rgbif

rgbif  是來自  rOpenSci 的一個 R 語言套件，可以用於從 GBIF 中 搜尋和檢索 資料。 rgbif  將 R 語法包在  GBIF API ，以便你可以透過 R 語言存取  GBIF 中介資料、物種名稱和出現次數。

安裝 R 套件只需簡單執行：

> install.packages("rgbif")

當安裝成功後， 你可以使用 rgbif 執行

• 存取單一的出現紀錄資料
• 檢索多筆的出現紀錄資料
• 搜尋分類群名稱
• 繪製出現紀錄資料地圖

rgbif 教學  裡面有完整的功能詳述。  rgbif 套件也是 SPOCC Species Occurrence Data  套件的一部分，該套件提供對多個資料庫中的出現記錄資料的存取。

引用 rgbif 檢索的資料

註: GBIF 建議使用 衍生資料集 來引用經由同步 API 所取得的資料。如使用 rgbif 套件中 occ_data() 和 occ_search 的資料 ()。

使用occ_download() 路徑獲取的資料，可以使用*gbif_itation()*來檢索DOI。

rgbif 資料庫包含一個函數 gbif_itation()，可協助你正確引用從 GBIF 下載的資料。 使用時，只需傳送一組出現紀錄資料索引、資料集索引或 occ_download_get 函數的回傳結果即可。

範例：

編寫包含資料集摘要的 CSV 文件，以便與衍生資料集工具一起使用

> myData<-occ_data(taxonKey=10709636)
> datasetCounts<-myData$data %>% count(datasetKey, sort=TRUE) 
> write.table(datasetCounts, "~/derivedDatasetCounts.txt",col.names=FALSE, row.names=FALSE,sep=",")

取得單一出現紀錄資料的引用，並將出現紀錄資料索引當成引數傳遞。

> gbif_citation(x=1265576727)
<<rgbif citation>>
   Citation: iNaturalist.org (2017). iNaturalist Research-grade Observations.
        Occurrence Dataset https://doi.org/10.15468/ab3s5x accessed via
        GBIF.org on 2017-10-25.. Accessed from R via rgbif
        (https://github.com/ropensci/rgbif) on 2017-10-25
   Rights:

取得單一資料集的引用，並將資料集索引當成引數傳遞。

> gbif_citation(x='d52d01f6-7472-4dbf-9ea8-a33c343255ac')
<<rgbif citation>>
   Citation: Moeslund J E (2016). Vegetation data from protected areas in
        Denmark (§ 3 in the Danish Nature Protection Act). Version 8.1.
        奧胡斯大學，生物科學系 Occurrence Dataset
        https://doi.org/10.15468/ar7pbr accessed via GBIF.org on 2017-10-25..
        Accessed from R via rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) on
        2017-10-25
   Rights:

取得非同步下載的引用，並將結果當成引數傳遞給 occ_download_get 函數：

> my_download<-occ_download_get("0005737-171002173027117",overwrite=TRUE)
Download file size: 0.26 MB
On disk at /tmp/0005737-171002173027117.zip
> gbif_citation(my_download)
$download
[1] "GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.j0ehrr Accessed from R via rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) on 2017-10-18"

...

此回應會包含對貢獻資料集的單獨引用，但是上述具 DOI 的引用會包括對每個資料集的參照，以及下載中包含哪些特定出現資料的資訊。

取得下載資料的引用，並將結果當成引數傳遞給 occ_download_meta 函數

> my_download_metadata<-occ_download_meta("0005737-171002173027117")
> gbif_citation(my_download_metadata)
$download
[1] "GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.j0ehrr Accessed from R via rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) on 2017-10-18"
...