Database of Aquatic Macrophytes in Japanese lakes

Syou Kato; Takashi Shiga; Takashi Yamanouchi; Jun Nishihiro

doi:10.15468/bb98dn

Database of Aquatic Macrophytes in Japanese lakes

Citation

Kato S, Shiga T, Yamanouchi T, Nishihiro J (2024). Database of Aquatic Macrophytes in Japanese lakes. Version 1.3. National Institute of Genetics, ROIS. Occurrence dataset https://doi.org/10.15468/bb98dn accessed via GBIF.org on 2024-12-13.

Description

This dataset has compiled to provide a comprehensive database of macrophytes, along with lakes and survey information from the literature, to provide a historical record macrophyte biodiversity for lakes in Japan. The present data contains occurrence records of 2,779 taxa, of which 2,689 have been identified at species/infraspecies (forma, variety, and subspecies), whereas the remaining 90 taxa could only be identified at the section, subgenus, genus, or higher taxonomic ranks. The taxa consisted of 2,474 angiosperms, 33 gymnosperms, 138 pteridophytes, 45 bryophytes, and 89 algae, including green algae (charophytes, zygnematophytes, and Chlorophyta), red algae (Rhodophyceae), and brown algae (Phaeophyceae). This dataset is published as a data paper in Ecological Research (see https://doi.org/10.1111/1440-1703.12449).

Sampling Description

Study Extent

This dataset has compiled to provide a comprehensive database of macrophytes, along with lakes and survey information from the literature, to provide a historical record macrophyte biodiversity for lakes in Japan.

Sampling

Data collection was based on the literature database compiled by Nishihiro et al. (2014) and published as the “LiteratureDB.txt” file (https://db.cger.nies.go.jp/JaLTER/metacat/metacat/ERDP-2014-01.1/default), which contains 395 literature sources with occurrence records of plant species surveyed in Japanese lakes.

Quality Control

Scientific names were checked against the GBIF Backbone Taxonomy (GBIF Secretariat 2023).

Method steps

The framework for selecting lakes for data collection was primarily based on the lakes listed by Tanaka (2004), which is the limnological monograph of lakes in Japan, “The lakes in Japan II.” Tanaka's list comprises 929 lakes in Japan, offering diverse information on the limnological characteristics of each lake. This list is derived from studies by Horie (1956, 1962), and Ministry of Environment (1983), incorporating additional literature and Tanaka's own research.
Lakes not listed in Tanaka (2004) were included for data collection when species occurrence data were obtained during the data collection process.
The coordinates (latitude and longitude) of each lake's location were identified based on the descriptions in the referenced literature and/or Tanaka (2004).
Occurrence records of plant species, including their Japanese and scientific names, locality data (lake information), and historical data (survey year), were extracted from the literature. Unidentified records at the species level were also treated as occurrence data. If species recorded from surrounding areas, such as grasslands and forests, were described as part of a lake's flora, they were also included in the extraction.
To ensure taxonomic accuracy, the taxonomically appropriate scientific name and standard Japanese name for each species were included in the data file based on various taxonomic sources, such as plant monographs and databases. The work of Kadono (2014) was primarily used a taxonomic guidebook on Japanese aquatic plants, although additional taxonomic sources were consulted to cover a wide range of species across different lineages. In cases of disagreement among sources, species names were adopted following the priority order of “A Field Guide to Aquatic Plants of Japan”, “Wild Flowers of Japan”, “Ylist”, “GreenList”, and “Naturalized Plants of Japan” for seed plants and “A Field Guide to Aquatic Plants of Japan” and “The Standard of Ferns and Lycophytes in Japan” for pteridophytes.

Taxonomic Coverages

This dataset includes occurrence records of 234 families of Plantae and 8 families of Chromista.

Isoetaceae
rank: family
Marsileaceae
rank: family
Salviniaceae
rank: family
Alismataceae
rank: family
Hydrocharitaceae
rank: family
Potamogetonaceae
rank: family
Ruppiaceae
rank: family
Poaceae
rank: family
Araceae
rank: family
Sparganiaceae
rank: family
Cyperaceae
rank: family
Polygonaceae
rank: family
Ranunculaceae
rank: family
Cabombaceae
rank: family
Nymphaeaceae
rank: family
Ceratophyllaceae
rank: family
Droseraceae
rank: family
Lythraceae
rank: family
Brassicaceae (Cruciferae)
rank: family
Onagraceae
rank: family
Haloragaceae
rank: family
Plantaginaceae
rank: family
Elatinaceae
rank: family
Menyanthaceae
rank: family
Lentibulariaceae
rank: family
Zosteraceae
rank: family
Eriocaulaceae
rank: family
Dryopteridaceae
rank: family
Pinaceae
rank: family
Rosaceae
rank: family
Violaceae
rank: family
Convolvulaceae
rank: family
Asteraceae
rank: family
Aucubaceae
rank: family
Malvaceae
rank: family
Amaranthaceae
rank: family
Juncaceae
rank: family
Ulvaceae
rank: family
Lamiaceae
rank: family
Orchidaceae
rank: family
Oleaceae
rank: family
Menispermaceae
rank: family
Fagaceae
rank: family
Aquifoliaceae
rank: family
Thelypteridaceae
rank: family
Urticaceae
rank: family
Spirogyraceae
rank: family
Melanthiaceae
rank: family
Sapindaceae
rank: family
Oxalidaceae
rank: family
Betulaceae
rank: family
Rubiaceae
rank: family
Euphorbiaceae
rank: family
Cephaloziellaceae
rank: family
Elaeagnaceae
rank: family
Ulmaceae
rank: family
Ericaceae
rank: family
Lardizabalaceae
rank: family
Gentianaceae
rank: family
Amaryllidaceae
rank: family
Hydrangeaceae
rank: family
Apiaceae
rank: family
Fabaceae
rank: family
Lycopodiaceae
rank: family
Apocynaceae
rank: family
Crassulaceae
rank: family
Hypericaceae
rank: family
Linderniaceae
rank: family
Lauraceae
rank: family
Pteridaceae
rank: family
Cucurbitaceae
rank: family
Vitaceae
rank: family
Asparagaceae
rank: family
Ceramiaceae
rank: family
Hydrodictyaceae
rank: family
Solanaceae
rank: family
Platanaceae
rank: family
Geraniaceae
rank: family
Salicaceae
rank: family
Iridaceae
rank: family
Caprifoliaceae
rank: family
Leucobryaceae
rank: family
Verbenaceae
rank: family
Sabiaceae
rank: family
Berberidaceae
rank: family
Dennstaedtiaceae
rank: family
Chordariaceae
rank: family
Hamamelidaceae
rank: family
Rhamnaceae
rank: family
Sargassaceae
rank: family
Moraceae
rank: family
Taxaceae
rank: family
Ginkgoaceae
rank: family
Ricciaceae
rank: family
Athyriaceae
rank: family
Characeae
rank: family
Jungermanniaceae
rank: family
Onocleaceae
rank: family
Caryophyllaceae
rank: family
Rutaceae
rank: family
Equisetaceae
rank: family
Celastraceae
rank: family
Podocarpaceae
rank: family
Hypneaceae
rank: family
Commelinaceae
rank: family
Sphagnaceae
rank: family
Diapensiaceae
rank: family
Woodsiaceae
rank: family
Sematophyllaceae
rank: family
Lemnoideae
rank: family
Cladophoraceae
rank: family
Aristolochiaceae
rank: family
Dioscoreaceae
rank: family
Araliaceae
rank: family
Liliaceae
rank: family
Dictyotaceae
rank: family
Primulaceae
rank: family
Gleicheniaceae
rank: family
Cornaceae
rank: family
Anacardiaceae
rank: family
Styracaceae
rank: family
Cannabaceae
rank: family
Papaveraceae
rank: family
Asphodelaceae
rank: family
Grossulariaceae
rank: family
Viburnaceae
rank: family
Saxifragaceae
rank: family
Scrophulariaceae
rank: family
Ophioglossaceae
rank: family
Daphniphyllaceae
rank: family
Compsopogonaceae
rank: family
Fontinalaceae
rank: family
Colchicaceae
rank: family
Boraginaceae
rank: family
Magnoliaceae
rank: family
Acanthaceae
rank: family
Symplocaceae
rank: family
Gracilariaceae
rank: family
Blechnaceae
rank: family
Nyctaginaceae
rank: family
Juglandaceae
rank: family
Cupressaceae
rank: family
Ebenaceae
rank: family
Cercidiphyllaceae
rank: family
Santalaceae
rank: family
Lygodiaceae
rank: family
Typhaceae
rank: family
Scytosiphonaceae
rank: family
Batrachospermaceae
rank: family
Phyllanthaceae
rank: family
Theaceae
rank: family
Actinidiaceae
rank: family
Campanulaceae
rank: family
Bignoniaceae
rank: family
Plagiogyriaceae
rank: family
Balsaminaceae
rank: family
Linaceae
rank: family
Stachyuraceae
rank: family
Paulowniaceae
rank: family
Polemoniaceae
rank: family
Cephaloziaceae
rank: family
Selaginellaceae
rank: family
Polypodiaceae
rank: family
Molluginaceae
rank: family
Rhodomelaceae
rank: family
Coloniphoraceae
rank: family
Codiaceae
rank: family
Amblystegiaceae
rank: family
Orobanchaceae
rank: family
Aspleniaceae
rank: family
Pontederiaceae
rank: family
Staphyleaceae
rank: family
Pentaphylacaceae
rank: family
Mazaceae
rank: family
Schisandraceae
rank: family
Oedogoniaceae
rank: family
Smilacaceae
rank: family
Ectocarpaceae
rank: family
Thuidiaceae
rank: family
Juncaginaceae
rank: family
Arecaceae
rank: family
Zingiberaceae
rank: family
Acoraceae
rank: family
Pylaisiadelphaceae
rank: family
Polytrichaceae
rank: family
Phrymaceae
rank: family
Chaetophoraceae
rank: family
Portulacaceae
rank: family
Cleomaceae
rank: family
Marchantiaceae
rank: family
Meliaceae
rank: family
Osmundaceae
rank: family
Chloranthaceae
rank: family
Rhodymeniaceae
rank: family
Penthoraceae
rank: family
Nephrolepidaceae
rank: family
Cannaceae
rank: family
Buxaceae
rank: family
Aizoaceae
rank: family
Chordaceae
rank: family
Coriariaceae
rank: family
Saururaceae
rank: family
Calypogeiaceae
rank: family
Pittosporaceae
rank: family
Xanthorrhoeaceae
rank: family
Lejeuneaceae
rank: family
Sphenocleaceae
rank: family
Thymelaeaceae
rank: family
Simaroubaceae
rank: family
Nartheciaceae
rank: family
Leskeaceae
rank: family
Hypnaceae
rank: family
Musaceae
rank: family
Nelumbonaceae
rank: family
Talinaceae
rank: family
Helwingiaceae
rank: family
Zygnemataceae
rank: family
Ulotrichaceae
rank: family
Polygalaceae
rank: family
Dicranaceae
rank: family
Entodontaceae
rank: family
Altingiaceae
rank: family
Eupteleaceae
rank: family
Pithophoraceae
rank: family
Paeoniaceae
rank: family
Loranthaceae
rank: family
Delesseriaceae
rank: family
Pelliaceae
rank: family
Lindsaeaceae
rank: family
Elaeocarpaceae
rank: family
Scheuchzeriaceae
rank: family
Marantaceae
rank: family
Halymeniaceae
rank: family
Lepidoziaceae
rank: family
Rhizophoraceae
rank: family
Spermatochnaceae
rank: family
Myricaceae
rank: family
Trochodendraceae
rank: family
Phytolaccaceae
rank: family
Clethraceae
rank: family
Alariaceae
rank: family

Geographic Coverages

Japan

Bibliographic Citations

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