Equinodermos de la Colección de Referencia de Biología Marina de la Universidad del Valle (CRBMeq-UV)

Study Extent

Pacífico colombiano y Caribe colombiano

Sampling

Los especímenes de equinodermos son colectados manualmente en su mayoría. Luego se les realiza un tratamiento con agua dulce para relajar a los organismos (en caso de ser necesario), donde posteriormente son fijados en alcohol al 70% y son envasados o empaquetados, con al menos un recambio de alcohol en el laboratorio. Finalmente son identificados hasta el nivel taxonómico más bajo posible y se les asigna su respectivo numero de catalogo para el ingreso a la colección de referencia. Por otro lado, respecto al proceso de curaduría en general, se realizó recambio de alcohol al 70% a los lotes que lo requirieron y se les asignó un número de catálogo único a cada uno de los 156 nuevos registros que se ingresaron a la Colección de Referencia de Biología Marina de la Universidad del Valle (CRBMeq-UV).

Quality Control

Se realizó una limpieza de datos inicial, completando y depurando toda la información de los registros biológicos en el formato DwC ver. 4.0. Se estandarizaron los datos de fechas y coordenadas usando las herramientas "Date parsing" y "Coordinate conversion" respectivamente, de la plataforma web Canadensys. Además, para completar los datos de georreferenciación, se utilizaron las herramientas "Google Earth Pro v.7.3.6.9285" y el "Geoportal de la división político-administrativa del DANE (Colombia)", apoyándose a su vez, en la información del sitio de colecta registrado en los lotes. Se realizó una verificación cruzada de todos los registros y se corrigieron errores de ortografía y tipografía, así como depuración de comas y dobles espacios, usando la herramienta OpenRefine 3.5.2. Finalmente, se rectificaron y corrigieron/actualizaron los nombres taxonómicos en los registros biológicos, usando la herramienta "Match Taxa" de la página web World Register of Marine Species (WoRMS).

Method steps

1. Curaduría de información: Recopilación de datos provenientes de los lotes
2. Asignación de nuevos números de catálogo a cada nuevo registro
3. Estructuración global de la información en el formato Darwin Core versión 4.0
4. Depuración y completitud de la información faltante en los registros biológicos
5. Limpieza de datos: de aspectos de forma (ortografía, tipografía, comas y dobles espacios), rectificación/corrección de coordenadas, fechas y nombres taxonómicos en los registros
6. Curaduría física: Para los nuevos registros, se realizó la identificación de los organismos hasta el nivel taxonómico más bajo posible (tarea realizada por la tesista Valentina Orozco Llanos). Posteriormente, se realizaron etiquetas físicas nuevas con su respectivo número de catálogo (siguiendo el estándar de la Universidad del Valle), incluyendo la información correspondiente de cada nuevo lote. Finalmente, se ubicaron los lotes dentro de la Colección de Referencia de Biología Marina de la Universidad del Valle (CRBMeq-UV), organizándolos taxonómicamente por familia.
7. Curaduría física: Para los registros antiguos, se corroboró el estado del alcohol, del recipiente y de las etiquetas, reemplazando cada elemento por uno en perfectas condiciones en caso de ser requerido. En caso de que los organismos se encontraran supremamente deteriorados o que no estuvieran presentes en el contenedor, se daban de baja o se reportaban como extraviados respectivamente, en la base de datos (CRBMeq-UV).

Los 624 registros de equinodermos de la colección de referencia, están representados taxonómicamente por 4 clases, 13 ordenes, 22 familias, 37 géneros y 58 especies.

1. Asteroidea
   common name: Estrellas de mar verdaderas rank: class
2. Echinoidea
   common name: Erizos de mar rank: class
3. Holothuroidea
   common name: Pepinos de mar rank: class
4. Ophiuroidea
   common name: Estrellas de mar quebradizas rank: class
5. Amphilepidida
   rank: order
6. Apodida
   rank: order
7. Arbacioida
   rank: order
8. Camarodonta
   rank: order
9. Cidaroida
   rank: order
10. Diadematoida
    rank: order
11. Echinolampadacea
    rank: order
12. Euryalida
    rank: order
13. Holothuriida
    rank: order
14. Ophiacanthida
    rank: order
15. Paxillosida
    rank: order
16. Spatangoida
    rank: order
17. Valvatida
    rank: order
18. Amphiuridae
    rank: family
19. Arbaciidae
    rank: family
20. Astropectinidae
    rank: family
21. Brissidae
    rank: family
22. Cidaridae
    rank: family
23. Diadematidae
    rank: family
24. Echinometridae
    rank: family
25. Gorgonocephalidae
    rank: family
26. Holothuriidae
    rank: family
27. Luidiidae
    rank: family
28. Mellitidae
    rank: family
29. Mithrodiidae
    rank: family
30. Ophiactidae
    rank: family
31. Ophidiasteridae
    rank: family
32. Ophiocomidae
    rank: family
33. Ophiodermatidae
    rank: family
34. Ophiolepididae
    rank: family
35. Ophionereididae
    rank: family
36. Ophiotrichidae
    rank: family
37. Oreasteridae
    rank: family
38. Synaptidae
    rank: family
39. Toxopneustidae
    rank: family
40. Amphiodia
    rank: genus
41. Amphipholis
    rank: genus
42. Arbacia
    rank: genus
43. Astrocaneum
    rank: genus
44. Astropecten
    rank: genus
45. Astropyga
    rank: genus
46. Brissus
    rank: genus
47. Centrostephanus
    rank: genus
48. Diadema
    rank: genus
49. Echinometra
    rank: genus
50. Echinothrix
    rank: genus
51. Encope
    rank: genus
52. Euapta
    rank: genus
53. Eucidaris
    rank: genus
54. Hesperocidaris
    rank: genus
55. Holothuria
    rank: genus
56. Labidodemas
    rank: genus
57. Lanthonia
    rank: genus
58. Linckia
    rank: genus
59. Luidia
    rank: genus
60. Lytechinus
    rank: genus
61. Mellita
    rank: genus
62. Mithrodia
    rank: genus
63. Nidorellia
    rank: genus
64. Ophiactis
    rank: genus
65. Ophiocoma
    rank: genus
66. Ophiocomella
    rank: genus
67. Ophioderma
    rank: genus
68. Ophiolepis
    rank: genus
69. Ophionereis
    rank: genus
70. Ophiothela
    rank: genus
71. Ophiothrix
    rank: genus
72. Pentaceraster
    rank: genus
73. Pharia
    rank: genus
74. Phataria
    rank: genus
75. Toxopneustes
    rank: genus
76. Tripneustes
    rank: genus

Este conjunto de datos posee información de los equinodermos del Pacífico colombiano, abarcando las regiones marino-costeras de los departamentos del Cauca, Valle del Cauca, Chocó y Nariño. En adición, se cuentan con 3 registros del Caribe colombiano, correspondientes a los departamentos del Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina, Bolívar y Magdalena. Los rangos de profundidades están comprendidos desde los 0 metros (superficie) hasta los 82.29 metros (mas profundo).