粘菌の多様性は見た目を超える

DNAメタバーコードによるロシア西部低地松林の粘菌群集の多様性と組成の解明しました。

Hemitrichia serpula
Pretzel slime mold (Hemitrichia serpula) by Alexander Shirokikh via iNaturalist. Photo licensed under CC BY-NC 4.0.

変形菌(粘菌)は、単細胞アメーバのような段階とそれに続く多核集合体を含む複雑な生活環をもつ魅力的な生命体であり、最終的には子実体のような構造となり、空中に浮遊した胞子から生活環が再開されます。

いわゆる黒色胞子性粘菌の研究において、研究者らはロシアのNizhne-Svirskiy保護区の低地のマツ林における変形菌類の多様性を評価するためにDNAのメタバーコーディングを用いました。森林火災後の四つの異なる段階を代表する別々な研究プロットで地面の落葉落枝(リター)と土壌の両方をサンプリングし、DNAの抽出、増幅、シーケンスを行った後、著者らは変形菌に特有のプライマーを基に読み取り、30万以上のシーケンスを行いました。これらのシーケンスは200OTU(操作的分類単位)以下にクラスター化され、そのうち15種と9属が同定されました。

同定された分類群とGBIF上のオカレンスを比較し、著者らはレニングラード地域で4つの新種を発見しました。変形菌の組成はプロットの火災履歴によって大幅に変化しましたが、著者らは明確な時系列を見つけることができず、群集を形成する要因火災からの経過時間との線形積では単純に表せないことが示唆されました

この研究により、目に見えないアメーバ段階の個体群が目に見える子実体の記録よりもはるかに広い範囲におよび、DNAメタバーコーディングが変形菌を記載する有用なツールであることが明らかになりました。

Link to original article

Shchepin ON, Schnittler M, Erastova DA, Prikhodko IS, Borg Dahl M, Azarov DV, Chernyaeva EN and Novozhilov YK (2019) Community of dark-spored myxomycetes in ground litter and soil of taiga forest (Nizhne-Svirskiy Reserve, Russia) revealed by DNA metabarcoding. Fungal Ecology. Elsevier BV 39: 80–93. Available at: https://doi.org/10.1016/j.funeco.2018.11.006.