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Devenir un fournisseur de données SMIB

Devenir un fournisseur de données SMIB

Description des cours de la formation SMIB

Objectifs

L'implémentation d'un réseau SMIB requiert de savoir utiliser divers logiciels.   L'obligation la plus basique est de mettre sur pied un noeud et de faire fonctionner une application de fourniture de données sur un ordinateur faisant office de serveur.  Un des standards du SMIB actuellement utilisé pour la fourniture de données est le protocole DiGIR.   Le réseau DiGIR est conçu pour des données primaires sur l'occurence des espèces découlant de spécimens dans les musées et de listes d'observations. Le standard d'échange d'information est le Schéma XML DarwinCore comprenant 48 champs répondant aux questions de base "quoi, où, quand, par qui" plus quelques informations générales sur les caractéristiques des spécimens.

Un deuxième standard recommandé par le SMIB, déjà utilisé au niveau européen et qui sera bientôt implémenté également au niveau du SMIB est le standard d'échange "Access to Biological Collection Data" (ABCD) et les logiciels associés: BioCase et ABCD.
Le schéma d'échange ABCD contient dans sa version actuelle plus de 650 champs encore appelés concepts qui correctement agencés permettent l'échange d'information plus pointue et adaptée à la nature des spécimens ou des observations concernés.

Ce cours couvre l'installation des fournisseurs de données DIGIR et BioCASE aussi bien sous des plateformes Windows que Linux.
Cette formation a pour but de faciliter le développement de réseaux de fournisseurs DiGIR et BioCASE concernant les données primaires.  Dans la plupart des cas ces serveurs sont situés dans les Collections d'Histoires Naturelles ou dans d'autres institutions qui détiennent ce genre de données. Il est vivement conseillé que les participants à ce cours aient déjà accès à ce type de données ou se préparent à former ceux qui détiennent ce genre d'information.

Auditoire cible

Ce cours est conçu pour:
  • Des gestionnaires et des administrateurs système de noeuds SMIB.  Il est vivement conseillé au personnel des noeuds Participants ou des noeuds de données de participer à ce cours.  
  • Les dépositaires de bases de données et les scientifiques qui désirent comprendre comment le SMIB fournit les données.

Prérequis

Les participants devraient avoir des compétences techniques telles que décrites ci-dessous.
  • Systèmes d'exploitation de Serveurs (Linux/Unix et/ou Windows 2000/XP): Connaissance basique à intermédiaire.
  • Bases de données relationnelles: Connaissance de base des concepts.
  • Internet: Connaissances de base de serveurs WEB comme Apache et IIS.  Connaissances de base en XML.

Aperçu du contenu

Les participants auront tout d'abord une introduction au SMIB et à ses technologies, auront une démonstration complète des installations, puis feront eux-mêmes l'installation sur leurs postes de travail en Windows. A chaque formation, la couverture de ces systèmes d'exploitation peut être adaptée à l'une ou à l'autre plateforme en fonction des besoins des participants. Des démonstrations de l'installation sous Linux pourront également se faire si certains participants en font la demande.

Cette formation se déroulera sur 5 jours :

Lundi 21 Juin :

  • Apprendre à se connaître

  • Introduction des formateurs et des participants

  • Se familiariser avec son poste de travail et avec les connections internet disponibles

Présentation générale du SMIB
  • Les Principes et les Objectifs du SMIB
  • Le Système d'Information du GBIF
  • Que sont les noeuds GBIF
Les participants auront l'occasion ensuite de présenter brièvement le type d'information sur la biodiversité dont leur pays ou organisation dispose. L'accent sera mis sur l'institution qui fait office ou est pressentie comme noeud participant du pays ou de l'organisation, la liste des autres institutions du pays ou de l'organisation pouvant participer au réseau SMIB comme noeuds de fourniture de données. Des informations sur la nature des données, leur état d'informatisation, le type de système informatique éventuellement disponible, les systèmes de stockage de l'information utilisés ou préférés (quels logiciels, comme par exemple Access ou simplement en Excel ...).

Mardi 22 Juin et Mercredi 23 Juin :

Présentation du modèle de données Darwin Core et de l'interface DiGIR ; formation pratique à l'installation de DiGIR, sa configuration et sa mise en oeuvre. De même le premier jour sera consacré à l'installation et à la familiarisation aux outils et le deuxième jour à des tests avec les données réelles éventuellement mises à disposition par les participants.

Jeudi 24 Juin et Vendredi 25 Juin :

Présentation du modèle de données ABCD et du "wrapper" BioCase, formation pratique à l'installation du "wrapper" BioCase, sa configuration et sa mise en oeuvre. Le premier jour sera consacré à l'installation et à la familiarisation avec les outils et si possible le deuxième jour à des tests avec les données réelles éventuellement mises à disposition par les participants.

Programme d'une journée de formation type (Exemple DiGIR)


  • Introduction 90 min
    1. Les Principes et les Objectifs du SMIB 10 min
    2. Le Système d'Information du SMIB 30 min
    3. Que sont les noeuds GBIF 20 min
    4. Le Protocole DiGIR  et le standar XML Darwin Core 30 min
  • Installation sur les postes de travail en Windows 90 min
    1. Qu'est-ce que le paquetage fourniture de données du GBIF 10 min
    2. Installer le paquetage de fourniture de données 15 min
    3. Configuration du fournisseur de méta-données 15 minutes
    4. Familiarisation avec un example de données sur la biodiversité utilisé lors de la formation 15 min
    5. Définition des ressources, incluant la mise en correspondance d'un échantillon de données avec Darwin Core 35 minutes
    6. Optionnel, répéter l'étape 2 sur un serveur Linux partagé (Toutes les autres étapes sont les mêmes) 10 min
  • Pause déjeuner ou souper

  • Introduction aux registres SMIB 60 min
    1. Qu'est-ce que l'UDDI 20 min
    2. Enregistrements des fournisseurs installés à l'UDDI du SMIB 10 min
    3. Explorer l'UDDI du GBIF 10 min
  • Accéder aux fournisseurs de données 30 min
    • Recherche dans les fournisseurs installés en utilisant un portail de requête existant 30 min
  • Démonstrations et tests, en fonction des intérêts et du temps disponible 60 min
    • Alternativement, introduction à l'outil de registre de données du SMIB 60 min
    • Alternativement, démonstration de l'installation et de l'utilisation de la boîte à outil du Portail SMIB   60 min
  • Discussions 30 min
  • Retour d'information 15 min
  • Matériel

    Le matériel de cours existe actuellement en anglais et partiellement en français.

    Durée

    Le contenu est prévu pour une durée de 7-8 heures. La durée totale avec les pauses est d'une journée ouvrable.

    Les formateurs et langues disponibles

    Les formateurs pour les cours actuels sont repris de la liste ci-dessous.
    • Giorgos Ksouris (Grec, Anglais)
    • Hannu Saarenmaa (Finlandais, Suédois, Anglais)
    • Larry Speers (Anglais)
    • Maria Auxiliadora Mora (Espagnole, Anglais)
    • Patricia Mergen (Français, Allemand, Anglais, Néerlandais, Luxembourgeois)
    • Frédéric Wautelet (Français, Anglais)
    • autres (veuillez nous contacter si vous voulez être ajouté à la liste sur base volontaire)

    Lieux, Dates et Inscriptions

    Voyez http://www.gbif.org/Support/training/schedule

    Pour les conditions requises de la salle de formation, voyez : http://www.gbif.org/Support/training/hosting/classroom/#01.

    Les participants sont encouragés à apporter leurs propres ordinateurs portables qui correspondent aux conditions requises.   Egalement des portables plus légers qui n'ont pas les conditions requises peuvent être apportés pour accéder au serveur, mais ne doivent pas  être annoncés lors de l'inscription.

    Notes de versions

    Version 0.7, 2004-02-17  Envoyez vos commentaires à Hannu Saarenmaa

    Traduction française par Patricia Mergen


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