rgbif

rgbif是一个出自rOpenSci的R包，其允许从GBIF搜索和检索数据。 rgbif围绕GBIF API封装R代码，允许您通过R与GBIF对话并获取元数据、物种名称和发生记录。

在R中安装这个包很简单：

> install.packages("rgbif")

安装后，rgbif可让您轻松地

• 获取单次发生记录的数据
• 检索多个发生记录
• 搜索分类名称
• 生成发生记录地图

rgbif教程中描述了完整的功能。  rgbif包也是SPOCC物种发生记录数据套件的一部分，该套件提供对出自多个数据库的发生记录的获取。

引用通过rgbif检索的数据

注意：GBIF推荐使用一个衍生数据集来引用使用同步API调用获得的数据，就像rgbif在*occ_data()和occ_search()*中使用的那样。

对于使用*occ_download()路径获得的数据，可以使用gbif_citation()*来检索DOI。

rgbif库包含一个函数，gbif_citation()，它会帮助您正确地引用从GBIF下载的数据。 要使用，只需将一个单个发生记录键、一个数据集键或调用结果传递给occ_download_get函数。

示例：

写入CSV文件，其中包含要与衍生数据集工具一起使用的数据集摘要

> myData<-occ_data(taxonKey=10709636)
> datasetCounts<-myData$data %>% count(datasetKey, sort=TRUE) 
> write.table(datasetCounts, "~/derivedDatasetCounts.txt",col.names=FALSE, row.names=FALSE,sep=",")

获取一个单个发生记录的引用，将发生记录键作为一个参数传递

> gbif_citation(x=1265576727)
<<rgbif citation>>
   Citation: iNaturalist.org (2017). iNaturalist Research-grade Observations.
        Occurrence Dataset https://doi.org/10.15468/ab3s5x accessed via
        GBIF.org on 2017-10-25.. Accessed from R via rgbif
        (https://github.com/ropensci/rgbif) on 2017-10-25
   Rights:

获取一个数据集引用，将数据集键作为一个参数传递

> gbif_citation(x='d52d01f6-7472-4dbf-9ea8-a33c343255ac')
<<rgbif citation>>
   Citation: Moeslund J E (2016). Vegetation data from protected areas in
        Denmark (§ 3 in the Danish Nature Protection Act). Version 8.1.
        Department of Bioscience, Aarhus University. Occurrence Dataset
        https://doi.org/10.15468/ar7pbr accessed via GBIF.org on 2017-10-25..
        Accessed from R via rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) on
        2017-10-25
   Rights:

获取异步下载的引用，将调用结果传递给occ_download_get函数：

> my_download<-occ_download_get("0005737-171002173027117",overwrite=TRUE)
Download file size: 0.26 MB
On disk at /tmp/0005737-171002173027117.zip
> gbif_citation(my_download)
$download
[1] "GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.j0ehrr Accessed from R via rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) on 2017-10-18"

...

这种响应还会包括对贡献数据集的单独引用，然而，包含DOI的上述引用会包括对这些中的每一个的引用，包括关于下载中包括的具体发生记录的信息。

获取下载引用，将调用结果传递给occ_download_meta函数：

> my_download_metadata<-occ_download_meta("0005737-171002173027117")
> gbif_citation(my_download_metadata)
$download
[1] "GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.j0ehrr Accessed from R via rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) on 2017-10-18"
...