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Full Title

Herbario virtual bosques secos de Colombia - sección herbario FMB (IAvH)

Description

Este conjunto de datos contiene los registros biológicos y medidas de rasgos funcionales asociados a las imágenes digitales de alta resolución de los ejemplares de Herbario virtual bosques secos de Colombia. Este ecosistema se caracteriza por presentar una fuerte estacionalidad de lluvias y un periodo de tres a ocho meses de sequía. Se encuentra en las zonas bajas de la costa Caribe, los valles interandinos de los ríos Cauca y Magdalena, la región del Chicamocha en Santander y Norte de Santander, el cañon del río Patía en los departamentos de Cauca y Nariño, y los Llanos. Se presentan 5067 registros de bosque seco del herbario Federico Medém Bogotá, los cuales fueron seleccionados con base al sitio de colecta; sólo los registros que provenían de localidades donde hay bosque seco fueron incluidos. Éstos fueron ubicados en la colección, codificados, sistematizados y digitalizados con el fin de publicar las imágenes en el recurso virtual "Herbario virtual Bosques Secos de Colombia" en Flickr. Cada registro tiene una dirección electrónica que permite acceder a la imagen del ejemplar en alta resolución.

Purpose

El proyecto “Cerrando la brecha entre parcelas permanentes y la conservación de plantas en Colombia”, financiado por la fundación JRS biodiversity (http://www.jrsbdf.org/v3/home.asp), tiene como objetivo digitalizar el material de herbario de bosque seco. El propósito de este proyecto es poner a disposición de todos la información sobre las especies vegetales de bosque seco y sus rasgos funcionales para promover la investigación y conservación de este ecosistema en Colombia.

Additional Information

Los ejemplares digitalizados a los cuales hace referencia este recurso están en linea en: https://www.flickr.com/photos/98115610@N03/ Adicional a esto, el Herbario virtual FMB hace parte del grupo "Herbario Virtual Bosque Seco de Colombia", el cual se puede consultar en el siguiente enlace: https://www.flickr.com/groups/herbario_virtual_bosques_secos_de_colombia/

Temporal coverages

Date range: Jul 5, 1940 - Mar 7, 2014

Language of Metadata

SPANISH

Language of Data

SPANISH

Administrative contact
Humberto Mendoza
Investigador
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Carrera 8 No. 15-08 Claustro de San Agustín Villa de Leyva Boyacá Colombia (57) 8 7320 791 ext. 9102
Metadata author
Adriana Marcela Quintana Vargas
Investigadora
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A # 15-09 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. Colombia (57) 1 320 2767 ext. 1135
Originator
Roy González Martínez
Investigador
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Avenida Paseo Bolivar 16-20alle 28A # 15-09 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. Colombia (57) 1 320 2767 ext. 1135

doi:10.15468/03m1fv

Published by

Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt

Publication Date

Feb 25, 2015

Registration Date

Jun 16, 2014

Served by

IPT IAvH

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Alternative Identifiers

External Data

Metadata Documents

3,408 Georeferenced data

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Description

El conjunto de datos contiene información de los ejemplares botánicos de bosque seco tropical de Colombia, con énfasis es localidades del Caribe Colombiano… more

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Other Contacts

Administrative contact
Humberto Mendoza
Investigador
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Carrera 8 No. 15-08 Claustro de San Agustín Villa de Leyva Bogotá, D.C. Colombia (57) 8 7320 791 ext. 9102
Principal investigator
Camila Pizano
Investigadora Adjunta
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (57) 8 7320 791 ext. 1136 Bogotá Bogotá, D.C. Colombia (57) 8 7320 791 ext. 1136
Principal investigator
Hernando García
Investigador Titular
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A No. 15-09 Bogotá Bogotá, D.C. Colombia (57) 8 7320 791 ext. 1136
Point of contact
Claudia Medina
Directora de colecciones
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Carrera 8 No. 15-08 Claustro de San Agustín Villa de Leyva Bogotá, D.C. Colombia (57) 8 7320 791 ext. 9102
Custodian steward
Infraestructura Institucional de Datos
Infraestructura Institucional de Datos
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A No. 15-09 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. Colombia (1) 320 2767
Content provider
Alba Janeth Robles Pardo
Auxiliar Herbario
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Carrera 8 No 15- 08 Claustro San Agustín Villa de Leyva Boyacá Colombia (8) 7320791
Content provider
Aura Eugenia Robles Pardo
Auxiliar Herbario
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Carrera 8 No 15- 08 Claustro San Agustín Villa de Leyva Boyacá Colombia (8) 7320791
Principal investigator
Roy González
Investigador
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Calle 28A No. 15-09 Bogotá, D.C. Bogotá, D.C. Colombia (1) 320 2767
Processor
Liseth Paola Piñeros Urrego
Investigador
Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt Carrera 8 No 15- 08 Claustro San Agustín Villa de Leyva Boyacá Colombia (8) 7320791
Principal investigator
Roy González

Taxonomic Coverage

Por medio de la búsqueda de especímenes pertenecientes a Bosque Seco Tropical de Colombia, depositados en el herbario FMB, del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos "Alexander von Humboldt", se consolidaron 5067 registros de ejemplares botánicos correspondientes a 148 Familias, 779 géneros y 1843 especies. Se utilizó el código APG III como sistema de clasificación de las especies y las actualizaciones nomenclaturales se realizaron con base en los datos proporcionados en los recursos The Plant List (http://www.theplantlist.org/), Tropicos (http://www.theplantlist.org/) y IPNI (http://www.ipni.org/)

SUPERFAMILY
Lomariopsidaceae
FAMILY
Acanthaceae, Achatocarpaceae, Actinidiaceae, Aizoaceae, Alismataceae, Amaranthaceae, Amaryllidaceae, Anacardiaceae, Annonaceae, Apocynaceae, Araceae, Araliaceae, Arecaceae, Aristolochiaceae, Asparagaceae, Aspleniaceae, Asteraceae, Bataceae, Begoniaceae, Bignoniaceae, Bixaceae, Blechnaceae, Bombacaceae, Boraginaceae, Bromeliaceae, Brunelliaceae, Burseraceae, Buxaceae, Cactaceae, Caesalpiniaceae, Cannaceae, Capparaceae, Caricaceae, Cecropiaceae, Celastraceae, Ceratophyllaceae, Chenopodiaceae, Chrysobalanaceae, Combretaceae, Commelinaceae, Connaraceae, Convolvulaceae, Costaceae, Cucurbitaceae, Cunoniaceae, Cyatheaceae, Cyclanthaceae, Cyperaceae, Davalliaceae, Dilleniaceae, Dryopteridaceae, Ebenaceae, Elaeocarpaceae, Erythroxylaceae, Euphorbiaceae, Fabaceae, Flacourtiaceae, Gesneriaceae, Haemodoraceae, Heliconiaceae, Hernandiaceae, Hippocrateaceae, Hydrophyllaceae, Hymenophyllaceae, Krameriaceae, Lacistemataceae, Lamiaceae, Lauraceae, Lecythidaceae, Lentibulariaceae, Loasaceae, Loganiaceae, Loranthaceae, Malpighiaceae, Malvaceae, Marantaceae, Marsileaceae, Melastomataceae, Meliaceae, Menispermaceae, Mimosaceae, Molluginaceae, Moraceae, Myrsinaceae, Myrtaceae, Nelumbonaceae, Nyctaginaceae, Ochnaceae, Onagraceae, Orchidaceae, Passifloraceae, Phytolaccaceae, Piperaceae, Plumbaginaceae, Poaceae, Polygonaceae, Polypodiaceae, Pontederiaceae, Pteridaceae, Rhamnaceae, Rhizophoraceae, Rubiaceae, Rutaceae, Sapindaceae, Sapotaceae, Scrophulariaceae, Simaroubaceae, Solanaceae, Sphenocleaceae, Staphyleaceae, Sterculiaceae, Tectariaceae, Thelypteridaceae, Theophrastaceae, Thymelaeaceae, Tiliaceae, Ulmaceae, Urticaceae, Verbenaceae, Violaceae, Vitaceae, Vochysiaceae, Woodsiaceae, Zingiberaceae, Zygophyllaceae

Cerrando la brecha entre parcelas permanentes y la conservación de plantas en Colombia

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Study area description

Este conjunto de datos contiene registros biológicos y medidas de rasgos funcionales asociados a imágenes digitales de alta resolución de material de herbario de plantas de bosque seco tropical de Colombia.

Design description

El proyecto “Cerrando la brecha entre parcelas permanentes y la conservación de plantas en Colombia”, financiado por la fundación JRS biodiversity (http://www.jrsbdf.org/v3/home.asp), tiene como objetivo digitalizar el material de herbario de bosque seco de cinco herbarios del país: Universidad ICESI, Universidad de Córdoba, jardín botánico de Tulua, Universidad del Tolima y herbario FMB del Instituto de investigación Alexander von Humboldt (IAvH). Este material hace partes de las colecciones de herbarios pero también ha sido recolectado en campo a través del establecimiento de parcelas permanentes de bosque seco en las diferentes regiones del país. El propósito de este proyecto es poner a disposición de toda la comunidad en general la información sobre la especies vegetales y sus rasgos funcionales de bosque seco para promover la investigación y conservación de este ecosistema en Colombia. En esta sección se encuentran los datos digitalizados del herbario FMB del Instituto de Investigación de recursos Biológicos "Alexander von Humboldt".

Funding

Fundación JRS Biodiversity - Convenio 12-117

Project Personnel

Principal investigator
Roy González

Methodology

Study extent

Ejemplares de bosque seco del herbario Federico Medem Bogotá (FMB) del Instituto de Investigación en Recursos Biológicos Alexander von Humboldt, ubicado en el Municipio de Villa de Leyva (Boyacá)

Sampling description

Los datos contenidos en este recurso pertenecen a ejemplares de bosque seco tropical del Herbario FMB que fueron digitalizados y publicados en el recurso electrónico "Herbario virtual FMB" y compartidos en el "Herbario virtual Bosques Secos de Colombia", a través de FlickR. Los exicados fueron seleccionados por la localidad en la que fueron colectados (la cual debe pertenecer a bosque seco tropical). Estos ejemplares se seleccionaron en la base de datos del herbario, posteriormente se ubicaron en la colección y fueron extraídos de la misma para transportarlos al laboratorio de fotografía del herbario FMB.

Quality control

En cada una de las actividades desarrolladas durante la digitalización de especímenes de herbario se realiza control de calidad. El control de calidad usualmente se efectúa mediante la selección y el examen de las imágenes en intervalos regulares, las imágenes seleccionas son evaluadas en el enfoque, la exposición correcta, manchas, desajustes entre los nombres de los archivos, valor del código de barras o numero de identificación y otros signos evidentes de error al inspeccionar. Este control se realiza de la siguiente manera: 1. Se realiza el curado y actualización nomenclatural de los ejemplares seleccionados para la digitalización mediante el uso de bases de datos virtuales como The Plant List, trópicos, El catalogo de la vida, IPNI, entre otros 2. El control de calidad de las imágenes se realiza en un solo espacio y un solo computador con dos monitores, preferiblemente calibrados, para asegurar una visualización óptima. Este control debe llevarse a cabo aproximadamente cada 20 imágenes. 3. Los archivos de imagen son visualizados utilizando el software de edición de imágenes de la cámara (Digital Photo Professional). 4. Las imágenes se magnifican a 100% para verificar que contengan todos los elementos necesarios (reglilla, tarjeta de color, etiqueta completa), la calidad requerida, confirmar el enfoque, la exposición correcta, manchas o rayas, desajustes entre los nombres de los archivos y valor del código de barras del espécimen.

Method Steps

  1. La digitalización de especímenes se refiere a la captura fotográfica y el registro de información de especímenes o colecciones. Típicamente los especímenes incluyen etiquetas y notas de campo que contienen información sobre el evento de colecta (Ejemplo: Nombre del colector, fechas, Localidad, etc.) determinaciones taxonómicas y números de catálogo o identificadores. La digitalización de la información de las etiquetas incluye captura del texto como caracteres, y almacenamiento de esta información en bases de datos, igualmente la digitalización también incluye la captura de imágenes digitales. El proceso de digitalización incluye las siguientes tareas: 1.Curado y pre-digitalización 2.Captura de imágenes (fotografía de especímenes y etiquetas) 3.Procesamiento de las imágenes 4.Captura electrónica de los datos 1.CURADO Y PRE-DIGITALIZACIÓN Constituye el primer paso en la digitalización de especímenes y brinda la oportunidad de realizar las siguientes actividades: -Inspeccionar y restaurar los especímenes dañados y evaluar la salud de la colección. -Tratar las pestes. -Descubrir especímenes perdidos pertenecientes a otras instituciones o tipos no conocidos en la colección. -Actualizar las determinaciones taxonómicas. -Reorganizar los contenidos de los gabinetes o compactadores. -Seleccionar los ejemplares para la digitalización. -Adjuntar un identificador único (Código de barras) a cada espécimen. 2.CAPTURA DE IMÁGENES (fotografía de especímenes y etiquetas) La captura de imágenes consiste en fotografiar los ejemplares codificados previamente y descargar las imágenes en el computador destinado para la edición y marcaje. Durante el proceso de fotografía de una familia se debe llevar un registro detallado de las diferentes actividades realizadas. A continuación se explican los pasos y se dan las instrucciones necesarias para el proceso de Captura de imagen. La captura de imágenes generalmente requiere: -Pre-configuración e iniciación de los equipos. -Organización de los especímenes que serán fotografiados. -Toma de la imagen. -Descarga y almacenamiento de la imagen. -Captura del código de barras. -Mover el espécimen a una nueva estación o incluirlo nuevamente en la colección. 3.PROCESAMIENTO DE LAS IMÁGENES El procesamiento de las imágenes incluye todas las tareas o grupo de tareas desarrolladas sobre una imagen, seis tareas son las más comunes: 1.Control de calidad. 2.Procesamiento de la imagen. 3.Conversión de archivos. 4.Copia de Seguridad. Durante el procesamiento de la imagen se debe llevar un registro detallado de las diferentes actividades realizadas. Para este proceso se parte de la fotografía descargada en rutas preestablecidas. 4.CAPTURA ELECTRÓNICA DE LOS DATOS La captura electrónica de datos involucra la extracción de datos de las etiquetas y la digitalización de estos datos en una base de datos electrónica. Según este protocolo la captura de datos debe ser después de la captura de la imagen. En las colecciones donde una gran cantidad especímenes son fotografiados, los datos son tomados directamente de las imágenes, reduciendo las posibilidades de daño en los múltiples viajes de los especímenes. Existen muchas formas de capturar la información de las etiquetas de herbario, pero la más común es mediante la digitalización directa en una plantilla estándar, como las ofrecidas por el formato DarwinCore. En nuestro proyecto “Cerrando la brecha entre parcelas permanentes y la conservación de plantas en Colombia” trabajaremos con las plantillas DwC para la documentación de registros biológicos. Esta plantilla se encuentra adjunta a este documento. El estándar Darwin Core (Versión 2011-10-26) está conformado por 175 elementos, de los cuáles solo cinco son obligatorios (ID del Registro biológico, Base del registro, Código de la institución, Código de la colección, Número de catálogo). Nosotros trabajaremos con 92 elementos comunes y 36 elementos de extensión que incluirán información sobre las imágenes y los rasgos funcionales tomados de los especímenes de herbario.

Specimen Preservation method

Dried and pressed

Curational Units

  • 660 - 680 exicados

References

Smith, N.,Mori, S.,Henderson, A., Stevenson, D. & Heald, S. (2004).Flowering Plants of the Neotropics. Princeton University. New Jersey. 594 p.

Forero, E. (2009). Estudios en Leguminosas Colombianas II. Instituto de Ciencias Naturales, Universidad Nacional de Colombia. Bogotá. 419 p.

Mendoza, H., Ramírez, B.(2006). Guía Ilustrada de Géneros de Melastomataceae y Memecylaceae de Colombia. Instituto de Investigación en Recursos Biológicos Alexander von Humboldt. Bogotá. 288 p.

Universidad Nacional de Bogotá (2004). Biovirtual, 527000 registros. En línea, http://www.biovirtual.unal.edu.co/ICN/?controlador=Forms&accion=quickFormScientific&group=1&searchType=scientific. Continuamente actualizado.

Missouri Botanical Garden. Trópicos, 49163 registros. En Línea, http://www.tropicos.org/Home.aspx, publicado el 13/01/2014

Gentry, A. H. (1993). A Field Guide to the Families and Genera of Woody Plants of Northwest South America (Colombia, Ecuador, Perú). Washington: Conservation International

The Plant List (2013). Version 1.1. Published on the Internet; http://www.theplantlist.org/
http://www.theplantlist.org/1.1/cite/

Instituto de Investigación en Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (2013). Protocolo para la Digitalización de Especímenes de Herbario, Versión 1.0. Bogotá. 19 p.