Código de barras genético de cinco grupos críticos de la flora de México

David Gernandt

doi:10.15468/au5bgj

Código de barras genético de cinco grupos críticos de la flora de México

Citation

Gernandt D, Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad C (2023). Código de barras genético de cinco grupos críticos de la flora de México. Version 1.14. Comisión nacional para el conocimiento y uso de la biodiversidad. Occurrence dataset https://doi.org/10.15468/au5bgj accessed via GBIF.org on 2023-10-03.

Description

Los códigos de barras genéticos consisten en secuencias cortas y estandarizadas de DNA que permiten la identificación de las especies de organismos conocidas y el descubrimiento de especies desconocidas. A diferencia de muchos animales (y otros eucariontes) para los que el gen mitocondrial CO1 es fácil de secuenciar y altamente informativo, las plantas terrestres presentan problemas particulares para la selección de un código de barras. Esto se debe a la baja tasa de substitución y la frecuencia de rearreglos del genoma mitocondrial. También existen problemas debidos a poliploidía y paralogía en los genes nucleares. Aunque existe consenso en que el genoma del cloroplasto es la fuente más prometedora de códigos de barras genéticos para plantas, la tasa de evolución relativamente baja de muchos genes de plástidos hace necesaria la concatenación de varias secuencias para incrementar la resolución. En este proyecto se generarán códigos de barras de DNA de cloroplasto de 319 ejemplares de c. 170 especies pertenecientes a nueve familias de plantas vasculares de gran relevancia biológica, ecológica, económica y cultural en México, incluyendo Agavaceae, Cactaceae, Crassulaceae, Cupressaceae, Orchidaceae, Pinaceae, Podocarpaceae y Taxaceae. En la selección de los grupos de estudio se priorizaron los taxones listados en la Norma Oficial Mexicana NOM-059-ECOL-2001. Los códigos propuestos consistirán de secuencias concatenadas de cuatro regiones en total. Candidatos por evaluar incluyen las regiones codificantes de los genes matK, rbcL y rpoC1, y los espaciadores intergénicos trnH-psbA, psbK-psbI y dos más hipervariables por definir en el curso de este estudio.

Reino: 1 Filo: 1 Clase: 1 Orden: 7 Familia: 8 Género: 61 Subgénero: 4 Especie: 164 Epitetoinfraespecifico: 4

Taxonomic Coverages

Reino: Plantae Filo: Tracheophyta Clase: Equisetopsida Orden: Asparagales, Saxifragales, Ephedrales, Pinales, Araucariales, Cupressales, Caryophyllales Familia: Asparagaceae, Crassulaceae, Orchidaceae, Ephedraceae, Pinaceae, Podocarpaceae, Cupressaceae, Cactaceae

Plantae
rank: kingdom
Tracheophyta
rank: phylum
Equisetopsida
rank: class
Asparagales
rank: order
Saxifragales
rank: order
Ephedrales
rank: order
Pinales
rank: order
Araucariales
rank: order
Cupressales
rank: order
Caryophyllales
rank: order
Asparagaceae
rank: family
Crassulaceae
rank: family
Orchidaceae
rank: family
Ephedraceae
rank: family
Pinaceae
rank: family
Podocarpaceae
rank: family
Cupressaceae
rank: family
Cactaceae
rank: family
Agave
rank: genus
Yucca
rank: genus
Echeveria
rank: genus
Rhynchostele
rank: genus
Encyclia
rank: genus
Beschorneria
rank: genus
Ephedra
rank: genus
Pinus
rank: genus
Eurystyles
rank: genus
Furcraea
rank: genus
Sedum
rank: genus
Lepanthes
rank: genus
Oncidium
rank: genus
Manfreda
rank: genus
Galeoglossum
rank: genus
Podocarpus
rank: genus
Sobralia
rank: genus
Abies
rank: genus
Callitropsis
rank: genus
Mammillaria
rank: genus
Laelia
rank: genus
Cumarinia
rank: genus
Mormodes
rank: genus
Rossioglossum
rank: genus
Graptopetalum
rank: genus
Ariocarpus
rank: genus
Corallorhiza
rank: genus
Cyrtochiloides
rank: genus
Bletia
rank: genus
Galeandra
rank: genus
Prosthechea
rank: genus
Taxodium
rank: genus
Clowesia
rank: genus
Papperitzia
rank: genus
Helleriella
rank: genus
Pseudogoodyera
rank: genus
Ortegocactus
rank: genus
Trichopilia
rank: genus
Acharagma
rank: genus
Vanilla
rank: genus
Juniperus
rank: genus
Echinocactus
rank: genus
Tacitus
rank: genus
Lycaste
rank: genus
Epidendrum
rank: genus
Pelexia
rank: genus
Cuitlauzina
rank: genus
Sigmatostalix
rank: genus
Polianthes
rank: genus
Picea
rank: genus
Phragmipedium
rank: genus
Lophophora
rank: genus
Astrophytum
rank: genus
Cypripedium
rank: genus
Masdevallia
rank: genus
Pseudotsuga
rank: genus
Coelia
rank: genus
Geohintonia
rank: genus
Echinocereus
rank: genus
Echinomastus
rank: genus
Plectrophora
rank: genus
Agave
rank: subgenus
Pinus
rank: subgenus
Littaea
rank: subgenus
Strobus
rank: subgenus
Agave (Agave) vizcainoensis
common name: maguey, maguey de El Vizcaíno rank: species
Yucca lacandonica
rank: species
Echeveria longissima
rank: species
Rhynchostele rossii
rank: species
Encyclia adenocaula
rank: species
Echeveria setosa
rank: species
Beschorneria calcicola
common name: ahuimo mixteco rank: species
Ephedra compacta
common name: canutillo, cañatilla, comida de víbora, pitamo real, retama real, sanguinaria, tepopote rank: species
Pinus (Pinus) attenuata
common name: pino rank: species
Eurystyles borealis
rank: species
Furcraea guatemalensis
common name: Ixtle, Ixte, Ixtla, Maguey verde, kima, Pita, Churr, ishté (Tojolabal), maguey, maguey cimarrón, ojoyó (Zoque) rank: species
Sedum tortuosum
rank: species
Lepanthes tenuiloba
rank: species
Oncidium suttonii
rank: species
Pinus (Pinus) contorta
common name: pino, pino de San Pedro Mártir rank: species
Agave (Littaea) striata
common name: Espadilla, estoquillo, maguey, maguey espadín, palmita, peinecillo rank: species
Manfreda nanchititlensis
common name: amole de Nanchititla rank: species
Rhynchostele aptera
rank: species
Manfreda guttata
rank: species
Agave (Littaea) chiapensis
common name: Dua ish-eh (maguey el papel), Napa, maguey, maguey chamula rank: species
Manfreda longiflora
rank: species
Galeoglossum thysanochilum
rank: species
Rhynchostele maculata
rank: species
Galeoglossum cactorum
rank: species
Podocarpus matudae
common name: cedro blanco, jarilla, lengua de pájaro, olivo, palmilla, palmillo, palmito, peinecillo, sabino rank: species
Furcraea pubescens
common name: wechi, Yú-gua, Yuwa, Maguey de pita, Mezcal de pita, Maguey de zopilote, Maguey rank: species
Echeveria derenbergii
rank: species
Rhynchostele cervantesii
common name: lirio, mariposa, tigrillo rank: species
Sobralia macdougallii
rank: species
Agave (Littaea) parviflora
common name: Tauta, amole, maguey, tauta rank: species
Abies hickelii
rank: species
Callitropsis lusitanica
common name: Cedro blanco, cedro, cedro blanco, cedro rojo, ciprés, pino, sabino, sësa'na (Mazahua), tatzcanti (Náhuatl), táscate rank: species
Mammillaria huitzilopochtli
common name: biznaga, biznaga del dios sol y guerra rank: species
Rhynchostele cordata
common name: manuelitos, odontoglossum acorazonado, tigrillas rank: species
Laelia superbiens
common name: candelaria de la vara larga, flor de la candelaria, laelia de San José, lirios, palo de águila, tanal rank: species
Beschorneria rigida
rank: species
Laelia speciosa
common name: itzamagua, Hierba de corpus, itzamagna, itzamaque, Orquídea, chichiltepetzacuxóchitl (Náhuatl), deuntzá (Otomí), flor de corpus, itzamacua (Tarasco), juritzquiri-tzitzica (Tarasco), lirio rank: species
Laelia anceps
common name: camote de San Diego, flor de todos los santos, lipa-nish-nopf-ni (Chontal de Oaxaca), lirio, tekxochitl (Náhuatl), tzicxóchitl (Náhuatl), vara de San Diego rank: species
Cumarinia odorata
common name: biznaga, biznaga olorosa, biznaga partida olorosa rank: species
Mormodes sotoana
rank: species
Rossioglossum splendens
common name: Orquidia rank: species
Graptopetalum macdougallii
rank: species
Ariocarpus kotschoubeyanus
common name: Pezuña de venado, biznaga maguey, biznaga maguey pata de venado, falso peyote, pata de venado, peyote, pezuña de venado rank: species
Agave (Littaea) titanota
common name: maguey, maguey del sol rank: species
Mammillaria crucigera
common name: biznaga con espinas en cruz, biznaguita rank: species
Corallorhiza striata
rank: species
Cyrtochiloides ochmatochila
common name: oncidium de abanico rank: species
Callitropsis forbesii
common name: ciprés, ciprés Guadalupe, ciprés brillante, ciprés de Tecate, ciprés negro rank: species
Oncidium oliganthum
rank: species
Bletia urbana
common name: chautle (Náhuatl) rank: species
Galeandra greenwoodiana
rank: species
Corallorhiza maculata
rank: species
Ariocarpus agavoides
common name: biznaga maguey pequeño, magueycito, magueyito rank: species
Sedum torulosum
rank: species
Prosthechea chondylobulbon
common name: Bik'tal ech', Orquidia, Orquídea, conchitas rank: species
Taxodium mucronatum
common name: ahuahuete, ahoehuetl (Náhuatl), ahuéhuetl (Náhuatl), cedro, chuche (Huasteco), ciprés, hauoli (Guarijío), jahuolí (Guarijío), jauolí (Guarijío), matéoco (Tarahumara), penhamu (Tarasco), penjamu (Tarasco), quitsincui (Zoque), sabino, t-nuyucul (Mixteco), tnuyucu (Mixteco), ya'ayitz (Zapoteco), yaga-chichicina (Zapoteco), yaga-guichi-cina (Zapoteco), yaga-quichi (Zapoteco), yaga-quichiciña (Zapoteco), yagachicina (Zapoteco), yucun-datura (Zapoteco), árbol de Sta. María del tule, árbol del tule rank: species
Prosthechea vitellina
common name: manuelitos, toalxóchitl (Náhuatl), uts pîj (Mixe) rank: species
Oncidium sotoanum
rank: species
Laelia crawshayana
common name: lirio rank: species
Ariocarpus trigonus
common name: biznaga maguey chautle, chaute, chautle (Náhuatl) rank: species
Echeveria coccinea
rank: species
Clowesia rosea
rank: species
Manfreda pubescens
rank: species
Papperitzia leiboldii
rank: species
Helleriella nicaraguensis
rank: species
Prosthechea citrina
common name: Orquidia amarilla, aróracua (Tarasco), azucena amarilla, costicoatexóchitl (Náhuatl), costictexóchitl (Náhuatl), orquídea hojas de cebolla, tatzingueni (Purépecha) rank: species
Echeveria kimnachii
rank: species
Pinus (Strobus) maximartinezii
common name: pino azul, pino, pino azul, piñonero de Zacatecas, piñón, piñón real rank: species
Sedum craigii
rank: species
Pseudogoodyera pseudogoodyeroides
rank: species
Ortegocactus macdougallii
common name: biznaga pistache de chico ortega rank: species
Trichopilia galeottiana
rank: species
Acharagma aguirreana
rank: species
Trichopilia tortilis
rank: species
Pinus (Pinus) radiata
common name: pino, pino de Monterrey, pino radiata rank: species
Galeoglossum tubulosum
common name: GuiÊe-zhÜb rank: species
Ariocarpus fissuratus
common name: biznaga peyotillo, chaute, chautle (Náhuatl), falso peyote, hikuli sunamé (Tarahumara), híkuli sunami (Tarahumara), peyote, peyote cimarrón, suname (Tarahumara), sunami (Tarahumara), tzuwiri (Tarahumara) rank: species
Vanilla parviflora
rank: species
Pinus (Strobus) johannis
common name: pino, pino piñonero, piñón rank: species
Juniperus deppeana
common name: aorí (Tarahumara), cedro, cedro blanco, cedro chino, cedro de incienso, ciprés, enebro, junípero, sabino, táscate rank: species
Echinocactus parryi
common name: barrilito, biznaga tonel del lago guzmán rank: species
Tacitus bellus
rank: species
Corallorhiza odontorhiza
rank: species
Juniperus monticola
common name: cedro, cedro blanco, cedro colorado, ciprés, enebro, enebro azul, sabino rank: species
Agave petrophila
common name: maguey rank: species
Lycaste crinita
common name: Orquidia rank: species
Mammillaria candida
common name: biznaga cabeza de viejo, biznaga de Ortiz-Rubio, bola de nieve, cabeza de viejo, viejita, viejito rank: species
Mammillaria sanchez-mejoradae
common name: biznaga de Sánchez-Mejorada, biznaguita rank: species
Pinus (Strobus) flexilis
common name: pino, pino enano, pino prieto, pino torcido rank: species
Agave (Littaea) guiengola
common name: maguey, maguey plateado rank: species
Prosthechea pseudopygmaea
rank: species
Agave (Littaea) polianthiflora
common name: maguey rank: species
Epidendrum parkinsonianum
common name: baros, lirio, lirio pata de gallo, lirio pata de paloma, pata de gallo, pata de paloma rank: species
Pelexia funckiana
rank: species
Echeveria amphoralis
rank: species
Echeveria elegans
rank: species
Epidendrum lowilliamsii
rank: species
Cuitlauzina pendula
common name: Flor de columpio, chorrito, cola de borrego, cuitlauzina perfumada, pozolillo, uts pîj (Mixe) rank: species
Manfreda potosina
common name: amole cenizo rank: species
Rossioglossum williamsianum
rank: species
Manfreda maculata
rank: species
Sigmatostalix mexicana
common name: sigmatostalix mexicano rank: species
Oncidium sphacelatum
common name: Santa Cruz, Xo: chit, K'anal zuch'uchjaz, Chorizo con huevo, Lluvia de oro, Torito, Parásita, anis nikte' (Español-Maya), flor de la santa cruz, flor de mayo, mayitos, zuch´ zuch´ jaz (Tseltal) rank: species
Polianthes graminifolia
common name: Azucena roja rank: species
Agave (Littaea) stricta
common name: Gallinita, maguey rank: species
Oncidium incurvum
common name: angelitos rank: species
Corallorhiza bulbosa
rank: species
Sedum suaveolens
rank: species
Picea chihuahuana
common name: pinabete, pinabete de Nuevo Léon, pinabete espinoso, pinabeto rank: species
Laelia furfuracea
common name: Ita nchaca, GuiEe-dzíl-màrpÖl-mórád, Gia tzii li, Gihtsl, flor de nochebuena, gihtsl (Mixteco), ita achaca (Mixteco), ita nchaca (Mixteco), ita ndeka morada (Mixteco), laelia de muertos, lirio de San Francisco, monja rank: species
Epidendrum dorsocarinatum
rank: species
Corallorhiza macrantha
rank: species
Oncidium suave
rank: species
Vanilla pompona
common name: platanillo, plátano vainilla, segne-xeute (Totonaco), vainilla, vainilla boba, vainilla pompona, vainillán, vainillón rank: species
Mormodes pardalinata
rank: species
Echeveria laui
rank: species
Manfreda variegata
common name: Puulik k'oyol rank: species
Phragmipedium exstaminodium
common name: tanal de bigotes rank: species
Yucca carnerosana
common name: Palma samandoca, palma, palma barreta, palma de San José, palma de San Pedro, palma de ixtle, palma loca, yuca rank: species
Lophophora williamsii
common name: bacánoc (Tarahumara), beyo (Otomí), biznaga, botones de mescal, camaba (Tepehuano del sur), chice (Cora), chíeé (Cora), curi (Cora), el capullo, el resplandeciente, hicori (Huichol), hicouri (Tarahumara), hikule waname (Huichol), hikuli (Huichol), hikuli walula saeliami (Huichol), ho (Mescalero-Chiricahua Apache), houanamé (Tarahumara), huanamé (Tarahumara), huatari (Cora), hícore (Huichol), hículi, hícuri (Huichol), híkoli (Tarahumara), híkori (Tarahumara), híkuli (Tarahumara), híkuli huanamé (Tarahumara), híkuli walúla (Tarahumara), icuri (Cora), jicore (Huichol), jicori (Huichol), jicule (Huichol), jiculi (Huichol), jiculi huanamé (Tarahumara), jicure (Huichol), jicuri (Huichol), jicurite (Huichol), jikuhl sik (Tepehuano del sur), joutouri (Tarahumara), jícoe, jícoli (Tarahumara), jícori, jíkuli (Tarahumara), jíkuri (Tarahumara), kamaba (Tepehuano del sur), kamba (Tepehuano del sur), meca, mezcal, pejote, pellote, peote, peyori, peyot, peyote, peyote seni, peyotl (Náhuatl), peyule, peyull, pezote, piote, piotl, piule, raíz diabólica, rhaitoumuanitari-hikuri (Huichol), saelíami (Tarahumara), señi, tuna de tierra, tzinouritehua-hikuri (Huichol), venado divino, xicora (Huichol), xicori (Huichol) rank: species
Pinus (Strobus) remota
common name: Piñonero, pino, piñón de Catarina rank: species
Mormodes luxata
rank: species
Astrophytum caput-medusae
common name: medusa rank: species
Cypripedium irapeanum
common name: flor de calavera, flor del pelícano, pichahuastle (Náhuatl), pichehuastle (Náhuatl), pipixihuatli (Náhuatl), pisahuastle (Náhuatl) rank: species
Echeveria globulosa
rank: species
Abies vejarii
common name: Oyamel blanco rank: species
Yucca mixtecana
rank: species
Prosthechea cochleata
common name: Pulpitos, Ubojo tz'ura, Uch uch j'a, Zuch' zack, Orquídea, araña, conchita, flor de concha, lirio, pulpito rank: species
Lycaste aromatica
common name: K'anal uch0uch'ja, K'anal uchuchjal, canela, canela ornamental, canelita, flor de canela, torito rank: species
Pinus (Strobus) quadrifolia
common name: pino, pino piñonero, piñonero, piñón, piñón bueno, piñón de California rank: species
Masdevallia tuerckheimii
rank: species
Clowesia thylaciochila
rank: species
Epidendrum raniferum
common name: lluvia de estrellas rank: species
Furcraea parmentieri
common name: Tacamba, Shiri grande, Sisi, shisi, Yucca rank: species
Agave (Agave) lurida
rank: species
Pseudotsuga menziesii
common name: abeto, abeto Douglas, acahuite, cahuite, falso abeto, hayarín, hayarín colorado, oyamel, oyamel colorado, oyamel de barranca, pinabete, romerillo rank: species
Coelia macrostachya
rank: species
Oncidium pollardii
rank: species
Oncidium poikilostalix
rank: species
Graptopetalum saxifragoides
rank: species
Eurystyles auriculata
rank: species
Sedum frutescens
common name: siempreviva rank: species
Galeandra batemanii
rank: species
Coelia densiflora
rank: species
Geohintonia mexicana
common name: biznaga del yeso rank: species
Graptopetalum grande
rank: species
Mormodes nagelii
rank: species
Cypripedium molle
common name: Zapatilla de mujer, pie de camaleón rank: species
Sedum platyphyllum
rank: species
Echinocereus delaetii
common name: alicoche viejo chaparro, viejito rank: species
Echeveria purpusiorum
rank: species
Echinomastus unguispinus
common name: biznaga, biznaga bola de espinas de garra, nido de pájaro rank: species
Agave (Littaea) dasylirioides
common name: Guishiote, Cola de borrego, Cucharilla, maguey, maguey intrépido rank: species
Echeveria secunda
common name: Conchita, Oreja de ratón rank: species
Prosthechea brassavolae
rank: species
Echeveria shaviana
rank: species
Oncidium ornithorhynchum
common name: Chaparrera, Orquídea rank: species
Beschorneria tubiflora
common name: Lirio de monte rank: species
Helleriella guerrerensis
rank: species
Phragmipedium humboldtii
rank: species
Prosthechea karwinskii
common name: Ita nchaca cúan, Cebolla, Monjita amarilla, ita ndeka (Mixteco), orquídea hojas de cebolla rank: species
Plectrophora alata
rank: species
Graptopetalum fruticosum
rank: species
Echeveria moranii
rank: species
Echeveria setosa var. deminuta
rank: infraspecificname
Echeveria setosa var. minor
rank: infraspecificname
Pinus (Pinus) contorta var. murrayana
rank: infraspecificname
Echeveria setosa var. oteroi
rank: infraspecificname

Geographic Coverages

País: BRASIL (SAO PAULO) País: EL SALVADOR (CHALATENANGO, SANTA ANA, SONSONATE) País: ESTADOS UNIDOS DE AMERICA (OREGON) País: GUATEMALA (ALTA VERAPAZ, GUATEMALA, SONSONATE) País: MEXICO (, AGUASCALIENTES, BAJA CALIFORNIA, BAJA CALIFORNIA SUR, CHIAPAS, CHIHUAHUA, COAHUILA DE ZARAGOZA, COLIMA, DISTRITO FEDERAL, DURANGO, GUANAJUATO, GUERRERO, HIDALGO, JALISCO, MEXICO, MICHOACAN DE OCAMPO, MORELOS, NAYARIT, NUEVO LEON, OAXACA, PUEBLA, QUERETARO, SAN LUIS POTOSI, SINALOA, SONORA, TAMAULIPAS, TLAXCALA, VERACRUZ DE IGNACIO DE LA LLAVE, ZACATECAS)

Bibliographic Citations

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position: Responsable
Universidad Nacional Autónoma de México Instituto de Biología
Cto. Zona Deportiva s/n Col. Ciudad Universitaria
de México
04510
Distrito Federal
MX
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email: dgernandt@ib.unam.mx

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