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    Cubes d'occurrences d'espèces dans le GBIF

    Agrégation des données d'occurrence selon des dimensions spatiales, temporelles et taxonomiques afin de créer des "cubes de données" pour la gestion de la biodiversité et les décisions politiques

    Illustration of a Pacific Pilot Whale <a href="https://www.gbif.org/species/2440605"><i>Pacific Globicephala macrorhynchus</i> Gray, 1846</a> from The marine mammals of the north-western coast of North America, New York, 1974. Shared under <a href="https://creativecommons.org/publicdomain/mark/1.0/">Public Domain</a> by the <a href="https://www.biodiversitylibrary.org/page/16226214#page/145/mode/1up">Biodiversity Heritage Library</a>.
    Illustration of a Pacific Pilot Whale Pacific Globicephala macrorhynchus Gray, 1846 from The marine mammals of the north-western coast of North America, New York, 1974. Shared under Public Domain by the Biodiversity Heritage Library.

    Le GBIF permet aux utilisateurs de créer et de télécharger des cubes de données qui serviront de base aux modèles et aux indicateurs de la biodiversité passée, actuelle et future. Bien que la génération de cubes repose sur l'API de téléchargement SQL du GBIF (https://techdocs.gbif.org/en/data-use/api-sql-downloads), les utilisateurs peuvent facilement définir des cubes en sélectionnant la dimension taxonomique, temporelle et/ou spatiale souhaitée à partir d'une simple liste d'options prédéfinies. La requête SQL générée peut être personnalisée avant le lancement du téléchargement.

    Dimensions

    Les options de génération de cubes sont les suivantes

    Les utilisateurs peuvent ajouter des dimensions supplémentaires basées sur des données catégorielles, par exemple les stades de vie, les catégories de la liste rouge de l'UICN, etc. en affinant la requête SQL.

    Mesures

    Pour chaque combinaison de catégories de dimensions (groupe), une mesure est calculée. Il s'agit au minimum d'un nombre d'occurrences, mais l'utilisateur peut également choisir d'ajouter des informations sur les coordonnées et l'incertitude temporelle.

    Format, métadonnées et FAIRness

    Comme pour les autres formats de téléchargement d'occurrences du GBIF, les cubes sont générés sous forme de fichiers CSV délimités par des tabulations. Les métadonnées du cube seront conservées dans une page de téléchargement détaillant la requête SQL, les ensembles de données GBIF sous-jacents contribuant au cube ainsi qu'un lien pour télécharger le cube. Comme les téléchargements ordinaires, les cubes reçoivent des DOI pour faciliter les citations.

    Documentation technique et exemples

    Veuillez vous référer à la documentation pour plus de détails sur les options de création, de personnalisation et de soumission de requêtes pour les cubes d'occurrence.

    Plus d'informations sur les cubes d'occurrences d'espèces

    • Desmet P, Oldoni D, Blissett M, Robertson T (2023). Specification for species occurrence cubes and their production. https://docs.b-cubed.eu/guides/occurrence-cube/
    • Groom Q, Abraham L, Adriaens T, Breugelmans L, Clarke D, Fernández M, et al. B-Cubed: Leveraging Analysis-Ready Biodiversity Datasets and Cloud Computing for Timely and Actionable Biodiversity Monitoring. Biodiversity Information Science and Standards [Internet]. 2023 Aug 9;7. Available from: https://doi.org/10.3897/biss.7.110734
    • Oldoni D, Groom Q, Adriaens T, Davis AJS, Reyserhove L, Strubbe D, et al. Occurrence cubes: a new paradigm for aggregating species occurrence data. 2020 Mar 25; Available from: https://doi.org/10.1101/2020.03.23.983601

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    European UnionLe développement des cubes d'occurrence d'espèces par le GBIF fait partie du Work Package 2 de B-Cubed (Biodiversity Building Blocks for Policy), dirigé par l'Institut de Recherche sur la Nature et la Forêt (INBO) et financé par le Programme de Recherche et d'Innovation Horizon Europe de l'Union Européenne (ID No 101059592).