rgbif

rgbif est un paquet R de rOpenSci permettant de chercher et récupérer des données provenant de GBIF. rgbif encapsule du code R autour de l'API de GBIF afin de vous permettre d'interagir avec GBIF depuis R et d'accéder aux métadonnées, noms d'espèces et occurrences.

L'installation du paquet dans R est simple :

> install.packages("rgbif")

Une fois installé, rgbif vous permet de facilement

• récupérer les données d'occurrences uniques
• récupérer plusieurs occurrences
• chercher des noms de taxons
• générer des cartes d'occurrences

Les fonctionnalités complètes sont décrites dans le tutoriel rgbif.  Le paquet rgbif fait également partie de la suite SPOCC Species Occurrence Data, donnant accès à des enregistrements d'occurrences provenant de multiples base de données.

Citer des données récupérées via rgbif

Note : GBIF recommande d'utiliser un jeu de données dérivé afin de citer les données obtenues en utilisant des requêtes API synchrones telles que celles utilisées par rgbif dans occ_data() et occ_search().

Pour les données obtenues en utilisant occ_download(), gbif_citation() peut être utilisé pour retrouver le DOI.

La librairie rgbif inclus une fonction, gbif_citation(), qui vous aidera à citer adéquatement les données téléchargées depuis GBIF. Pour l'utiliser, passez simplement une clé d'occurrence unique, une clé de jeu de données ou le résultat d'une requête vers la fonction occ_download_get.

Exemples :

Écrire un fichier CSV contenant un résumé des jeux de données à utiliser avec l'Outil de Jeu de données Dérivé

> myData<-occ_data(taxonKey=10709636)
> datasetCounts<-myData$data %>% count(datasetKey, sort=TRUE) 
> write.table(datasetCounts, "~/derivedDatasetCounts.txt",col.names=FALSE, row.names=FALSE,sep=",")

Récupérer la citation pour une occurrence unique, en passant la clé d'occurrence comme paramètre

> gbif_citation(x=1265576727)
<<rgbif citation>>
   Citation: iNaturalist.org (2017). iNaturalist Research-grade Observations.
        Occurrence Dataset https://doi.org/10.15468/ab3s5x accessed via
        GBIF.org on 2017-10-25.. Accessed from R via rgbif
        (https://github.com/ropensci/rgbif) on 2017-10-25
   Rights:

Récupérer la citation pour un jeu de données, en passant la clé de jeu de données comme paramètre

> gbif_citation(x='d52d01f6-7472-4dbf-9ea8-a33c343255ac')
<<rgbif citation>>
   Citation: Moeslund J E (2016). Vegetation data from protected areas in
        Denmark (§ 3 in the Danish Nature Protection Act). Version 8.1.
        Department of Bioscience, Aarhus University. Occurrence Dataset
        https://doi.org/10.15468/ar7pbr accessed via GBIF.org on 2017-10-25..
        Accessed from R via rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) on
        2017-10-25
   Rights:

Récupérer la citation pour des téléchargements asynchrones, en passant le résultat d'une requête à la fonction occ_download_get :

> my_download<-occ_download_get("0005737-171002173027117",overwrite=TRUE)
Download file size: 0.26 MB
On disk at /tmp/0005737-171002173027117.zip
> gbif_citation(my_download)
$download
[1] "GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.j0ehrr Accessed from R via rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) on 2017-10-18"

...

Cette réponse comprendra également des citations individuelles des jeux de données contributeurs, cependant, cette citation contenant le DOI inclura des références à chacun de ces jeux de données, y compris des informations sur les occurrences spécifiques qui ont été incluses dans le téléchargement.

Récupérer la citation pour des téléchargements, en passant le résultat d'une requête à la fonction occ_download_meta :

> my_download_metadata<-occ_download_meta("0005737-171002173027117")
> gbif_citation(my_download_metadata)
$download
[1] "GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.j0ehrr Accessed from R via rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) on 2017-10-18"
...