WhereNext gagne le défi GBIF Ebbe Nielsen 2019

Le système open-source développé par Jorge Velásquez-Tibatá de Colombie, optimise la sélection de sites pour combler les lacunes dans les données sur la biodiversité et arrive en tête de la liste des neuf lauréats du prix de récompense annuel.

Velasquez-Ebbe
Spatial ecologist Jorge Velásquez-Tibatá developed WhereNext, the first prize winner in the 2019 GBIF Ebbe Nielsen Challenge.

Jorge Velásquez-Tibatá, écologiste spatial colombien de The Nature Conservancy, a remporté le premier prix du défi GBIF Ebbe Nielsen 2019 pour le développement de Wherenext, un système web open-source qui recommande des zones cibles pour les études biologiques et la mobilisation de données.

WhereNext est une application web interactive qui s’appuie sur les outils, les données et les services existants pour optimiser le processus de comparaison, de sélection et de complément des données manquantes. Une fois que les utilisateurs ont sélectionné un groupe taxonomique et une région d’intérêt, l’application génère des modèles qui recommandent de nouvelles zones d’étude basées sur les différences attendues dans les communautés d’espèces présentes dans différents environnements et habitats.

Cette approche, connue sous le nom de “Generalized Dissimilarity Modeling” (voir Ferrier et al. 2007), peut identifier des sites moins similaires biologiquement à d’autres sites précédemment échantillonnés. Les zones qui en résultent sont potentiellement les meilleurs candidats pour compléter les études existantes, prioriser la mobilisation des données et même trouver des espèces nouvelles pour la science.

“J’imagine que les gens utiliseront WhereNext pour planifier de nouvelles expéditions biologiques ou des enquêtes citoyennes qui complèteront le mieux les connaissances existantes, tout en révélant et en protégeant une biodiversité non décrite”, a déclaré Velásquez. “Je me suis inspiré des initiatives d’échantillonnage existantes dans mon pays et je me suis demandé comment créer un système piloté par les données qui optimise la sélection de sites avec suffisamment de flexibilité pour prendre en compte des imprévus tels que l’accessibilité.”

Velásquez espère collaborer avec d’autres scientifiques pour développer les futures versions de ce package R et de l’application Shiny, afin d’extraire des données environnementales à partir de dépôts mondiaux supplémentaires et d’améliorer le support pour l’analyse de très grands jeux de données.

En tant que vainqueur de la première place cette année, Velásquez recevra 10.000 € sur un lot total de prix de 32.500 €.

Trois équipes se partagent le deuxième prix et cinq autres finissent en troisième position

Le jury de cette année a sélectionné trois autres équipes en tant que vainqueurs communs de la deuxième place et chacune recevra un prix de 5.000 €.

occCite : Des outils permettant de mettre en œuvre la citation complète des données sur la biodiversité est un ensemble d’outils basés sur R permettant de télécharger, gérer, résumer et citer des données sur la biodiversité, afin de compléter le cycle de citation des données. Développé par Hannah L. Owens du Centre pour la macroécologie, l’évolution et le climat, Institut du GLOBE, de l’Université de Copenhague, Danemark et par quatre collègues basés aux États-Unis, Cory Merow de l’Université du Connecticut, Brian Maitner de l’Université d’Arizona et Vijay Barve & Rob Guralnick du Museum d’Histoire Naturelle de Floride : cet ensemble d’outils préserve les liens entre les données d’occurrence et les fournisseurs primaires tout au long du processus de traitement des données, dans le but de reconnaître et d’encourager les fournisseurs initiaux de données à poursuivre le travail difficile lié aux données ouvertes.

Organella offre une interface utilisateur expérimentale qui fournit aux non-spécialistes et aux débutants des moyens ludiques et visuels d’accéder aux données sur la biodiversité et de les explorer. L’équipe composée d’Andrea Biedermann, de Diana Gert, de Dimitar Ruszev et de Paul Roeder de l’Université des sciences appliquées de Potsdam en Allemagne a créé ces nouveaux formulaires, tout en explorant les modèles de visualisation des données et de design d’interaction qui opérationnalise les données sans s’appuyer sur des conventions telles que les listes déroulantes, les entrées de texte et les curseurs.

Rapid Least Concern : Evaluations automatisées de plantes à faible risque pour la Liste rouge de l’UICN des espèces menacées (Liste rouge) présente une approche reproductible, vérifiable et évolutive pour accélérer et intensifier l’évaluation des espèces de plantes à la lumière de la crise actuelle de la biodiversité. Développé par Steven Bachman, Barnaby Walker et Justin Moat des Jardins botaniques royaux, Kew au Royaume-Uni, ‘RapidLC’ génère automatiquement toutes les données nécessaires à une évaluation “préoccupation mineure” conforme d’une liste rouge de l’UICN, accélérant le processus de liste rouge pour les plantes et offrant une approche potentielle à d’autres groupes tels que les champignons et les invertébrés.

Le jury a également désigné cinq autres équipes gagnantes de la troisième place, chacune recevant 1.500 euros. Ces soumissions sont décrites ci-dessous.
Publication GBIF agile
Analyse de l’information sur la biodiversité et aide à la décision : le package BIRDS pour R
naturaList
GB Sifter : Un tamis de données GBIF vers GenBank
GeoNature-atlas : Publiez un atlas en ligne de la biodiversité avec les données GBIF de votre région**

Le Défi Ebbe Nielsen est un prix de récompense annuel qui honore la mémoire du Dr Ebbe Schmidt Nielsen, un leader inspirant des dommaines de la biosystématique et de l’informatique de la biodiversité, et l’un des principaux fondateurs du GBIF.


Gagnants du défi GBIF Ebbe Nielsen 2019

Gagnant du premier prix

WhereNext : un système de recommandation pour identifier les priorités d’échantillonnage sur la base d’une modélisation de dissimilarité généralisée

WhereNext est un package R et une application Shiny qui guide les utilisateurs tout au long du processus de développement d’un GDM pour les groupes et régions taxonomiques arbitraires, et qui recommande de manière interactive des sites complémentaires aux études existantes. Pour créer des GDM, il se connecte aux données mondiales sur la biodiversité (GBIF) et à d’autres dépôts environnementaux (WorldClim) et offre des outils pour améliorer la qualité des données en mettant en œuvre des procédures de nettoyage des données d’occurrence et des procédures de sélection des variables environnementales, ainsi que pour identifier les sites avec des études complètes.


Gagnants du second prix


occCite : Des outils permettant de mettre en œuvre la citation complète des données sur la biodiversité
OccCite est un ensemble d’outils basés sur R permettant de télécharger, gérer, résumer et citer des données de biodiversité, afin de compléter le cycle de citation des données. Ces outils préservent les liens entre les données d’occurrence et les fournisseurs initiaux tout au long des chaines de travail de traitement de données R. OccCite facilite également la citation des principaux fournisseurs de données dans les manuscrits et autres publications. L’équipe espère que leurs efforts permettront de créditer les fournisseurs initiaux de données pour le travail difficile qu’ils ont consacré à l’assemblage et à la publication des données, tout en les encourageant à continuer de contribuer aux efforts d’agrégation en cours.

Organella
L’équipe a initialement créé cette interface utilisateur expérimentale pour les données du réseau GBIF dans le cadre d’un séminaire sur les interfaces de données. Inspiré par le défi de donner aux débutants un accès visuel et ludique à des informations cruciales pour faire face aux défis environnementaux mondiaux, Organella permet aux utilisateurs sans connaissances spécialisées en biologie ou en taxonomie de manipuler, exploiter et comprendre des données complexes de la biodiversité.

Rapid Least Concern : Évaluations automatisées de plantes à faible risque pour la Liste rouge de l’UICN des espèces menacées (Liste rouge)
Le processus complet d’évaluation du risque d’extinction des plantes dans la Liste rouge de l’UICN reste un facteur limitant pour la conservation des espèces, étant donné que le taux d’évaluation annuel correspond à peine au taux des plantes nouvellement décrites. RapidLC fournit une chaine de travail reproductible, vérifiable et évolutive pour accélérer la production des évaluations de la Liste rouge de l’UICN des préoccupations mineures pour les plantes. L’outil accède aux sources de données du GBIF et de Plants of the World Online (une ressource taxonomique essentielle gérée par les jardins botaniques royaux de Kew) et génère des métriques permettant de déterminer avec précision si une espèce est susceptible d’être catégorisée “Préoccupation mineure” ou non. RapidLC automatise ensuite la documentation des espèces “Préoccupation mineure”, accélérant ainsi ces évaluations afin que les évaluateurs de la Liste rouge hautement qualifiés puissent concentrer leurs efforts sur les espèces susceptibles d’être menacées. RapidLC souligne également le potentiel d’application de cette approche à d’autres groupes sous-évalués tels que les champignons et les invertébrés.


Gagnants du troisième prix

Publication GBIF agile
Ce module pour la plateforme EarthCape élimine les obstacles au partage des données de recherche et de collections, en permettant la publication en un clic sur le GBIF avec Zenodo, directement à partir d’une base de données personnelle. En plus de cela, le module permet aux chercheurs de publier leurs données sans interrompre d’autres chaines de travail, tout en évitant la nécessité de configurer une instance du GBIF IPT ou de tout autre logiciel ou présence en ligne.

Analyse de l’information sur la biodiversité et aide à la décision : le package BIRDS pour R
Ce package, produit par une équipe comprenant le gagnant du défi Ebbe Nielsen 2016, facilite l’analyse intégrée des dimensions spatiales et temporelles d’un jeu de données de biodiversité primaire. En explorant un certain nombre de variables liées à l’effort d’échantillonnage et à la couverture (lacunes des données), BIRDS analyse systématiquement et visualise l’aptitude à l’utilisation des données, ce qui permet de prendre des décisions concernant son utilisation lors d’analyses ultérieures.

GB Sifter : Un tamis de données GBIF vers GenBank
Cette application web basée sur R permet aux utilisateurs de rechercher des enregistrements spécifiques à une région ou à un taxon via le réseau GBIF, de les associer à plusieurs couches de carte bioclimatiques et écologiques, puis d’interroger les marqueurs phylogénétiques pour identifier les espèces présentant un intérêt pour GenBank. Cette chaine de travail fournit une méthode permettant d’explorer une infrastructure de données ouvertes pertinentes pour étudier l’évolution des traits dans des contextes phylogénétiques et écologiques.

naturaList
naturaList automatise le processus de classification des enregistrements d’occurrence du GBIF en fonction de six degrés de confiance dans leurs identifications d’espèce. Les utilisateurs sans expertise taxonomique peuvent utiliser l’outil pour améliorer la qualité des données et rendre compte de l’ampleur de leurs analyses, en filtrant les enregistrements les mieux adaptés à leurs objectifs sur la base de critères bien définis.

GeoNature-atlas : Publiez un atlas en ligne de la biodiversité avec les données GBIF de votre région**
S’appuyant sur leurs efforts déployés précédemment pour publier des données sur la biodiversité des parcs nationaux français, cette équipe souhaitait montrer comment les services web du GBIF peuvent faciliter l’accès aux connaissances locales sur la biodiversité. Des groupes à différentes échelles (pays, villes, états) peuvent publier un atlas en ligne sur la biodiversité, permettant aux citoyens de n’importe où de découvrir la richesse de la biodiversité locale, les menaces auxquelles elle est confrontée et l’importance de la préserver.


Jury pour le défi Ebbe Nielsen 2019

  • Greg Riccardi (chair), Université de Floride
  • Peter Brenton, Atlas of Living Australia
  • Rachel Tierney, Scottish Wildlife Trust
  • Dave Martin, Atlas of Living Australia
  • Lars Francke, OpenCore
  • Dave Remsen, Laboratoire de biologie marine
  • Roderic Page, Université de Glasgow
  • Andre Heughebaert, Plateforme belge de la biodiversité
  • Anders G. Finstad, Université norvégienne de Science et Technologie
  • William Ulate, Jardin botanique du Missouri
  • Philippe Grandcolas, Centre National de la Recherche Scientifique | Muséum national d’Histoire naturelle
  • Jurate De Prins, Institut Royal des Sciences Naturelles de Belgique
  • Eduardo Dalcin, Institut de recherche du jardin botanique de Rio de Janeiro
  • Dag Endresen, Musée d’Histoire Naturelle de l’Université d’Oslo `| GBIF Norvège
  • Anabela Plos, Musée des Sciences Naturelles d’Argentine (MACN-CONICET) `| GBIF Argentine
  • Paul Morris, Herbiers de l’Université d’Harvard et Musée de Zoologie Comparée