférica (NOAA) y los datos de precipitación serán proporcionados por el Instituto de Hidrología, Meteorología y Estudios Ambientales (IDEAM).
  7. Posteriormente, mediante el Sistema de Información Geográfica (SIG) software ArcGis v 10.2.16 y ArcView GIS 3.2 (Environmental Systems Research Institute Inc., Redlands, CA) se realizará la asociación entre variantes meteorológicas y aislamientos ambientales.
  8. Toma y procesamiento de muestras veterinarias: La muestra será tomada por un médico veterinario, a los animales seleccionados se les colocará un bozal y estarán sujetos por un auxiliar de investigación, este tipo de procedimiento de toma de muestra no generará dolor. Es un procedimiento poco invasivo y no generará ningún efecto secundario sobre la salud del animal.
  9. En este caso se tomarán muestras de hisopado nasal o muestra sanguínea en canino y felinos, las cuales serán conservadas a 4°C en una cava rotulada a los laboratorios de Microbiología de la Universidad de Santander campus Cúcuta.

Additional info

[autoridad]ANLA[numero]01749[titular]Universidad de Santander[nit o cedula]804001890-1[fecha]2017-12-29

Taxonomic Coverages

Se presentan 31 registros de los hongos encapsulados Cryptococcus neoformans y Cryptococcus gattii, los cuales se agrupan en la familia Tremellaceae, el orden Tremellales y la clase Tremellomycetes del filo Basidiomycota. 4 muestras colectadas se están procesando para determinar la presencia de Cryptococcus. Hasta el momento se han procesado e identificado hasta género, evidenciando la presencia de Cryptococcus.
  1. Cryptococcus
    rank: genus
  2. Cryptococcus neoformans
    rank: species
  3. Cryptococcus gattii
    rank: species

Geographic Coverages

Los registros fueron tomados en el Parque San Pio, en el municipio de Bucaramanga y en la zona metropolitana de la ciudad de San José de Cúcuta específicamente en la Universidad de Santander, en los alrededores del estadio General Santander y Parque Santander.

Bibliographic Citations

  1. Escandón, P., Quintero, E., Granados, D., Huérfano, S., Ruiz, A., & Castañeda, E. (2005). Isolation of Cryptococcus gattii serotype B from detritus of Eucalyptus trees in Colombia. Biomedica, 25(3), 390-397. -
  2. Kwon-Chung, K. J., Wickes, B. L., Booth, J. L., Vishniac, H. S., & Bennett, J. E. (1987). Urease inhibition by EDTA in the two varieties of Cryptococcus neoformans. Infection and immunity, 55(8), 1751-1754. -
  3. Paliwal, D. K., & Randhawa, H. S. (1978). A rapid pigmentation test for identification of Cryptococcus neoformans. Antonie van Leeuwenhoek, 44(2), 243-246. -
  4. Staib, F., Seibold, M., Antweiler, E., & Fröhlich, B. (1989). Staib Agar Supplemented with a Triple Antibiotic Combination for the Detection of Cryptococcus neoformtans in Clinical Specimens: Staib‐Agar mit einer Dreifach‐Antibiotika‐Kombination für den Nachweis von Cryptococcus neoformans in klinischem Untersuchungsmaterial. Mycoses, 32(9), 448-454. -

Contacts

Asbleide Karina Angarita Sánchez
originator
position: Investigador principal
Universidad de Santander UDES
Campus UDES Cúcuta, Urbanización El Bosque, Avenida 4 10N-61
Cúcuta
540003
Norte de Santander
CO
Telephone: 3138763547
email: as.angarita@mail.udes.edu.co
homepage: http://www.udes.edu.co
userId: http://orcid.org/0000-0001-6605-4456
Johanna Tapias Rivera
originator
position: Coinvestigadora
Universidad de Santander UDES
Calle 70 No 55-210 Campus Lagos del Cacique
Bucaramanga
680003
Santander
CO
Telephone: 3004302821
email: johanna.tapias@udes.edu.co
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userId: http://orcid.org/0000-0001-9353-7904
John Jaime Quimbaya Ramírez
originator
position: Coinvestigador
Universidad de Santander UDES
Calle 70 No 55-210 Campus Lagos del Cacique
Bucaramanga
680003
Santander
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Telephone: 3023655297
email: jo.quimbaya@mail.udes.edu.co
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userId: http://orcid.org/0000-0002-0883-3395
Alvaro Andrés Contreras
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position: Coinvestigador
Centro Medico Veterinario Álvaro Andrés Contreras
Cl. 8 #10-2 a 10-102
Cúcuta
541030
Norte de Santander
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Patricia Escandón
originator
position: Asesora Técnico Científica
Instituto Nacional de Salud
Avenida calle 26 No. 51-20 - Zona 6 CAN. Bogotá, D.C
Bogotá
111321
Cundinamarca
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Telephone: (60) (1) 220 7700
email: pescandon@ins.gov.co
homepage: https://www.ins.gov.co/Paginas/search.aspx?k=patricia%20escandon
userId: http://orcid.org/0000-0003-3029-118X
Asbleide Karina Angarita Sánchez
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position: Investigador principal
Universidad de Santander UDES
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Asbleide Karina Angarita Sánchez
principal investigator
position: Investigadora principal
Universidad de Santander
Urbanización EL Bosque Avenida 4 Esquina N° 10 N-61
Cúcuta
540003
Norte de Santander
CO
Telephone: 3138763547
email: as.angarita@mail.udes.edu.co
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userId: https://orcid.org/0000-0001-6605-4456
Eliana Ximena Narváez Parra
content provider
position: Proveedor Metadatos
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Asbleide Karina Angarita Sánchez
administrative point of contact
position: Investigador principal
Universidad de Santander UDES
Campus UDES Cúcuta, Urbanización El Bosque, Avenida 4 10N-61
Cúcuta
540003
Norte de Santander
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