rgbif to pakiet R od rOpenSci który umożliwia wyszukiwanie i odzyskiwanie danych z GBIF. rgbif opakowuje kod R wokół interfejsu API GBIF, aby umożliwić komunikację z GBIF z poziomu R i dostęp do metadanych, nazw gatunków i wystąpień.
Instalacja pakietu w R jest prosta:
> install.packages("rgbif")
Po zainstalowaniu, rgbif pozwala łatwo
- pobierać dane dla pojedynczych wystąpień
- pobierać wiele wystąpień
- wyszukiwać nazwy taksonów
- generować mapy wystąpień
Pełna funkcjonalność została opisana w samouczku rgbif. Pakiet rgbif jest również częścią pakietu SPOCC Species Occurrence Data, który zapewnia dostęp do rekordów występowania z wielu baz danych.
Cytowanie danych pobranych przez rgbif
Uwaga: GBIF zaleca używanie pochodnego zbioru danych do cytowania danych uzyskanych za pomocą synchronicznych wywołań API, takich jak używane przez rgbif w occ_data() i occ_search().
W przypadku danych uzyskanych przy użyciu funkcji occ_download(), do pobrania DOI można użyć funkcji gbif_citation().
Biblioteka rgbif zawiera funkcję gbif_citation(), która pomaga w prawidłowym cytowaniu danych pobranych z GBIF. Aby jej użyć, wystarczy przekazać klucz pojedynczego wystąpienia, klucz zestawu danych lub wyniki wywołania do funkcji occ_download_get.
Przykłady:
Zapisz plik CSV zawierający podsumowanie zestawów danych do użycia z narzędziem Derived Dataset
> myData<-occ_data(taxonKey=10709636)
> datasetCounts<-myData$data %>% count(datasetKey, sort=TRUE)
> write.table(datasetCounts, "~/derivedDatasetCounts.txt",col.names=FALSE, row.names=FALSE,sep=",")
Pobierz cytat dla pojedynczego wystąpienia, przekazując klucz wystąpienia jako argument
> gbif_citation(x=1265576727)
<<rgbif citation>>
Citation: iNaturalist.org (2017). iNaturalist Research-grade Observations.
Occurrence Dataset https://doi.org/10.15468/ab3s5x dostępne za pośrednictwem GBIF.org, 2017-10-25.. Dostęp z R przez rgbif
(https://github.com/ropensci/rgbif) w dniu 2017-10-25
Prawa:
Pobierz cytat dla zbioru danych, przekazując klucz zbioru danych jako argument
> gbif_citation(x='d52d01f6-7472-4dbf-9ea8-a33c343255ac')
<<rgbif citation>>
Citation: Moeslund J E (2016). Dane dotyczące roślinności z obszarów chronionych w
Danii (§ 3 duńskiej Ustawy o Ochronie Przyrody). Wersja 8.1.
Wydział Nauk Biologicznych, Uniwersytet w Aarhus. Occurrence Dataset
https://doi.org/10.15468/ar7pbr dostępne za pośrednictwem GBIF.org, 2017-10-25..
Dostęp z R przez rgbif
(https://github.com/ropensci/rgbif) w dniu 2017-10-25
Prawa:
Pobiera cytaty dla pobrań asynchronicznych, przekazując wyniki wywołania funkcji occ_download_get:
> my_download<-occ_download_get("0005737-171002173027117",overwrite=TRUE)
Rozmiar pobranego pliku: 0.26 MB
Na dysku w /tmp/0005737-171002173027117.zip
> gbif_citation(my_download)
$download
[1] "GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.j0ehrr
Dostęp z R poprzez rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) w dniu 2017-10-18"
...
Ta odpowiedź będzie również zawierać indywidualne cytaty z współtworzących zestawów danych, jednak powyższy cytat zawierający DOI będzie zawierał odniesienia do każdego z nich, w tym informacje o tym, które konkretne wystąpienia zostały uwzględnione w pobranym pliku.
Pobierz cytaty dla pobrań, przekazując wyniki wywołania funkcji occ_download_meta:
> my_download_metadata<-occ_download_meta("0005737-171002173027117")
> gbif_citation(my_download_metadata)
$download
[1] "GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.j0ehrr
Dostęp z R poprzez rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) w dniu 2017-10-18"
...