Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Citation
González M, Paz A (2021). Códigos de barras de ADN del marcador COI de aves y tejidos de la colección del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. Version 1.2. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. Occurrence dataset https://doi.org/10.15472/blkufs accessed via GBIF.org on 2024-10-06.Description
Este recurso contiene la información asociada a 291 secuencias código de barras (gen COI, región barcode), para aves que se encuentran principalmente en la colección de ornitología del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt y cuyos tejidos (musculo, hígado etc.) se encuentran en la colección de tejidos del mismo instituto. La extracción y amplificación del ADN fue realizada en el laboratorio de biología molecular del Instituto Humboldt usando cebadores estándar y la secuenciación se realizó en la Universidad de los Andes y en la empresa Macrogen (Corea). Todos los especímenes fueron fotografiados y las fotos se encuentran en la base de datos de boldsystems.org.Purpose
Generar los códigos de barras de ADN de las aves de la colección de tejidos del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von HumboldtSampling Description
Study Extent
Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.Sampling
Los tejidos utilizados provienen de aves de la colección de ornitología de Villa de Leyva. Algunos de estos tejidos fueron tomados en campo (músculo, hígado, corazón) previo a la prepración de loes especimenes otros fueron tomados de las patas de los especimenes ya preparados en el museo.Quality Control
Las secuencias fueron limpiadas usando el software Geneious y solo se guardaron las secuencias que tenían mínimo un electroferograma de calidad media o alta Ajuste de vocabularios controlados en: Elementos de registros: basisOfRecord, type y collectionID de acuerdo a la naturaleza de los datos; Elementos geográficos: stateProvince, county y municipality;Method steps
- Extracción de ADN: Mediante uso de un protocolo para extracción con columnas (modificado del CBOL)
- Amplificación de COI: La amplificación se realizó usando protocolos y cebadores estándar para códigos de barras de aves. (Cebadores FalcoFA y VR1)
- Secuenciación de COI: La secuenciación se realizó mediante metodología Sanger en la Universidad de los Andes usando los cebadores FalcoFA y VR1
- Limpieza y ensamblaje de secuencias: Las secuencias se limpiaron y ensamblaron usando el programa Geneious
- En la versión 4 del conjunto de datos se eliminaron las siguientes muestras: Al no haber secuencia disponible: IAvH-CT-11233, IAvH-CT-13073, IAvH-CT-1872, IAvH-CT-2418, IAvH-CT-508, IAvH-CT-7518, IAvH-CT-757, IAvH-CT-7938, IAvH-CT-822.// Al no corresponder la secuencia con la especie (posible contaminación): IAvH-CT-13118, IAvH-CT-14626, IAvH-CT-14631, IAvH-CT-2389, IAvH-CT-2424, IAvH-CT-2434, IAvH-CT-2496, IAvH-CT-2555, IAvH-CT-5339, IAvH-CT-96.
Additional info
Asociado al recurso, se incorporó dentro de la Infraestructura Institucional de Datos del Instituto Humboldt, las secuencias en formato .fasTaxonomic Coverages
Las secuencias cubren 8 órdenes de aves. Apodiformes (100 especies, 189 especímenes), Ciconiiformes (6 especies, 7 especímenes) ,Falconiformes (6 especies, 7 especímenes), Passeriformes (4 especies, 5 especímenes), Piciformes (1 especie, 1 especímen), Psittaciformes (35 especies, 68 especímenes), Strigiformes (7 especies, 13 especímenes), Anseriformes (1 especie, 1 especímen).
-
Apodiformesrank: order
-
Psittaciformesrank: order
-
Strigiformesrank: order
-
Falconiformesrank: order
-
Passeriformesrank: order
-
Anseriformesrank: order
-
Ciconiiformesrank: order
-
Piciformesrank: order
Geographic Coverages
Las secuencias de este recurso corresponden a aves que fueron colectadas a lo largo y ancho del territorio nacional.
Bibliographic Citations
- Hebert P, Cywinska A, Ball S, deWaard J (2003) Biological identifications through DNA barcodes. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, 313–321. - http://dx.doi.org/10.1098/rspb.2002.2218
- Hebert P, Ratnasingham S, de Waard JR (2003) Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. Proceedings of the Royal Society of London. Series B: Biological Sciences, 270, S96–S99. - http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/270/Suppl_1/S96.abstractN2%20-%20With%20millions%20of%20species%20and%20their%20life-stage%20transformations,%20the%20animal%20kingdom%20provides%20a%20challenging%20target%20for%20taxonomy.%20Recent%20work%20has%20suggested%20that%20a%20DNA-based%20identification%20system,%20founded%20on%20the%20mitochondrial%20gene,%20cytochrome%20c%20oxidase%20subunit%201%20(COI),%20can%20aid%20the%20resolution%20of%20this%20diversity.%20While%20past%20work%20has%20validated%20the%20ability%20of%20COI%20sequences%20to%20diagnose%20species%20in%20certain%20taxonomic%20groups,%20the%20prese
Contacts
Mailyn Gonzálezoriginator
position: Investigador Titular
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Calle 28A #15-09
Bogotá, D.C.
111311.0
Bogotá, D.C.
CO
Telephone: (571)3202767
email: magonzalez@humboldt.org.co
homepage: http://www.humboldt.org.co
Andrea Paz
metadata author
position: Investigador Asistente
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Calle 28A #15-09
Bogotá, D.C.
111311.0
Bogotá, D.C.
CO
Telephone: (571)3202767
email: apaz@humboldt.org.co
homepage: http://www.humboldt.org.co
Infraestructura Institucional de Datos
custodian steward
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Calle 28A #15-09
Bogotá, D.C.
Bogotá, D.C.
CO
Telephone: (571)3202767
email: i2d@humboldt.org.co
homepage: http://humboldt.org.co
Ángela María Mendoza Henao
content provider
position: Investigadora Asistente I
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Km17 Recta Cali-Palmita- CIAT
Palmira
Valle del Cauca
CO
Telephone: (57-2)4450174
email: amendoza@humboldt.org.co
homepage: http://humboldt.org.co
Mailyn González
administrative point of contact
position: Investigador Titular
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt
Calle 28A #15-09
Bogotá, D.C.
111311.0
Bogotá, D.C.
CO
Telephone: (571)3202767
email: magonzalez@humboldt.org.co
homepage: http://www.humboldt.org.co