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    よくある質問(FAQ)

    GBIFとGBIF.orgに関するよくあるご質問への回答

    As a data publisher, how do I make sure that my organization's logo looks best on GBIF.org?

    Simple steps to format your logo You can use any basic image tool to adjust your file: Create a canvas: For example, 900 x 600 pixels (for a 3:2 ratio). Place your logo: Center the logo on the…

    I have occurrence data/photos/videos of species x that I would like to submit to GBIF. (How) can I do so?

    GBIF only aggregates data from endorsed institutions. If you are affiliated with an institution that is already registered as a data publisher, you can find details of whom to contact on their data…

    I'm having issues connecting to and accessing GBIF services or network—what might be wrong and what can I do?

    GBIF servers are openly accessible on the internet and intended for use by all. Our data-processing infrastructure also needs to make outbound connections to registered data repositories in order to…

    How do I create a CSV file for a derived dataset?

    The CSV file must contain exactly two columns, the first containing datasetKey identifiers and the second containing a count (integer) of how many occurrences were derived from that specific dataset.…

    Which coordinate systems are used for GBIF occurence downloads?

    Publishers can share their coordinate data in various spatial reference systems, datums and ellipsoids, but GBIF's ingestion workflow always reprojects the coordinates to World Geodetic System (WGS)…

    How can I add events to my project page?

    To have events related to a project show up on the project's page, please suggest the event and make sure to include your project ID under GBIF-funded projects.

    How can I link datasets to my project page?

    For datasets to be displayed on a project page, you must ensure that your project ID has been specified correctly, i.e., under Metadata -> Project Data -> Identifier in the IPT, or <project…

    I used data from GBIF, but I don't have a DOI—what can I do?

    If you downloaded occurrence data through GBIF.org, you simply need to log back into your account and find the download from the list of downloads. If you obtained the data through a third-party tool…

    I lost/forgot the DOI of my download. How can I find the DOIs of past downloads?

    You can access a full history of all previous downloads in your GBIF.org account. After logging in, click you username in the upper-right corner and then click the "Downloads" tab. Downloads are shown in reverse chronological order, i.e., with the most recent downloads at the top.

    How can I improve the matching of occurrence records with GRSciColl collection registry entities?

    GBIF matches primary occurrence recordss to GRSciColl collections entries using e.g., collectionCode, institutionCode and collectionID. Sometimes these are ambiguous, and the matches are then flagged…

    What are the IP addresses of GBIF servers?

    All GBIF servers have IP addresses in the range 130.225.43.0/24, and data publishers and hosts should adjust their firewall filters make sure that access is allowed from this range.

    What are some examples of expected deliverables from the final evaluation phase of the BID grant?

    These would be user-defined, integrated data products and communication tools derived from these products that could include

    • Data summary tables indicating population trends, species richness and community composition
    • Map products such as species distributions or geographical data gap analyses
    • Indicators informing Sustainable Development Goals or CBD targets

    ダウンロードに含まれるレコードの数がポータルサイトやダウンロードのページに表示された数と異なるのはなぜですか?

    GBIF.orgでの検索時に表示されるオカレンスと、大規模なダウンロード情報の保管ファイル(約100,000レコード以上)の生成に使用されるオカレンスは、2つの別々なデータストアから取り出しています。 ウェブサイトは第一のデータストアで実行され、ここでは常に最新のデータが保持されます。一方、大量のダウンロードの生成に使用されるデータストアは1日に1回だけ同期されます。
    つまり、大量のダウンロードに含まれるデータは、最後の同期以降(最大で24時間後まで)にレコードが追加・削除された場合、ウェブサイトの検索で返されるデータと若干異なる可能性があります。

    「関連性 Relevance」の定義は何ですか?また、この条件を使って検索する際のオプションは何ですか?

    文献Literatureのデータベースにおいて、関連性Relevance とは、以下の定義に従って出版物がGBIFとどのように関係しているかを示しています。 GBIFを使用GBIF used: 定量分析(たとえば、生態学的ニッチモデリング)においてかなりのデータを使用 GBIFを引用GBIF cited:…

    学名の分類のステータスTaxon statusで、「疑わしい学名doubtful」とはどういう意味で、どんなときに使用されますか?

    GBIFバックボーン分類GBIF Backbone Taxonomyの構築方法に関連するいくつかの理由により、分類名には「疑わしい学名doubtful」というフラグが立てられる可能性があります。 以下はその一部のリストです。 名前が命名者のみに由来しています。 著者名を除く学名(canonical…

    GBIF.orgからオカレンスデータをどのような形式でダウンロードできますか?

    オカレンスデータは、次の形式でダウンロードできます。 CSV: タブ区切りのCSV。 GBIFの解釈後のデータのみが含まれます。マルチメディアは含まれていません。CSVの詳細 ダーウィンコアアーカイブ DwC-A: ダーウィンコアアーカイブ(DwC-A, Darwin Core Archive)…

    GBIFにはいくつの種がありますか?

    これは簡単な質問のように思えるかもしれませんが、答えはそうではありません。 GBIFがホームページに種の数を表示しない理由の詳細については、この記事を参照してください。

    (How) can I publish molecular/sequence/DNA based data to GBIF?

    Yes, you can publish sequence-based data to GBIF. Read more here. Note that GBIF.org does not index and provide search for the sequences themselves. However, sequences may be displayed on individual…

    ArcGISでGBIFのデータをどのように使用できますか?

    ArcGISの使用方法について詳細で包括的なヘルプを提供するのはこのFAQの域を超えていますが、以下の簡単な手順で、マップに種のオカレンスを追加できます。 ダウンロードしたデータの使用(小さなデータセットの場合) ダウンロードした種のオカレンスはフィーチャレイヤーとしてArcGISのマップに追加できます。 必要なオカレンスをCSVファイルとしてダウンロードします。 ダウンロードしたファイルを解…

    Darwin Core Archiveのダウンロード形式とは何ですか?ファイルには何が含まれていますか?

    この形式はTDWG標準であり、豊富な情報が含まれています。これは、出版者が共有したオリジナルデータと、データが品質管理の処理を経た後の解釈されたビューを含むZIPファイルです。これは単純なCSVよりも豊富な形式ですが、データの最も完全なデータ一式を見ることができます。追加のファイルは、画像へのリンクなどの補足情報を提供します(実際の画像ファイルではありません)。

    こちらもご覧ください:GBIFダウンロードzipファイルの内容は何ですか?

    タブ区切りCSVダウンロード形式とは何ですか?ファイルには何が含まれていますか?

    このシンプルな形式は、タブで区切られた、最も一般的に使用される列を持つデータの表示を提供します。この表には、解釈と品質管理の処理が行われた後のデータのみが含まれています。 Microsoft Excelなどのツールを使用して、この形式を読み取ることができます。

    こちらもご覧ください:GBIF.orgからダウンロードしたタブ区切りのCSVファイルをExcelで開くにはどうすればよいですか?

    ギャラリーに表示されている画像をダウンロードするにはどうすればよいですか?

    一部のオカレンスレコードには画像が関連付けられています。オカレンス検索では、ギャラリーGalleryタブを使用して検索されたすべての画像を表示できます。ただし、画像そのものはGBIFによってホストされてはおらず、関連付けられているオカレンスレコードとは異なるライセンスが付与される場合がある…

    このサイトでバグやエラー、または一般的なフィードバックを報告するにはどうすればよいですか?

    右上隅にある吹き出し() をクリックすると、「フィードバックや質問」にアクセスできます。ここでは、特定のコンテンツのバグや問題を報告したり、サイト上での新しい開発のアイデアを送信したりすることができます。

    送信されたフィードバックはすべてGithub上で公開されており、内容を見ることができます。

    一部の分類群が「削除deleted」と表示されるのはなぜですか?これは何を意味していますか?

    これは、分類がGBIFバックボーン分類法からは削除されていますが、識別子は履歴維持の目的で保持されていることを意味します。分類群は、たとえば、重複するエントリーや、データソースのチェックリストからの削除などの理由で削除されることがあります。

    DOIとは何ですか? GBIFはDOIをどのように使っていますか?

    デジタルオブジェクト識別子(Digital Object…

    GBIF.org上で見つけた画像を使用できますか?

    GBIF.orgで公開されている一部のオカレンスのデータレコードには、証拠として写真、オーディオから動画に至るコンテンツが含まれていますが、GBIFではこのマルチメディアコンテンツを直接公開していません。その代わり、データの提供者が関連付けたマルチメディアのURLを出版するデータレコードに含めることで、GBIF.org上に表示されています。 データの所有者は、オカレンスのデータレコードに関連付け…

    オーファンデータセットorphan datasetとは何ですか?

    GBIF.orgによってインデックスが作成されたデータセットは、GBIFが6か月以上ソースから再取り込みをできなかった場合、「オーファン(orphan親がいない)」と見なされます。この時点で、GBIFはそのデータセットを信頼性の高いホスト…

    GBIF.orgからダウンロードしたタブ区切りのCSVファイルをExcelで開くにはどうすればよいですか?

    Mac上でExcelを使用している場合 Excelを開きます。 新しい空のスプレッドシートを作成します(ファイルFile → 新規New) テキストファイルをインポートします(データData → データの取得Get Data → ファイルからFrom File → テキストまたはCSVからFrom Text/CSV) ダウンロードしたCSVファイルを選択します…

    GBIFはいつどのようにデジタルオブジェクト識別子(DOI)を割り当てるのですか?

    GBIFは、一意のデジタルオブジェクト識別子(DOI)をすべてのデータセットとダウンロードされたオカレンスデータセットに割り当てます。データが使用される場合、DOIの引用についてのガイドラインに従って、再現性を確保しながら、データセットの所有者にクレジットを付与するという簡単で一貫した方法が保証されます。基になったデータが利用できなくなった場合でも、DOIは変わらずにデータセットまたはダウンロードページに誘導されます。

    GBIFは2015年2月3日にDOIの発行を開始しました。この日付より前にリクエストされたダウンロードにはDOIがありませんが、古いダウンロードを引用したい場合には、helpdesk@gbif.org までご連絡いただければ、適切なDOIを割り当てさせていただきます。

    GBIFはダウンロードされたデータをどのくらいの期間保存しますか?

    ダウンロードファイルは初めに6か月間保存されます。 6か月以降、CSVまたはDarwin Coreファイルは削除されることがありますが、ダウンロードに関する情報はずっと保持されます。これには、DOI、使用されたすべての検索情報、日付と時刻、レコード数、レコードの取得元のデータセット、ライセンス、およびメタデータのEMLが含まれます。
    ダウンロードを6か月以上保存しておきたい場合には、ダウンロードの情報ページで延長をリクエストできます。
    研究で引用されたダウンロードは、可能な限り保持されます。

    出版機関とは何ですか?

    出版機関は、少なくとも1つのデータセットを出版したGBIFデータ出版者です。新しく承認された出版者はまだデータを公開していない可能性があるため、data publishers の総数は(実際にデータを出版した出版者より)わずかに多くなります。

    GBIF.orgからダウンロードしたzipファイルが開けないのですが、なぜですか?

    4ギガバイト(4 GB)を超えるダウンロードは、ZIP64と呼ばれるオリジナルzip形式の拡張を使った圧縮が必要です。オペレーティングシステムによってはこの拡張機能をサポートしていないものもあります。 Microsoft Windows XPやMac OS Xシステムもその1つです。ファイルの解凍に使用しているソフトウェアがZIP64拡張子と互換性があることを確認してください。

    GBIFダウンロードzipファイルの内容は何ですか?

    GBIFデータポータルでダウンロードをリクエストすると、Darwin Core…

    データ傾向のチャートについてフィードバックを提供するにはどうすればよいですか?

    各ページの右上にあるフィードバックボタンを使用するか、メールで問い合わせください。

    別のスタイルや言語でのデータ傾向のチャートを自分で作成するにはどうすればよいですか?

    この作業に使用されるスクリプトは、GitHubプロジェクトサイトで管理されています。…

    GBIF.org上に表示してほしい新しい興味深いチャートを提案することはできますか?

    将来のGBIFの事業計画では、この作業をさらに拡張し、GBIFでのデータ提供に関連するその他の興味深い傾向を含めていく可能性があります。フィードバックボタンを使用して、追加のアイデアや現在のグラフに関するコメントを提供いただくか、プロジェクトへ貢献することをご検討ください。

    GBIFを通じて利用できるレコードの品質の完全性を向上させるにはどうすればよいですか?

    「完全なレコード」とは、ここでは種が同定され、有効な座標をもち、採集または観察した日付が完全なものと定義します。 GBIFから出版された一部のレコードは完全ではありません。これにはさまざまな理由が考えられます。たとえば、慎重に扱うべきデータについては座標を意図的に除外されていること、一部の歴史的なコレクションでは採集した日付が部分的にしか残っていないこと、などがあげられます。しかし、多くのデータセットでは、関係するデータ出版者と協力することにより、レコードの完全性を向上させることができます。すべてのGBIFノードは、データをより広範な用途に適応できることにつながるレコードの完全性を向上するため、ノードのネットワーク内のデータ出版者とどのように協力できるか検討することを推奨されています。

    データ傾向のチャートの作成にはどのような技術が使われていますか?

    元の未処理データはHadoop上にあります。GBIFコア処理ライブラリ(Java)をラッピングするカスタムUDFを使用したHadoop上のデータのSQL処理にはHiveが使用されます。 Hiveは、そのデータをCSVテーブルに変換するために使用されます。他のすべての処理はRで行われます。

    データ傾向のチャートで使用される色はどのように選択しましたか?また、私たちが改善することはできますか?

    colorbrewer2.orgのカラーパレットを使い、色覚異常のない色を選択する試みが行われました。残念ながら、すべてのチャートで機能する適切なカラーパレットを見つけるのは困難で(たとえば、世界共通のものと特定の国のものなど)、これらを改善するためのご意見を提供いただければ幸いです。

    データ傾向のチャートが静的な画像としてだけ表示され、もっと動的な形で表示されないのはなぜですか?

    このチャートは反復バージョンアップの最初の段階です。将来のバージョンではよりインタラクティブになる可能性がありますが、たとえば年次報告書などについてPDFによる表示とシンプルな画像のどちらが必要かといったことを検討しなければなりません。これはオープンプロジェクトで、データの可視化の改善に関心がある人なら誰でも参加できます。是非、お問い合わせください。

    データ傾向のチャートの明瞭さを改善するための提案を送信するにはどうすればよいですか?

    ページ上部のフィードバックボタンを使って、提案を記録してください。

    時系列のデータの傾向を表すチャートに見られる奇妙なピークの原因は何ですか?

    チャートがデータ収集のバイアス(季節性、祝日)やデータ管理の潜在的な問題(年/月/週の最初または最後の日に現れる不釣り合いな数のレコード)を示すようなパターンを提示することがあります。このような問題は、データ処理のさまざまな段階で発生する可能性があり、さらに調査が必要です。

    一部のデータ傾向のチャートで、提供データの量が再び増加する前に減少することがあるのはなぜですか?

    これは、GBIFからデータセットが削除されたためです。これは、出版者がデータの削除を希望した場合に発生することがありますが、その多くは誤って2回公開されたデータセット(重複したデータセット)を削除するためです。

    データ傾向のチャートは、GBIFバックボーン分類法の経時的な変化をどのように考慮しますか?

    すべてのデータは最新のGBIFバックボーン分類法に基づいて処理され、種の数が経時的に比較できるようにしています。

    データ傾向のチャートはどのように作成されますか?

    このプロジェクトはGitHub上のプロジェクトサイト. でドキュメント化されています。 GBIFインデックスはおおむね年間4回の履歴ビューが復元され(2014年5月現在、合計約80億レコード)、生データは最新の品質管理とバックボーン分類で処理されます。その後、レコードがさまざまなスクリプトを使って小さなビューに要約され、さらにRで処理されてチャートが作成されます。

    データ傾向のチャートに貢献するにはどうすればよいですか?

    このプロジェクトは、GitHubプロジェクトサイトでオープンに開発されています。 一部のデータの準備段階ではGBIFインデックスとHadoopインフラストラクチャへのアクセスが必要ですが、他の段階ではRを使って実行され、リモート開発ができます。 この作業に貢献したいとご希望の方は是非、お問い合わせ ください。

    データ傾向のチャートはどのくらいの頻度で更新されますか?

    チャートは、2007年の終わりから最近の週までのデータの傾向を示し、定期的(ほぼ四半期ごと)に再計算されます。

    私の国のレポートでデータ傾向のチャートを再利用できますか?

    はい。ただし、再利用する前にチャートを精査することをお勧めします。

    データ傾向のレポートはダウンロードできますか?

    ダウンロードは現在のところできませんが、この機能を追加する計画をしています。これらのレポートのダウンロードに関心がある場合は、このページの上部右側にあるフィードバックボタンを使用して、どのようにこの機能が実装されるのが望ましいか説明してください。

    これらのチャートとGBIF.orgのデータ傾向のチャートを作成しているのは誰ですか。その理由は何ですか。

    GBIF事務局が、GBIFネットワークに見られるデータ提供の傾向に関する情報を作成しています。 GBIFネットワークで提供されたデータの傾向を明らかにすることは、データ提供の取り組みについて計画したり、先に資金提供を行ったデジタル化やデータ提供の成果を示したり、データの用途に合致するための改善に向けて目標とすべき課題にハイライトを当てたりすることに役立ちます。

    GBIFではどのようなタイプのデータセットをインデックス/サポートしていますか?

    GBIFは現在、4つのクラスのデータセットをサポートしています。 GBIFは現在、種のオカレンスレコードにのみインデックスを付けており、これらはコアレコードまたは拡張レコードとして提供されています。 サンプリングイベント・データセットの場合、エクステンションレコード内の種のオカレンスは、コアイベントレコードからの情報で可能な限り増補されています。

    GBIFはどのくらいの頻度でデータセットのインデックスを再作成しますか?

    GBIFは、データセットの登録が更新されるたびに、登録されたデータセットのインデックスの再作成を自動的に試みます。これは、IPTを通じてデータセットが再出版されるたびに行われます。 IPT経由での公開が行われていないデータセットに対応するため、GBIFは約7日ごとにすべての登録済みデータセットのインデックスの再作成を自動的に試みます。…

    GBIFがデータセットの引用テキストを自動的に生成する方法について、さらなる情報はどこかにありませんか?

    このGBIF GitHubリポジトリには、引用の自動生成の背景にあるロジックについてもう少し正式な説明があります。

    作成者等の記載がない場合や作成者の記載がなくメタデータの作成者のみ記載がある場合、データセットの引用はどのように生成されますか?

    作成者等の記載がない場合や作成者の記載がなくメタデータの作成者のみ記載がある場合には、引用を探すテキストとして、まず発行機関の名前が使われ、次いで発行年とその他の要素が使われます。

    データセットの引用テキストはどのように自動生成されますか?

    デフォルトでは、自動生成された引用には次の情報が含まれています。 姓とイニシャルを示す形式のデータセットの作成者(Originator)の名前。例:「Anders Asger Andersen」の場合は「Andersen AA」 データセットのメタデータ作成者(Metadata…

    データセットの引用テキストはどこからもたらされたものですか? 私はこのデータセットを出版しましたが、この引用テキストは私が提供したものではありません。

    GBIFがサポートし、機関がGBIFを介してデータを出版するために使用するデータ標準には、いわゆるメタデータ呼ばれる説明情報、つまりデータセット全体に関する情報が含まれています。データ出版機関は、データセットについて推奨する引用方法を体系化されていないテキストとしてここで提供できます。一部の機関は、フリーテキスト形式で引用情報を提供することを選択しています。 しかし、実際にはフリーテキスト形式の…

    自動生成されたデータセットの引用の例を教えてください。

    GBIF.orgの各データセットページの下部にテキストが表示され、ユーザーの引用方法のガイダンスを提供しています。 また、引用に関するより一般的なガイドラインも提供しています。 次に例を示します。 Khidas K, Torgersen J (2020). Canadian Museum of Nature Bird Collection. Version 1.13. Canadian…

    GBIF上で私のデータセットにまだインデックスが(再)作成されていないのですが、どうしてですか?

    GBIFは、メンテナンスのためにインデックスサービスを停止する場合があります。 これが、データセットが予期したとおり迅速にインデックス化されない最も一般的な理由です。

    データセットのインデックスが正常に再作成されていても、レコードが実際に更新されていない場合には、 クローリングサービスバグ の影響を受けている可能性があります。

    どちらの場合も、GBIFがデータセットをインデックスに登録できなかったと思われる場合は、問題を調査するよう、GBIF.orgから直接フィードバックを送信するか、GBIFヘルプデスクにメール してください。

    GBIFが私のデータセットのインデックスを(再)作成するのにどのくらいの時間がかかりますか?

    答えは、GBIFのインデックスの待ち行列 がどれだけあるか、あなたのデータセットのサイズはどれだけか、また、GBIFのインデックスサービスが稼働中かどうかによって異なります。

    通常、GBIFがデータセットのインデックス作成を開始するには、5〜60分かかります。 開始されると大規模なデータセット(たとえば、数百万のレコード)ではインデックス作成が完了するまで数時間かかる場合があるため、辛抱強くお待ちください。 GBIFがデータセットのインデックス作成に失敗していると思われる場合は、GBIF.orgから直接フィードバックを送信するか、GBIFヘルプデスクにメール して、問題を調査するよう依頼してください。

    これらは、GBIFおよびGBIF.orgに関する、よくある質問の一部です。
    ここであなたの疑問が解決しない場合は、お問い合わせください。