Bio-Dem gana el reto Ebbe Nielsen 2021 de GBIF

El equipo internacional dirigido por Alexander Zizka de iDiv crea una herramienta basada en la web que vincula las ciencias naturales y las ciencias políticas, mientras que un par de participantes comparten el segundo premio

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Alexander Zizka del Centro Alemán para la Investigación Integrativa de la Biodiversidad Halle-Jena-Leipzig (iDiv) lideró el equipo responsable de Bio-Dem, la propuesta ganadora del reto Ebbe Nielsen 2021. Foto Stefan Bernhardt / iDiv.

Bio-Dem, una aplicación web de código abierto para explorar las relaciones temporales y espaciales entre la disponibilidad de datos de biodiversidad y las dimensiones de la democracia, ha sido seleccionada como primer premio en el reto Ebbe Nielsen 2021 de GBIF.

El equipo internacional, dirigido por Alexander Zizka del Centro Alemán para la Investigación Integrativa de la Biodiversidad Halle-Jena-Leipzig (iDiv), tiene profundas raíces en Suecia. Zizka comenzó a trabajar en Bio-Dem durante un postdoctorado en la Universidad de Gotemburgo, que actualmente alberga a tres miembros del equipo de Bio-Dem, con Johannes Klein vinculado al Centro de Biodiversidad Global de Gotemburgo (GGBC), Oskar Rydén, estudiante de doctorado en el Departamento de Ciencias políticas y Staffan Lindberg, fundador del Instituto Variedades de la Democracia. Daniel Edler extiende las conexiones más al norte hasta la Universidad de Umeå, mientras que Alexandre Antonelli, ahora director de ciencia en Royal Botanic Gardens, Kew, ha mantenido su conexión con GGBC como su fundador y ex director.

Dos entradas compartieron el segundo premio en el reto 2021:

  • Localizando Áreas Claves para la Biodiversidad (KBA), es un flujo de trabajo automatizado basado en R desarrollado por la ecóloga colombiana y analista de datos geoespaciales Daniela Linero Triana que aprovecha los datos mediados por GBIF para identificar posibles Áreas Clave para la Biodiversidad dentro de regiones definidas por el usuario mediante la búsqueda de localidades en las que las especies amenazadas, migratorias y de rangos restringidos se registran en cantidades significativas
  • plantR, una aplicación basada en R y un flujo de trabajo desarrollado por un equipo dirigido por el ecologista brasileño Renato A. Ferreira de Lima como un único entorno de código abierto en el que los administradores de datos, taxónomos y los usuarios de datos pueden curar y combinar registros de muestras en múltiples colecciones

La premisa del ganador del primer premio, Bio-Dem, es que, si bien los datos de ocurrencia de especies georreferenciados se han vuelto esenciales para la investigación ecológica y de la biodiversidad, su disponibilidad depende de factores no biológicos, incluido el entorno político en el momento y lugar de la recolección. La herramienta combina datos de biodiversidad disponibles de la red GBIF, el conjunto de datos multidimensionales de Varieties of Democracy sobre los valores complejos de los sistemas democráticos e información sobre la historia colonial del Proyecto Issue Correlates of War. Esta combinación única de fuentes permite a los usuarios investigar las relaciones geográficas y temporales entre las variables sociopolíticas y los registros de ocurrencia de especies y generar hipótesis sobre los taxones y las geografías en las que están interesados.

En Camboya, Bio-Dem revela cómo un período de cambio político y conflicto armado entre 1970 y 1992 se relaciona con una disminución en los datos de biodiversidad disponibles. Explore otras visualizaciones

"Sabemos relativamente poco sobre los sesgos sociopolíticos en relación con el muestreo de datos de biodiversidad, y Bio-Dem proporciona una manera fácil de visualizar las complejas relaciones empíricas entre la historia de un país, los factores socioeconómicos y los regímenes políticos y la disponibilidad de registros de presencia de especies", dijo Zizka. "Esperamos que la aplicación pueda ayudar a los profesores a comunicar las advertencias de los datos de la biodiversidad, a los científicos de la biodiversidad a examinar las fuentes sociopolíticas de lagunas y sesgos de datos, ya los científicos sociales a explorar cómo los sistemas políticos afectan la recopilación de datos científicos y la conservación de la biodiversidad".

La participación del Ebbe Nielsen Challenge de este año no es la primera para Zizka ni para Bio-Dem. En 2016, Zizka se asoció con su actual colega de BioDem Antonelli y Daniele Silvestro (ahora en la Universidad de Friburgo de Suiza) para compartir el segundo premio por sampbias, una herramienta para visualizar sesgos de muestreo geográfico en conjuntos de datos de distribución de especies. Con Bio-Dem, Zizka y sus colegas buscaron mejorar una presentación de 2018 al reto expandiendo la funcionalidad de la herramienta y agregando datos sobre legados coloniales para incorporar elementos del debate en curso sobre la descolonización de la biogeografía. Bio-Dem marca la tercera vez que Antonelli ha sido parte de una entrada ganadora del reto, más recientemente como miembro del ganador del primer premio 2020, ShinyBIOMOD, dirigido por Ian Ondo de RGB Kew.

Zizka ha estado trabajando como investigador postdoctoral en el Centro de Síntesis (sDiv) de iDiv desde 2018. sDiv apoya reuniones de grupos de trabajo donde científicos internacionales trabajan juntos en temas científicos.

"Varias propuestas corrieron muy cerca, y todos los miembros del jurado estuvieron de acuerdo en que Bio-Dem era una aplicación única e interesante de datos mediados por GBIF", dijo Jurate de Prins de la Real Sociedad Belga de Entomología (SRBE-KBVE), miembro de el Comité de Ciencia de GBIF y presidente del jurado del reto 2021. "Pero al final, su inclusión de los aspectos sociales e históricos de las sociedades actuales al considerar los datos de biodiversidad en el espacio y el tiempo inclinó la balanza en la selección de Bio-Dem como el ganador".

El jurado de mayoría femenina revisó un grupo de diez presentaciones calificadas para seleccionar a los tres ganadores del reto, un premio de incentivo anual que honra la memoria del Dr Ebbe Schmidt Nielsen, un entomólogo danés-australiano y un líder inspirador en los campos de la biosistemática y informática de la biodiversidad, quien fue uno de los principales fundadores de GBIF. La presencia de Camila Plata y Sarah Schooler en el jurado lo convirtió en el primero en unir a representantes de dos (de las muchas) instituciones homónimas del naturalista y erudito alemán Alexander von Humboldt.

Por su selección como ganador del primer premio, el equipo Bio-Dem recibirá 12.000 € del pozo de premios anual de 20.000 €, mientras que los ganadores del segundo premio recibirán premios de 4.000 € cada uno.

Ganadores de los premios del Reto Ebbe Nielsen 2021 de GBIF

Ganador del Primer Premio

Bio-Dem: Biodiversity knowledge & democracy
Esta aplicación web de código abierto permite a los usuarios explorar los vínculos potenciales entre los indicadores sociopolíticos, la historia colonial y la recopilación y movilización de datos de biodiversidad en el espacio y el tiempo. Los registros de ocurrencia de GBIF se combinan con datos de la base de datos Varieties of Democracy que reflejan cinco principios de alto nivel de los sistemas democráticos (elecciones, liberalidad, participación, deliberación e igualitarismo). Tres gráficos interactivos permiten a los usuarios de Bio-Dem explorar la relación multifacética y multidireccional entre la disponibilidad de registros de ocurrencia de especies y las variables sociopolíticas en un país determinado. video | GitHub

Para leer más
Zizka A, Rydén O, Edler D et al. (2021) Bio-Dem, a tool to explore the relationship between biodiversity data availability and socio-political conditions in time and space. Journal of Biogeography. doi:10.1111/jbi.14256

Ganador del Segundo Premio (1/2)

Localizando Áreas Claves para la Biodiversidad (KBA): un flujo de trabajo automatizado para la identificación de potenciales Áreas Claves para la Biodiversidad
La pérdida acelerada de la biodiversidad ha amplificado la urgente necesidad de identificar y salvaguardar aquellas regiones alrededor del mundo que contribuyen en mayor medida a la persistencia de las especies y sus hábitats. El Estándar Global para la Identificación de Áreas Clave para la Biodiversidad proporciona un acercamiento riguroso para el establecimiento de estos sitios, sin embargo, su exhaustivo análisis inicial de alcance de datos espaciales sobre especies prioritarias requiere un esfuerzo considerable que puede dificultar las iniciativas locales y nacionales que pretenden ubicar las regiones más importantes para la biodiversidad.

Localizando Áreas Claves para la Biodiversidad (KBA) ofrece un flujo de trabajo automatizado que usa el lenguaje de programación R y los registros de biodiversidad de la red GBIF —al igual que la información sobre categorías de amenaza, rangos de distribución y estatus migratorio de la Lista Roja UICN, el portal KBA y el Birdlife Data Zone— para identificar posibles KBA en áreas de estudio definidas por el usuario. Los usuarios de datos, organizaciones de conservación y otras entidades involucradas en la investigación y la planeación de la conservación de la biodiversidad, pueden usar el código de flujo de trabajo para determinar de manera eficiente en qué lugares enfocar el esfuerzo para aplicar los criterios del estándar KBA y el desarrollo de propuestas para la designación formal. De esta manera, el código de flujo de trabajo pretende ayudar a los usuarios a optimizar el proceso de revisión, actualización y localización de nuevos sitios de importancia para la biodiversidad global en ecosistemas terrestres, de agua dulce y marinos. video | GitHub

Ganador del Segundo Premio (2/2)

plantR: An R package for managing species records from biological collections

El acceso a datos basados en colecciones desde diferentes sistemas en línea resalta rápidamente la variación en cómo se aplican o representan los estándares de documentación, notación y nomenclatura, y las colecciones mismas también pueden tener información divergente sobre la integridad, resolución y estado de cualquier registro, particularmente con muestras duplicadas. plantR es una aplicación basada en R desarrollada para ayudar a los usuarios a descargar, estandarizar y validar información asociada con registros de especies, como códigos de colección, nombres de recolectores e identificadores, localidad, coordenadas geográficas, nomenclatura taxonómica e identificaciones de especies.

La caja de herramientas completa de plantR, desarrollada completamente con herramientas gratuitas y de código abierto, permite a los usuarios administrar registros de colecciones únicas o múltiples en cualquier etapa, desde la descarga de datos hasta la exportación, desde la curación de datos de la colección hasta la realización de revisiones taxonómicas y síntesis para evaluar la calidad de los datos antes del análisis. video | GitHub

Jurado por el reto Ebbe Nielsen 2021