Lista de especies asociadas a Páramos…

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Summary

Full Title

Lista de especies asociadas a Páramos y Humedales de Colombia

Description

El presente recurso contiene 9383 registros de géneros, especies, subespecies, variedades y formas de los reinos Animalia, Plantae y Fungi asociados a páramos y humedales de Colombia. Por el momento, los datos han sido recopilados de las Colecciones Científicas en Línea del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia, el IPT del Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics de la Universidad de Amsterdam y el Instituto Alexander von Humboldt. La obtención de los nombres se baso en la presencia de la palabra "páramo" y términos relacionadas a "humedal" en la localidad reportada para los registros. Este recurso se encuentra en constante actualización y pretende ser una guía de consulta de las especies presentes en páramos y humedales en el país una vez se logren acuerdos con los expertos de cada grupo biológico.

Temporal coverages

Date range: Sep 10, 2013 - Sep 10, 2013

Language of Data

 

Administrative contact
Sistema de Información Sobre Biodiversidad de Colombia
SiB Colombia Calle 28A No. 15-09 Bogotá, D.C. Colombia 3202767
Metadata author
Sistema de Información Sobre Biodiversidad de Colombia
SiB Colombia Calle 28A No. 15-09 Bogotá, D.C. Colombia 3202767
Originator
Sistema de Información Sobre Biodiversidad de Colombia
SiB Colombia Calle 28A No. 15-09 Bogotá, D.C. Colombia 3202767

Published by

Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia - SiB

Publication Date

Jan 16, 2015

Registration Date

Oct 17, 2013

Served by

Datos sobre Biodiversidad de Colombia

External Data

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Description

El recurso pretende abarcar todo el territorio continental colombiano donde se registren especies asociadas a páramos y humedales presentes en el país.

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Other Contacts

Content provider
IBED
Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics University of Amsterdam Amsterdam Netherlands
Content provider
ICN
Instituto de Ciencias Naturales - Universidad Nacional de Colombia Bogotá Colombia
Content provider
UPTC
Universidad Pedagógica y Tecnológica de Colombia Tunja Colombia
Content provider
UCO
Universidad Católica de Oriente Medellín Colombia
Content provider
CIAT
Centro Internacional de Agricultura Tropical Colombia
Content provider
SDA
Secretaria Distrital de Ambiente: Ambiente Bogotá Bogotá Colombia
Content provider
IAvH
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Bogotá Colombia
Content provider
RNOA
Red Nacional de Observadores de Aves Colombia
Content provider
CDMB
Corporación Autonoma Regional para la Defensa de la Meseta de Bucaramanga Bucaramanga Colombia
Content provider
SINCHI
Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas Bogotá Colombia
Content provider
IIAP
Instituto de Investigaciones Ambientales del Pacífico Chocó Colombia
Content provider
UDEA
Universidad de Antioquia Medellín Colombia
Content provider
UDENAR
Universidad de Nariño Pasto Colombia
Content provider
La Salle
Universidad de la Salle Bogotá Colombia
Content provider
UNIVALLE
Universidad del Valle Cali Colombia
Content provider
Fundación ALMA
Fundación ALMA Bogotá Colombia
Content provider
CORANTIOQUIA
Corporación Autónoma Regional del Centro de Antioquia Medellín
Editor
SiB Colombia
Sistema de Informacion Sobre Biodiversidad de Colombia Calle 28A No. 15-09 BOGOTÁ, D.C. Colombia 3202767
Administrative contact
Brigitte L.G Baptiste Ballera

Taxonomic Coverage

Reino Fungi : 3 clases de 11 ordenes que abarcan 21 familias. De los 107 registros 2 corresponden a variedad, 3 a subespecie,76 corresponden a especie, 24 a género y 2 a familia.

ORDER
Lecanorales, Teloschistales, Baeomycetales, Pertusariales, Agaricales, Polyporales, Ostropales, Peltigerales, Lecideales, Trypetheliales, Umbilicariales

Reino Plantae: 109 ordenes que abarcan 250 familias. De los 2182 registros 40 corresponden a variedad, 66 a subespecie,1738 corresponden a especie, 364 a género y 42 a familia.

ORDER
Asparagales, Malpighiales, Fabales, Rosales, Scrophulariales, Malvales, Asterales, Poales, Bryales, Myrtales, Solanales, Hypnales, Schizaeales, Jungermanniales, Hookeriales, Polypodiales, Lamiales, Santalales, Laurales, Arecales, Sapindales, Fagales, Cyatheales, Caryophyllales, Orthotrichales, Ericales, Andreaeales, Metzgeriales, Alismatales, Apiales, Rubiales, Primulales, Gentianales, Dicranales, Pottiales, Violales, Ranunculales, Porellales, Seligerales, Papaverales, Liliales, Ophioglossales, Capparales, Leucodontales, Callitrichales, Dipsacales, Campanulales, Theales, Bartramiales, Cucurbitales, Boraginales, Bruniales, Dioscoreales, Brassicales, Magnoliales, Marchantiales, Commelinales, Funariales, Equisetales, Escalloniaceae, Fissidentales, Fossombroniales, Geraniales, Gleicheniales, Grimmiales, Haloragales, Piperales, Lycopodiales, Celastrales, Isoetales, Pallaviciniales, Saxifragales, Polygalales, Myricales, Polygonales, Pelliales, Urticales, Zingiberales, Pinales, Archidiales, Polytrichales, Isobryales, Proteales, Selaginellales, Sphagnales, Ebenales, Hymenophyllales, Crossosomatales, Oxalidales

Clase Aves: 20 ordenes que abarcan 71 familias. De los 840 registros 120 corresponden a subespecie y 720 a especie.

FAMILY
Cracidae, Accipitridae, Rhinocryptidae, Scolopacidae, Trochilidae, Apodidae, Ardeidae, Tyrannidae, Rallidae, Psittacidae, Anatidae, Icteridae, Cotingidae, Furnariidae, Ramphastidae, Anhimidae, Anhingidae, Thraupidae, Laridae, Motacillidae, Caprimulgidae, Aramidae, Emberizidae, Strigidae, Hirundinidae, Parulidae, Burhinidae, Procellariidae, Picidae, Falconidae, Fringillidae, Ciconiidae, Turdidae, Threskiornithidae, Thamnophilidae, Formicariidae, Charadriidae, Alcedinidae, Cinclidae, Troglodytidae, Cuculidae, Corvidae, Vireonidae, Alaudidae, Eurypygidae, Fregatidae, Hydrobatidae, Columbidae, Formicidae, Bucconidae, Heliornithidae, Jacanidae, Mimidae, Momotidae, Tinamidae, Nyctibiidae, Odontophoridae, Pelecanidae, Phaethontidae, Phalacrocoracidae, Trogonidae, Cardinalidae, Diomedeidae, Phoenicopteridae, Podicipedidae, Spheniscidae, Steatornithidae, Stercorariidae, Sulidae, Tytonidae, Pipridae

Clase Actinopterygii: una familia del orden de los Siluriformes. Solo se encuentra documentada, por el momento, la especie Trichomycterus bogotensis

FAMILY
Trichomycteridae

Clase Gastropoda: 3 ordenes que abarcan 7 familias. De los 9 registros 5 corresponden a género y 4 a especie.

FAMILY
Limacidae, Bulimulidae, Rhytidoidea, Milacidae, Physidae, Orthalicoidea, Ampullariidae

Clase Insecta: seis ordenes que abarcan 18 familias. De los 36 registros uno corresponde a subespecie, 20 a especie y 15 a género.

FAMILY
Aeshnidae, Nymphalidae, Scarabaeidae, Braconidae, Apidae, Cerambycidae, Carabidae, Libellulidae, Simuliidae, Formicidae, Cicadellidae, Membracidae, Sarcophagidae, Corixidae, Syrphidae, Vespidae, Saturniidae, Phengodidae

Clase Amphibia: tres ordenes que abarcan nueve familias. De los 37 registros 30 corresponden a especie y siete a género.

FAMILY
Bufonidae, Plethodontidae, Caeciliidae, Centrolenidae, Dendrobatidae, Eleutherodactylidae, Hemiphractidae, Hylidae, Strabomantidae

Clase Mammalia: siete ordenes que abarcan 10 familias. De los 18 registros 15 corresponden a especie y tres a género.

FAMILY
Muridae, Phyllostomidae, Caviidae, Soricidae, Cuniculidae, Didelphidae, Vespertilionidae, Cervidae, Procyonidae, Leporidae

Clase Reptilia: seis familias del orden Squamata. De los 11 registros nueve corresponden a especie y dos a género.

FAMILY
Teiidae, iguanidae, Colubridae, Dactyloidae, Gymnophthalmidae, Tropiduridae

Convenio No. 13-014 entre el Fondo de Adaptación y Instituto Humboldt

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Design description

Aunar esfuerzos económicos, técnicos y administrativos entre el Fondo de Adaptación y el Instituto Humboldt para elaborar los insumos técnicos y una recomendación para la delimitación, por parte del Ministerio de Medio Ambiente de los ecosistemas estratégicos priorizados (páramos y humedales) en el marco del convenio No. 008 de 2012 (cuencas hidrográficas afectadas por el Fenómeno de la Niña 2010-2011).

Funding

El Fondo de Adaptación creado a partir del Decreto 4819 del 29 de diciembre de 2010, cuyo objeto es la recuperación, construcción y reconstrucción delas zonas afectadas por el fenómeno de La Niña con personería jurídica, autonomía presupuestal y Financiera adscrito al Ministerio de Hacienda y Crédito Público.

Project Personnel

Administrative contact
Brigitte L.G Baptiste Ballera

Methodology

Study extent

El área que intenta abarcar este recurso incluye nombres de taxa asociados a los páramos y humedales de Colombia que alberguen o contengan localidades con información relacionada a estos ecosistemas o ambientes.

Sampling description

1) SELECCIÓN DE FUENTES DE INFORMACIÓN Páginas web de acceso libre y herramientas libres en línea o de escritorio. 2) DEFINICIÓN DE ELEMENTOS DE ALCANCE DEL ESTÁNDAR DwC Se establece a partir de la información requerida y obtenida de las fuentes para construir la lista asociada de especies. Se definen de acuerdo al estándar Darwin Core para publicación de datos biológicos. 3) RECUPERACIÓN DE INFORMACIÓN Captura, extracción y descarga de datos. La extracción de datos en el caso de las colecciones en línea del ICN se realiza con la herramienta import.io, la cual permite recuperar los datos a partir de una página web y plasmarla en un formato a manera de tabla u hoja de cálculo como en MS Excel. 4) ESTRUCTURACIÓN DE LOS DATOS - ESTÁNDAR DwC Este estándar nos permitirá consolidar la información a través de los elementos Darwin Core de manera ordenada y estructurada. Se empleará MS Excel para consolidar, filtrar y editar la información a ajustarse en el estándar DwC, al igual que la herramienta Open refine. Esta última permite editar los datos almacenados en tablas de manera sencilla ofreciendo filtrar y corregir errores e inconsistencias en ellos de manera más rápida y en algunos casos más efectiva que MS Excel. Estas dos últimas herramientas mencionadas son fundamentales y complementarias a lo largo de todo el proceso de estructuración y validación de la información. 5) VALIDACIÓN DE LOS DATOS - ESTÁNDAR DwC Ajuste de inconsistencias, espacios, corrección de ortografía, validación de taxonomía y nombres científicos, validación de división político administrativa, entre otros. Se emplea MS Excel, Open Refine y páginas web para verificar la taxonomía de las especies y generar igualmente las categorías de los taxa. 6) CONSOLIDACIÓN DE LA INFORMACIÓN Al almacenar, estructurar y validar toda la información proveniente de distintas fuentes de datos se genera un archivo consolidado que será el que se almacene finalmente en este recurso. 7) ACTUALIZACIÓN DEL RECURSO Se espera que este recurso sea actualizado periódicamente, contrastando la lista existente con los nuevos registros que se encuentren a través de los distintos recursos de información biológica para Colombia. 8) PERSPECTIVAS A largo plazo se busca vincular a autoridades taxonómicas en el país que den cuenta de la validez en los datos sobre las especies documentadas en esta lista para que los datos de cada taxa cuenten con mayor soporte científico.

Quality control

Las herramientas usadas para la realización de los pasos metodológicos y la depuración de los datos se listan a continuación: 1- Software: Open Refine (https://code.google.com/p/google-refine), 2- Microsoft Excel 3- Import.io (http://import.io/) 4- Portales Web: a) DIVIPOLA DANE (http://190.25.231.237/dvpbuscar/dvpbuscar.html) . b) Servicios de reconciliación a través de OpenRefine: EOL (http://iphylo.org/~rpage/phyloinformatics/services/reconciliation_eol.php), NCBI taxonomy (http://iphylo.org/~rpage/phyloinformatics/services/reconciliation_ncbi.php), uBio FindIT (http://iphylo.org/~rpage/phyloinformatics/services/reconciliation_ubio.php).WORMS (http://iphylo.org/~rpage/phyloinformatics/services/reconciliation_worms.php), GBIF (http://iphylo.org/~rpage/phyloinformatics/services/reconciliation_gbif.php). c) Servicio de Resolución taxonómica LSID del SiB Colombia (basado en el listado de especies de Catalogue of Life, 2012) d) iPlant e) Plant List f) IPNI g) Encyclopedia of Life h) Catalogue of Life

Method Steps

  1. 1) SELECCIÓN DE FUENTES DE INFORMACIÓN La selección de fuentes de información se estableció teniendo en cuenta que fueran recursos confiables, que permitieran recuperar la mayor cantidad de información referente a estos datos y que fueran datos de acceso libre. En este sentido los recursos seleccionados fueron: (a) Colecciones en línea del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia. En línea: http://www.biovirtual.unal.edu.co/ICN/ (b) IPT del Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics, University of Amsterdam. En línea: http://ipt.ibed.uva.nl/ (c) Portal de datos del SiB-Colombia. En línea: http://data.sibcolombia.net/busqueda/ (consulta espacial) (d) Datos provenientes de los IPT's alojados en el SiB-Colombia (búsqueda interna en el sistema)
  2. 2) DEFINICIÓN DE ELEMENTOS DE ALCANCE DEL ESTÁNDAR DwC Se establece que los elementos DwC que debe presentar cada especie son: taxonID: Identificador único para el conjunto de información nomenclatural y taxonómica scientificName: El nombre del taxón (con información de autoría y fecha si aplica). kingdom: El nombre científico completo del reino al que pertenece el taxón. phylum: El nombre científico completo del filo o división al que pertenece el taxón. class: El nombre científico completo de la clase al que pertenece el taxón. order: El nombre científico completo del orden al que pertenece el taxón. family: El nombre científico completo de la familia al que pertenece el taxón. genus: El nombre científico completo del género al que pertenece el taxón. specificEpithet: El nombre del epíteto específico de Nombre científico. infraspecificEpithet: El nombre con la categoría de taxón más baja o más especifica por debajo del epíteto específico (parte terminal del nombre), excluyendo cualquier otra denominación de categoría. taxonRank: La clasificación taxonómica del nombre más específico en el Nombre científico. Se recomienda el uso del vocabulario controlado Categoría del Taxón scientificNameAuthorship: La información de autoría del Nombre científico formateado de acuerdo a las convenciones del Código nomenclatural aplicable. locationID: Un identificador para el area en la que se documentó el taxón (los datos asociados a Ubicación) locality: El nombre textual del área en la que se documentó el taxón occurrenceRemarks: Comentarios o notas sobre el taxón o nombre. Para este caso el comentario dará cuenta si la especie se asocia a un “Páramo” o un “Humedal”
  3. 3) RECUPERACIÓN DE INFORMACIÓN La recuperación de datos a través de estos recursos se realiza de manera particular dependiendo la complejidad para extraer la información alojada de cada uno. En ocasiones se emplean los mismos métodos y por lo tanto los que se puedan escalar a diferentes recursos solo se explicaran una vez.
  4. 3-a) Colecciones en línea del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia 1. Buscar en http://www.biovirtual.unal.edu.co/ICN/ 2. Filtrar según categoría taxonómica Aves, Anfibios, Herbario, Invertebrados, Mamíferos, Peces y Reptiles. De aquí en adelante se realizaran los mismos pasos para cada una de las categorías taxonómicas. 3. Ir a Búsqueda avanzada y en la caja de búsqueda de Localidad poner la palabra clave “humedal” o “paramo” (en este caso se omite la tilde). Finalmente dar clic en Buscar 4. Dependiendo el grupo taxonómico y la palabra ingresada en Localidad van a aparecer un número X de registros de especies que se encuentran asociadas a este tipo de localidades (pueden aparecer pocos, muchos o ninguno, esto depende de la cantidad de información recopilada en esta página). Cada resultado se muestra en una ventana emergente nueva. 5. Dicha ventana emergente presenta una dirección web en la parte superior que será la que empleamos para extraer la información con la herramienta Import-io. Import-io 1. Empleamos la opción Crawler en la cual se pueden obtener datos a partir de múltiples páginas similares dentro del mismo website. 2. Copiamos la URL obtenida de la búsqueda realizada en la página web del ICN y damos inicio a la extracción de información a través de la opción Crawler. 3. Continuamos dando clic en “I’m there” y luego en “Detect optimal settings” 4. La herramienta selecciona automáticamente el área de la página web donde se encuentran almacenados los datos, si estamos de acuerdo con que el área resaltada corresponde al lugar de donde deseamos extraer los datos damos clic en “yes”. 5. Seleccionamos la opción “Multiple” 6. El puntero del mouse, sobre la página web toma forma de cruz para que en este caso seleccionemos uno de los registros de donde queremos extraer información. 7. Luego de seleccionar la primera región del registro de la página web damos clic en “Train rows”, luego seleccionamos el segundo registro (consecutivo al anterior) y damos nuevamente clic en “Train rows”. 8. Damos clic en “I’ve gota ll 10 rows!” (en este caso selecciona 10 filas porque es la cantidad de registros que por defecto arroja el sitio del ICN por página). 9. Luego clic en “+ Add column” y pongo un nombre para el encabezado de la columna que va a quedar con la información (en este caso la dejo como tipo texto). 10. Nuevamente se selecciona la primera región del registro de la página web y se da clic en “Train”. La herramienta determina y fija el área de donde va a extraer la información de ahí en adelante. 11. Clic en “I’ve got what I need!” para finalizar la extracción de información de esta página (la número 1). 12. Para continuar con la extracción y que la herramienta realice este procedimiento automáticamente doy clic en “Add another page”, me dirijo a la página 2 y doy clic en “I´m there”. 13. Se realiza el procedimiento de extracción hasta la página 5, de ahí en adelante el programa automatiza la extracción hasta el registro número 1000 aproximadamente. Debido a lo anterior cuando los resultados superan los 1000 registros se debe tener en cuenta la última página de la que se realizó la extracción para iniciar la siguiente búsqueda a partir de dicha página. 14. Para automatizar la extracción se selecciona “I’m done training” y luego “Upload to import io”. Allí se escribe el nombre que queramos para el archivo “crawler” que se almacenará en Import io. Y luego “Run crawler” 15. Allí nos abre la tabla con el nombre que creamos y le damos “Go” para que comience a extraer la información en la tabla creada. Este proceso puede tardar varios minutos de acuerdo a la cantidad de registros. 16. En el menú superior de la tabla vemos el tiempo estimado de ejecución de la herramienta, cantidad de páginas por hora, cantidad de filas que se van extrayendo, etc. En cualquier momento se puede detener la extracción con el botón “Stop”. 17. Luego de finalizada la extracción de información en la tabla damos clic en “Upload data” y se abre finalmente la tabla con los registro extraídos. Esta tabla se visualiza dentro del software de escritorio de import io. 18. Para extraer la información de import io en el menú superior de la tabla aparece “Download” y aparecen 4 opciones de descarga entre ellas Excel, que será la que seleccionamos. 19. Seleccionar el lugar dentro del equipo para guardar el archivo, asignar nombre y dar clic en “Guardar”. 20. La tabla en Excel guardada desde import io presenta siete columnas (Input, Result Number, Widget, Data Origin, Result Row, Source Page URL y la ), la última de ellas contiene nuestra información de interés. Se sugiere así tomar solo esta columna y pegarla en otro documento nuevo de Excel para trabajar solo con los datos de interés. Si la información extraída solo constituye una parte de la totalidad de registros del taxón seleccionado se recomienda realizar primero todo este proceso de extracción hasta llegar al último registro y consolidar todos los registros en el nuevo archivo Excel mencionado anteriormente. *en el caso de taxa como por ejemplo plantas, donde en el caso de la búsqueda de “paramo” recupera casi de 35000 registros este proceso de extracción puede tomar bastante tiempo teniendo en cuenta que , como se mencionó previamente, la herramienta extrae máximo hasta 1000 registros aproximadamente en una sola tanda.
  5. 3-b) Se accede al IPT de IBED (http://ipt.ibed.uva.nl/) de la Universidad de Amsterdam (Holanda) donde se encuentran 15 recursos con datos recopilados sobre especies asociadas a páramos de Colombia: 1. Se accede a cada uno de los IPT’s y se descarga el archivo DwC en el que se encuentra estructurada la información de cada recurso. 2. El archivo .zip presenta 3 archivos: eml, meta y ocurrence. Este último es un archivo de texto que contiene toda la información de registros de especies. 3. En MS Excel importamos el archivo de texto verificando que el origen del archivo quede con la codificación 65001: Unicode (UTF-8) (para reconocer caracteres en español), que la separación de las columnas sea por tabulación y que el formato de todas las columnas sea en “Texto”. 4. Habiendo importado la información identificamos y dejamos únicamente los elementos del estándar DwC que necesitamos (ver DEFINICIÓN DE ELEMENTOS DE ALCANCE DEL ESTÁNDAR DwC) borramos las columnas restantes. 5. Seleccionamos todas las columnas y quitamos los duplicados para que solo resulten valores únicos (en este caso especies asociadas a determinadas localidades). Igualmente se eliminan los registros que no pertenezcan a páramos de Colombia. 6. Las especies resultantes se contrastarán al final para no generar redundancia de información en el archivo final, teniendo en cuenta la multiplicidad de recursos de información de donde se han recopilado los datos.
  6. 3-c) Vale aclarar inicialmente que esta búsqueda nos ayudará por ahora con la recuperación de datos únicamente sobre páramos de Colombia ya que son zonas que se encuentran delimitadas espacialmente en el explorador geográfico del portal. Se accede a la búsqueda avanzada del portal del SiB-Colombia http://data.sibcolombia.net/busqueda/: 1. En el menú “AGREGAR EL FILTRO DE BÚSQUEDA” seleccionamos la opción Geoespacial “Páramo” y en el filtro más específico dejamos la opción “Cualquier Páramo”, ya que vamos a recuperar la información de registros de las especies que estando georreferenciadas se encuentran ubicadas dentro de uno de las entidades espaciales establecidas como páramo. 2. En “SU BÚSQUEDA ACTUAL” podemos ver el filtro de información realizado, damos clic en “Búsqueda” 3. En “ACCIONES” – Descargar seleccionamos “Resultados en una hoja de cálculo. En opciones de formato descargamos el archivo como delimitado por tabuladores (para no tener límite con la cantidad de registros devueltos). Luego seleccionamos solo los campos de Conjunto de datos, Taxonomía y Geoespacial que se emplearan en esta lista (ver DEFINICIÓN DE ELEMENTOS DE ALCANCE DEL ESTÁNDAR DwC). 4. Repetimos los pasos 2 a 6 del numeral 2-b) para compilar la información en un archivo MS Excel.
  7. 3-d) Esta información se obtiene a partir de todos los IPT’s alojados en el portal del SiB-Colombia. 1. Se realizó una solicitud al grupo de Infraestructura Informática del SiB – Colombia para obtener todos los registros albergados en los IPT’s asociados a páramos o humedales. 2. El grupo de Infraestructura Informática del SiB – Colombia realiza una consulta SQL a través de la base de datos completa de registros buscando las palabras “paramo” y también “humedal” en el campo Localidad de todos los registros almacenados. 3. Los registros resultantes de esta búsqueda se entregan al equipo de Interoperabilidad en una base de datos en Excel que presenta un total de 39364 registros y contiene todos los campos necesarios para esta lista (ver DEFINICIÓN DE ELEMENTOS DE ALCANCE DEL ESTÁNDAR DwC). Adicionalmente se solicita incluir 2 columnas adicionales el origen de la información obtenida (IPT donde se encuentra alojada la información) y el registro GBIF de la entidad que aporta los datos, con el fin de dar el crédito correspondiente como proveedores de información. En total 21 campos que permitirán estructurar, filtrar y validar la información obtenida.
  8. 4) ESTRUCTURACIÓN DE LOS DATOS - ESTÁNDAR DwC Teniendo claros los elementos que se deben extraer de los datos recopilados de las distintas fuentes de información se realiza la estructuración de los datos. Dicha estructuración requiere bastante trabajo teniendo en cuenta los múltiples recursos y formatos en los que se recopila la información pero a grandes rasgos se lleva a cabo de la siguiente manera: 1. Lo primero para realizar la limpieza de datos es eliminar en Excel los registros duplicados que generarían redundancia de información. 2. Se carga la base de datos resultante del paso anterior en Open refine. 3. A partir de la columna de nombre científico se crea la columna scientificName con el comando “cell.cross("IPT_SiB","scientificNameID").cells["scientificNameID"].value[0]” con el cual se realizará una verificación de la existencia de la especie en el IPT de la lista de especies de páramos y humedales de Colombia. Esto permitirá mantener actualizada la lista y comprobar que la especie a incluir no se encuentre ya reportada previamente en este IPT. 4. Se realiza un Facet by Blank en “scientificName” para filtrar las celdas en las que el nombre se encuentra mal escrito o no se encuentra en el IPT de la lista de especies de páramos y humedales de Colombia. 5. Se deja la columna original del nombre científico con los nombres que no se encontraron en la lista de especies de páramos y humedales de Colombia. 6. Teniendo esta lista de nombres se genera una nueva columna y se separa el género del epíteto específico (por medio del espacio en blanco, empleando la función “Split into several columns”) para poder filtrar y eliminar los nombres que solo presentan género y dejar los registros que están identificados hasta especie, que son los de nuestro interés. 7. Se filtran y eliminan los registros que se reportan en otros países (columna Country) para dejar solo los correspondientes a Colombia, se verifica en la columna Localidad que los registros eliminados efectívamente correspondan a páramos o humedales fuera de Colombia 8. Se realiza una limpieza de datos en la columna Localidad a través del Text filter y de la herramienta de Cluster con el fín de solo dejar el nombre del Páramo o Humedal (p ej. “Páramo de Puracé”) al que se asocia la especie y eliminar la información más específica de localidad como ubicación dentro del páramo, nombre de la vereda o información redundante del Municipio o Departamento (p ej. “0.5 Km al oeste de la Laguna de San Rafael, Paramo de Puracé”). También se eliminan los registros que se filtraron debido a que simplemente presentan la palabra “páramo” pero que en realidad no dan cuenta de la asociación de la especie con un hábitat de páramo o humedal (p ej. “Finca El Páramo” “Vereda el Humedal”). Igualmente se unifican inconsistencias como “Páramo de Guasca”, “Paramo de Guasca”, “paramo de Guasca”, etc. 9. Se exportan los datos a un archivo de texto separado por tabulaciones y luego se importan en Excel.
  9. 5) VALIDACIÓN DE LOS DATOS - ESTÁNDAR DwC Ajuste de inconsistencias, corrección de ortografía, validación de taxonomía y nombres científicos, validación de división político administrativa, entre otros. Se emplea MS Excel, Open Refine y páginas web para verificar la taxonomía de las especies y generar igualmente las categorías de los taxa. Esto último se realiza con el Servicio de Resolución taxonómica LSID del SiB Colombia (basado en el listado de especies de Catalogue of Life, 2012), iPlant, Plant List, IPNI, Encyclopedia of Life, Catalogue of Life y en algunos casos el buscador de Google. La validación de Departamento, Municipio y los códigos correspondientes se definen a partir de la página de la División Político Administrativa de Colombia del DANE - Divipola y del listado de Códificación de Municipios y Centros Poblados 2014 Almacenado en MS Excel.
  10. 6) CONSOLIDACIÓN DE LA INFORMACIÓN Al almacenar, estructurar y validar toda la información proveniente de distintas fuentes de datos se genera un archivo consolidado que será el que se almacene finalmente en este recurso. Este archivo en MS Excel contendrá todos los datos con los elementos definidos para esta lista (ver DEFINICIÓN DE ELEMENTOS DE ALCANCE DEL ESTÁNDAR DwC).
  11. 7) ACTUALIZACIÓN DEL RECURSO Se espera que este recurso sea actualizado periódicamente, contrastando la lista existente con los nuevos registros que se encuentren a través de los distintos recursos de información biológica para Colombia.
  12. 8) PERSPECTIVAS A largo plazo se busca vincular a autoridades taxonómicas en el país que den cuenta de la validez en los datos sobre las especies documentadas en esta lista para que los datos de cada taxa cuenten con mayor soporte científico.

References

Instituto de Ciencias Naturales, Facultad de Ciencias, Universidad Nacional de Colombia (2004 y continuamente actualizado). Colecciones en Línea. Publicado en Internet http://www.biovirtual.unal.edu.co [accesado en Julio de 2013].

Institute for Biodiversity and Ecosystem Dynamics, Amsterdam University (2013). Disponible en linea: http://ipt.ibed.uva.nl [accesado en Julio del 2013].

Restrepo A. Veronica. 2013. Rasgos Funcionales de especies de plantas de la Familia Ericaceae registradas en los páramos de Colombia. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Programa Biología de la Conservación. [accesado en enero de 2014 a través de la I2D]

Marin, C. y S. Parra. 2013. Caracterización de coberturas vegetales en el Páramo de Rabanal. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, Programa Biología de la Conservación. [accesado en enero de 2014 a través de la I2D]

Marín, C. y Y. Avila. 2013. Caracterización de coberturas vegetales en el Páramo de Santurbán. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. [accesado en enero de 2014 a través de la I2D]

Pinto, A. Base de datos de rasgos funcionales de especímenes de aves registradas en ecosistemas de páramo en la colección del Instituto Humboldt. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. [accesado en enero de 2014 a través de la I2D]

Instituto Alexander von Humboldt. 2014. Aves de los humedales de Colombia recopilada de información virtual e impresa, 281 registros aportados por Cortés, A. (Contacto del recurso), Salgado, B. (Creadora del recurso) y J. López (Proveedor de los metadatos).

Instituto Alexander von Humboldt. 2014. Aves de los complejos de páramos de Colombia recopilada de información virtual e impresa, 559 registros aportados por Cortés, A. (Contacto del recurso), Salgado, B. (Creadora del recurso) y J. López (Proveedor de los metadatos).